Для роста и развития кораллового рифа необходимо наличие целого ряда условий. Все рифообразующие кораллы нуждаются в воде с нормальной океанической соленостью (с содержанием около 3.5% солей). Кроме этого, для их жизни необходима высокая и постоянная температура морской воды. Установлено, что коралловые рифы встречаются лишь там, где температура воды никогда не падает ниже 20.5 °С.
Мадрепоровые кораллы составляют структурную основу кораллового рифа, представляющего среду обитания самых разнообразных животных и растений, и в комплексе образуют самостоятельное сообщество. Теснее всего с мадрепоровыми кораллами связаны водоросли. Одни группы водорослей поселяются непосредственно в тканях кораллового полипа, другие — в известковом слое, окружающем тело животного. В тканях кораллового полипа всегда находятся симбиотические одноклеточные водоросли — зооксантеллы, которые в значительной степени способствуют постройке скелета. Установлено, что скорость кальцификации в среднем в 10 раз выше на свету, чем в темноте, и при искусственном изъятии зооксантелл из тела коралла способность связывания кальция у последнего резко снижается, поскольку фотосинтетическая деятельность растений способствует образованию карбоната кальция. Существует также обмен фосфором между полипом и водорослями, в равной степени необходимый как кораллам, так и их симбионтам. Важно отметить, что фосфор представляет собой один из основных факторов, лимитирующих жизнь в море. Данный элемент поглощается полипом из зооксантелл и при усвоении повторно циркулирует между обоими симбионтами. Так кораллы теряют фосфор намного медленнее, чем другие морские животные сходных размеров, не имеющие водорослей-симбионтов. И наконец, в дневное время кораллы получают от зооксантелл кислород, образовавшийся в результате фотосинтеза.
Живые кораллы обеспечиваются кислородом и благодаря тесному контакту с нитчатыми водорослями, опутывающими скелет кораллов.
Фауна кораллового рифа включает многочисленные виды, питающиеся мягкими тканями кораллов. Существенный вклад в энергетику пищевых цепей вносит слизь, вырабатываемая полипами и служащая для предохранения нежных животных от засорения взвесью. Большое количество слизи отслаивается в воду, где она, соединяясь с органическими остатками, образует пищевые элементы, которыми питаются многие животные.
В густых зарослях кораллов находят себе субстрат и пищу многочисленные мшанки, губки, черви, моллюски, ракообразные, иглокожие и рыбы. Сообществу кораллового рифа свойствен строгий ритм суточной активности. Ночью полипы вытягивают щупальца и ловят планктон, заносимый сюда океаническими течениями. На ночное время приходится период активности лангустов, крабов, многих брюхоногих моллюсков и других беспозвоночных животных, которые в дневное время прячутся в различного рода укрытиях. Водоросли, входящие в состав биоценозов кораллового рифа, днем синтезируют органическое вещество, которое в конечном счете служит пищей остальным обитателям кораллового сообщества.
В пространственном отношении сообщество кораллового рифа имеет чрезвычайно сложную организацию. Максимальная глубина, на которой продолжается еще жизнедеятельность полипов, определяется условиями для фотосинтеза водорослей, в частности зооксантелл. Поскольку на глубине 50 метров интенсивность света оказывается недостаточной для фотосинтеза зеленых водорослей, кораллы редко заходят на большую глубину и образуют вдоль берега окаймляющий риф. Этот риф защищает берег от ударов океанических волн.
На мористом краю рифа, который резко спускается в глубину, кораллы образуют сплошные многоярусные заросли. Постоянный напор океанических масс накладывает на все население кораллового рифа глубокий отпечаток. Колонии кораллов плотно срастаются между собой, образуя прочную основу рифа. Здесь поселяются массивные колонии шарообразной и плоской формы. Для коралловых рифов вод Кубы наиболее характерны колонии мозговидного коралла Diploria strigosa, а также глазчатого коралла Montastrea cavernosa (рис. 44). Составляющие их полипы плотно срастаются, образуя мощные подушки уплощенной формы, в которых полипы располагаются в поверхностном слое либо в неглубоких извилистых желобках, либо просто тесно соседствуя друг с другом. Ветвистые колонии Acropora palmata поселяются на «крыше» рифа. Они приспособились к разрушительной силе волн иначе: через густую сеть ветвей, как через сито, свободно проходят набегающие и отступающие волны. Под защитой колоний, которые первыми принимают на себя натиск волн, располагаются хрупкие оленерогие кораллы Acropora cervicornis и A. prolifera. Первые нередко образуют в защищенных местах обширные поля. Еще ниже и ближе к берегу многочисленны колонии поритеса (Porites astreoides) и пластинчатого коралла Agaricia agaricites.