В статье тринадцати было показано, что выводы Лепешинской основаны на применении негодной методики, на элементарном непонимании того, что видно под микроскопом, из-за полной биологической безграмотности и сумбурного мышления. Дело в том, что желточные шары — это полноценные клетки, содержащие ядро и цитоплазму, загруженную желточными зернами, служащими материалом для развивающегося зародыша. Желточные зерна поначалу маскируют ядра, но по мере их потребления ядра становятся хорошо видимыми. Этот процесс Лепешинская истолковала как зарождение ядер в бесклеточном живом веществе. Кроме того, желточные шары, израсходовавшие желточные зерна, в дальнейшем погибают. Произвольно располагая эти стадии разрушения клеток в обратном порядке, Лепешинская выдавала этот процесс за возникновение клеток из бесструктурного живого вещества. Опыты с растертой гидрой никакой доказательной силы вообще не имели, так как при растирании мелкие клетки могли остаться целыми. Из своих изысканий Лепешинская сделала выводы для медицинской практики. Она заключила, что заживление ран происходит за счет новообразования клеток из «кровяной зернистости» и предлагала лечить раны путем прибавления к ним крови. Далее в статье тринадцати авторов было показано, как Лепешинская, пытаясь укрепить свои теоретические построения цитатами из Энгельса, превратно их толкует и игнорирует те высказывания Энгельса, которые явно противоречат ее утверждениям. В заключение статьи авторы пришли к такому выводу: «Выдавая совершенно изжитые и поэтому в научном отношении реакционные взгляды за передовые, революционные, Лепешинская вводит в заблуждение широкого читателя и дезориентирует учащуюся молодежь. Вопреки добрым намерениям автора, книга ее объективно могла бы только дискредитировать советскую науку, если бы авторитет последней не стоял так высоко. Ненаучная книга Лепешинской — досадное пятно в советской биологической литературе». Статью подписали: действительные члены АМН СССР Н. Хлопин, Д. Насонов, член-корреспондент АН СССР В. Догель, член-корреспондент АМН СССР П. Светлов, профессора Ю. Полянский, П. Макаров, Н. Гербильский, 3. Кацнельсон, Б. Токин, В. Александров, Ш. Галустьян, доктора наук А. Кнорре, В. Михайлов.
Совершенно очевидно, что Лепешинская и ее окружение, получив полное признание высоко стоящих инстанций, правительственных и партийных, не могли оставить безнаказанными авторов разоблачительной статьи. Требовалось заставить их принять учение о зарождении клеток из живого вещества или убрать их с научного поприща. Из тринадцати подписавших статью большинство были сотрудниками Института экспериментальной медицины АМН СССР в Ленинграде. В июне 1950 г. в Ленинград прибыли эмиссары Лепешинской — действительный член АМН СССР Н. Н. Жуков-Вережников и доктор биологических наук И. Н. Майский. На заседаниях Ученого совета Института экспериментальной медицины АМН СССР (21–23 июня) должны были выступить посланцы Лепешинской и подписавшие статью тринадцати, в первую очередь заведующие трех отделов Института: общей морфологии (в который входила руководимая мною лаборатория цитологии) — Д. Н. Насонов, экспериментальной гистологии — Н. Г. Хлопин и фитонцидов — Б. П. Токин. Перед собранием по поручению партбюро нас предупредили, что вопрос о сохранении или ликвидации отделов и лабораторий будет решаться в зависимости от того, как выступят авторы антилепешинской статьи, и прежде всего Насонов, Хлопин, Токин.
Заседание открыл и вел директор ИЭМ член-корреспондент АМН СССР Д. А. Бирюков. Свое вступительное слово он начал со ссылки на статью «гениального нашего вождя» Сталина, опубликованную днем раньше в «Правде»: «Непосредственно в связи с сегодняшним нашим совещанием надо обратить внимание на ту часть статьи, где товарищ Сталин показывает, какую роль играет критика в науке, когда эта критика является смелой, принципиальной, без оглядки, и как он показывает, какое значение имеет то, что он назвал аракчеевским режимом…». Затем об открытиях Лепешинской доложил Жуков-Вережников, после чего начались прения, на которых выступили 15 человек. Первым взял слово действительный член АМН СССР Н. Г. Хлопин, лауреат Сталинской премии, один из наиболее крупных и эрудированных гистологов того времени. Он полностью признал свои ошибки, отрекся от статьи тринадцати, тезис Вирхова «Каждая клетка из клетки» обозвал метафизическим положением и предложил проблему развития клеток поставить «в центре внимания всех представителей биологии и медицины».