Один из раундов борьбы между командами Быкова и Сперанского происходил в Ленинграде на открытых заседаниях Ученого совета Института экспериментальной медицины АМН СССР 4 и 5 апреля 1950 г. Тема заседаний — «О павловском направлении в советской медицине». Было заслушано 3 доклада — Д. Н. Насонова «Преодоление вирховианства в учении о клетке», К. М. Быкова «Перспективы развития идей Павлова в области медицины» и С. В. Аничкова «Павловские принципы в применении к изысканию новых лекарственных веществ». Для участия в заседаниях из Москвы прибыли посланцы Сперанского — М. Г. Дурмишьян, О. Я. Острый и А. Ю. Броновицкий. Они выступали с рядом критических замечаний в адрес Быкова, а Броновицкий в последнем своем выступлении, предвкушая победу лагеря Сперанского, сказал, что борьба, которую они ведут за учение Сперанского о роли нервной системы в трофике и целостности организма, будет состоять из трех фаз: первая — это дискуссия по методологическим вопросам, вторая будет касаться пересмотра научных исследований, воспитания медицинских кадров, поведения врача у постели больного, третья же фаза будет фазой оргвыводов.
Однако партия Быкова имела явные преимущества. Работы его и его сотрудников были ближе к основному направлению павловской школы, чем коллектива Сперанского. Сперанский, как и Быков, был в прошлом учеником Павлова, однако, работая в направлении патофизиологии, пытался создать свою собственную концепцию о первостепенной роли нервной системы в «организации и развитии» болезни. Она была изложена в его монографии «Элементы построения теории медицины» (1937), но связь ее с павловским учением не была достаточно подчеркнута. Кроме того, штаб Сперанского был явно менее представителен и обладал меньшей пробивной активностью. В результате ЦК ВКП(б) поручил руководство и организацию сессии академику Быкову.
И вот 28 июня 1950 г. разразилась «Научная сессия, посвященная проблемам физиологического учения академика И. П. Павлова». Она была организована АН СССР совместно с АМН СССР. Задачей сессии являлось подчинение идеям павловской школы (в том виде, как их понимали официально признанные наследники) всей физиологии, теоретической медицины и вытекавшей отсюда клинической практики. Сессия длилась шесть дней. После выступлений президента АН СССР С. И. Вавилова и вице-президента АМН СССР И. П. Разенкова состоялись два доклада — К. М. Быкова «Развитие идей И. П. Павлова (задачи и перспективы)» и А. Г. Иванова-Смоленского «Пути развития идей И. П. Павлова в области патофизиологии высшей нервной деятельности».
На августовской сессии вводный доклад Лысенко назывался «О положении в биологической науке», в действительности же речь шла лишь о мичуринской биологии, поскольку другая биология признавалась лженаучной. На Павловской сессии вводные доклады по названию касались лишь павловской физиологии и патофизиологии, но подразумевалось, что непавловская физиология и патофизиология не должны существовать. В этом было сходство обеих сессий. Вслед за докладами в дискуссии выступили 81 оратор из 209 записавшихся. Работа сессии вылилась в осуждение тех ученых, которые уклонились от павловского пути, тех руководителей, которые не обеспечили дальнейшее развитие павловских идей, тех, которые недооценивали приоритет Павлова в своей деятельности, тех, кто не давал должного отпора буржуазным физиологам, тех, кто стоял на ошибочных методологических позициях. Пожалуй, точнее всего главную задачу сессии (помимо организационной) выразил выступивший в прениях профессор А. В. Лебединский (он занял кафедру физиологии Военно-медицинской академии после ухода Л. А. Орбели), сказав, что она должна обеспечить «…полную ликвидацию отступления от генеральной, единственно правильной и плодотворной научной линии — павловской физиологии» (Научная сессия, посвященная проблемам физиологического учения академика И. П. Павлова. М., 1950. с. 320).
Основными мишенями были избраны академики Л. А. Орбели, И. С. Бериташвили, А. Д. Сперанский, профессора — П. К. Анохин, П. С. Купалов, сотрудники Орбели профессора А. Г. Гинецинский, А. В. Лебединский и некоторые другие. Тон был задан вводными докладами и поддержан подавляющим большинством выступавших. В спорах почти не фигурировали научные факты, экспериментальные данные. Выяснялось не значение исследований ученого для понимания физиологических процессов, а отношение его работ к павловскому учению, к диалектическому материализму, а в отдельных выступлениях — и к мичуринской биологии. А для этого важнее была сверка цитат, чем сопоставление научных данных с действительностью.