В построении всей лысенковской системы большую роль сыграл И. И. Презент. Начиная с 1934 г. он состоял при Лысенко в качестве ведущего советника-методолога по созданию теории мичуринской биологии и по уничтожению всех ее врагов и оппонентов. Презент не имел биологического образования (он закончил в 1926 г. факультет общественных наук Ленинградского университета), но зато был изощренным демагогом, острословом, борясь с противниками, злобно издевался и при этом не гнушался никакими аморальными приемами.
Для посрамления и сокрушения противников в декабре 1936 г. была организована первая крупная дискуссия на IV сессии Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук им. В. И. Ленина (ВАСХНИЛ) (Н. И. Вавилов был снят с поста президента ВАСХНИЛ летом 1935 г.). Вторая состоялась осенью 1939 г. по инициативе журнала «Под знаменем марксизма». На обеих дискуссиях присутствовали представители и нормальной науки, однако их методы ведения научного спора не могли противостоять тем приемам борьбы, которые были на вооружении лысенковцев. Особенно яростным атакам подвергались Н. И. Вавилов и Н. К. Кольцов. Эти два человека стояли на пути Лысенко к захвату монопольной власти в биологии и сельскохозяйственных науках. Они мешали ему своей выдающейся научной и научно-организационной активностью. Их следовало убрать.
С середины 30-х годов в борьбе со своими противниками лысенковцы начали использовать меры административного и партийного давления и клеветнические политические доносы, нередко завершавшиеся арестами и гибелью оклеветанных. Этот способ и был применен для устранения Н. И. Вавилова с пути Лысенко. В августе 1940 г. Вавилов был арестован, в 1943 г. погиб в саратовской тюрьме. Трагедия Н. И. Вавилова еще ждет своего подробного исследования и описания. Так же как Вавилов, погибли в сталинских застенках Г. А. Левитский, Г. Д. Карпеченко, С. Г. Левит, И. И. Агол, М. Л. Левин, Н. К. Беляев, Н. М. Тулайков, Л. И. Говоров, Г. К. Мейстер и десятки других биологов и крупных специалистов в разных областях сельского хозяйства.
В отношении крупнейшего биолога Н. К. Кольцова, члена-корреспондента АН СССР, действительного члена ВАСХНИЛ, к этой крайней мере не пришлось прибегать. В 1938 г. Институт экспериментальной биологии, организованный и возглавляемый Кольцовым с 1917 г., был передан из ведения Наркомздрава СССР в Академию наук СССР, а в январе 1939 г. в «Правде» появилась статья, озаглавленная «Лжеученым не место в Академии наук». Она была посвящена Л. С. Бергу в связи с выдвижением его кандидатуры в действительные члены АН СССР и Н. К. Кольцову в связи с переходом его Института в систему АН СССР. Кольцов был широким многогранным биологом. Одной из интересовавших его проблем была евгеника и генетика человека. Он ими занимался, преследуя чисто гуманные цели, не имевшие ничего общего с попытками фашистских идеологов использовать евгенику для реализации своих расовых теорий. Авторы указанной статьи, идя на заведомый подлог, писали: «Нетрудно убедиться в полном идейном родстве евгенических взглядов проф. Кольцова и современных фашистских ученых»; «Научная работа, проводимая биологами-дарвинистами в Советском Союзе, не оставляет камня на камне от реакционного бреда проф. Кольцова». Статью подписали академики А. Н. Бах и Б. А. Келлер, проф. Х. С. Коштоянц, Н. И. Нуждин и другие. В связи с этой статьей была создана комиссия под председательством академика А. Н. Баха для обследования Института экспериментальной биологии. В состав этой комиссии входили академики Т. Д. Лысенко, Н. Н. Бурденко, академик АН УССР А. А. Сапегин, члены-корреспонденты АН СССР Н. И. Гращенков, X. С. Коштоянц и др.
Президиум АН СССР 29 апреля 1939 г. признал, что выводы, подготовленные комиссией, «правильно квалифицируют деятельность профессора Н. К. Кольцова», и постановил реорганизовать Институт экспериментальной биологии. Одновременно Отделению биологических наук было предложено представить Президиуму АН СССР кандидатуру директора реорганизованного института. Кольцову в будущем институте отводилась лаборатория для разработки вопросов физиологии и морфологии клетки и гистогенеза. Так вместо Института экспериментальной биологии появился Институт цитологии, гистологии и эмбриологии АН СССР во главе с проф. Г. К. Хрущовым.