Лысенко воспользовался «учением» О. Б. Лепешинской для объяснения своей теории зарождения одного вида «в теле» другого, и направление Лепешинской стало одним из важных разделов мичуринской биологии. Второе, дополненное, издание той книги выходит в 1950 г. уже тиражом 25 000 экземпляров. Если до включения Лепешинской в лагерь Лысенко борьба велась преимущественно с генетиками, эволюционистами и инакомыслящими практиками, то теперь мишенью стали также цитологи, гистологи, эмбриологи, микробиологи.
В период борьбы с фашистским нашествием было не до споров в биологии, но после того как фашизм был раздавлен, война Лысенко с наукой возобновилась. Нажим на представителей нормальной биологии и желание заполучить занимаемые ими места усилились. Этому способствовало еще и следующее немаловажное обстоятельство. В довоенное время труд ученых в исследовательских институтах и преподавателей в вузах по сравнению с другими профессиями оплачивался очень скромно. В науку большей частью шли лишь те, кто глубоко и бескорыстно интересовался исследовательской работой. В 1946 г. вышло постановление о коренном улучшении быта ученых, и в материальном отношении ученые оказались в привилегированном положении, а занимаемые ими места приобрели значительно больший соблазн. Усилилось стремление их занять и труднее стало с ними расставаться.
В первые послевоенные годы дела Лысенко шли не совсем гладко. В печать начали прорываться отдельные критические статьи. Так, в 1946 г. в журнале «Селекция и семеноводство» появилась статья П. М. Жуковского под названием «Дарвинизм в кривом зеркале», направленная против лысенковской теории эволюции. В этом же году, несмотря на протесты Лысенко, в члены-корреспонденты АН СССР избирается крупный представитель классической генетики Н. П. Дубинин. 4 ноября 1947 г. в Московском университете при большом стечении ученых и студентов была проведена дискуссия по поводу отрицания Лысенко внутривидовой борьбы за существование. С убедительной критикой позиции Лысенко выступили академик И. И. Шмальгаузен и профессора А. Н. Формозов и Д. А. Сабинин. Лысенковцы в этой дискуссии участия не приняли.
29 ноября 1947 г. появился номер «Литературной газеты» с уничтожающей критикой отрицания Лысенко внутривидовой борьбы за существование. Авторами статьи были Шмальгаузен, Формозов, Сабинин и Юдинцев. На той же странице была помещена статья группы лысенковцев с беспомощной попыткой доказать правоту своего шефа. С 3 по 8 февраля 1948 г. в МГУ проходила обширная конференция по проблемам дарвинизма, на которой выступило 40 докладчиков из разных городов и ведомств. На этой конференции не было ни одного докладчика из лагеря Лысенко. Работа конференции отражена в книжке тезисов, открывающейся докладом академика И. И. Шмальгаузена. Ни в одном из тезисов фамилия Лысенко не упомянута, большинство же из них по своему содержанию в корне противоречат передовому мичуринскому дарвинизму.
Подобного рода события не могли не насторожить Лысенко. Он почувствовал, что управление советской биологией ускользает из его рук, однако затем последовали еще более грозные для него события. Заведующим Отделом науки Управления агитации и пропаганды ЦК ВКП(б) стал сын А. А. Жданова Ю. А. Жданов, по образованию химик-органик. В ЦК и после войны продолжали поступать донесения, разоблачающие теоретическую и практическую деятельность лысенковцев. Весной 1948 г. Ю. А. Жданов имел встречи с рядом биологов, в том числе генетиков, протестовавших против монополии лысенковской лженауки. 10 апреля 1948 г. Ю. А. Жданов выступил в аудитории Московского Политехнического музея на семинаре лекторов с большим докладом, в котором критиковал Лысенко за его антинаучные теории и ни к чему не приводящие обещания огромных достижений в сельском хозяйстве. Утрата позиций в Отделе науки ЦК грозила Лысенко полным крахом. Гигантская лысенковская конструкция не могла существовать при свете критики. Ее необходимо было погасить.
Сразу после выступления Ю. А. Жданова 17 апреля 1948 г. Лысенко направляет Сталину и А. А. Жданову письмо с жалобой на Ю. А. Жданова, который в своем докладе якобы использовал наговоры антимичуринцев, не дающих ему возможность нормально работать. В письме он говорил о своей готовности отказаться от президентства в ВАСХНИЛ и просил предоставить ему условия для продолжения работы по развитию мичуринской биологии на благо колхозно-совхозной практики. Ответом на обращение Лысенко была организация мрачно знаменитой августовской сессии ВАСХНИЛ. Хорошо информированный о положении дел в верхах генетик А. Р. Жебрак сообщил мне, что в повороте событий решающую роль сыграл Л. П. Берия. В это время между А. А. Ждановым и группировкой Берии-Маленкова велась жестокая борьба за место у трона. Берии удалось убедить Сталина, что попытка А. А. Жданова сокрушить народного ученого является грубой ошибкой. Во всяком случае 7 августа 1948 г., в последний день августовской сессии, всякая возможность сосуществования биологии с мичуринской биологией была окончательно ликвидирована.