Важнейшим событием был провал Лысенко при очередном переизбрании на должность директора Института генетики АН СССР на общем собрании Отделения общей биологии АН СССР в январе 1965 г. Этот пост он занял в 1940 г., после ареста директора института Н. И. Вавилова. За переизбрание голосовало 3 члена Отделения, против 15. Очевидно, что если бы академики заседали на несколько месяцев раньше, до ухода Хрущева, результат голосования был бы иным. В феврале 1966 г. Президиум АН СССР постановил ликвидировать Институт генетики, и Лысенко перевели на место заведующего лабораторией в «Горки Ленинские». Одновременно был учрежден Институт общей генетики АН СССР, директором которого избрали Дубинина.
В 1966 г. закончил свое двадцатилетнее существование редактировавшийся Лысенко журнал «Агробиология», на страницах которого публиковались труды лысенковцев и полемические статьи, полные брани в адрес оппонентов. Вскоре Лысенко вынужден был оставить и кафедру генетики в Тимирязевской сельскохозяйственной академии.
Крайне необходимо было повысить уровень знаний исследователей, преподавателей вузов и школ в области генетики, цитологии и молекулярной биологии, осведомляя их о последних достижениях западных ученых. В этом отношении большую роль сыграли монографии биофизиков М. В. Волькенштейна «Молекулы и жизнь» (1965), С. Е. Бреслера «Введение в молекулярную биологию» (1966), а также начавшие ежегодно появляться еще с 1962 г. под редакцией Г. М. Франка сборники переводов статей по цитологии и молекулярной биологии из первоклассного научно-популярного журнала «Scientific American».
Исследования в области молекулярной биологии и генетики на современном уровне требовали совместных усилий специалистов разных дисциплин — биологов, физиков, химиков, а для организации таких комплексных работ нужно было взаимное знакомство и взаимопонимание. Для выполнения этой важной задачи по инициативе биофизиков из Института высокомолекулярных соединений АН СССР в 1965 г. была собрана первая «Зимняя школа по молекулярной биологии». Поначалу приютили школу у себя в Дубне гостеприимные физики Объединенного института ядерных исследований. Собралось около 300 «школьников» всех возрастов, разных специальностей из многих городов страны. Лекторы, они же «школьники», знакомили собравшихся с последними результатами изучения белков, нуклеиновых кислот, с новейшими методами биохимических и биофизических исследований. Огромное значение имели личные контакты и дискуссии между представителями смежных дисциплин. Молекулярные школы начали собираться ежегодно, первое время они длились по 12–14 дней. В 1985 г. в Мозжинке под Москвой школа отмечала свое 20-летие. Трудно преуменьшить ее значение для овладения знаниями современной биологии и для развития молекулярной биологии в нашей стране. Фактически главой школы, ее научным руководителем был замечательный ученый и человек Р. Б. Хесин. Характерной чертой школы было сочетание серьезной науки с шутками и юмором. Лозунг ее был — «От ложного знания к истинному незнанию».
А вот со средней школой дело обстояло совсем плохо. Здесь вплоть до 1966 г. биология преподавалась по учебникам «Дарвинизма», содержащим концентрат бредней мичуринской биологии, и обучали ей преподаватели, большая часть которых понятия не имела о чем-либо ином. Наконец в № 4 журнала «Биология в школе» за 1965 г. публикуется проект «Программы по общей биологии для Х класса средней школы». Здесь же были помещены статьи генетиков о Г. Менделе (В. В. Сахаров), о значении мутаций (М. Г. Оганесян) и обобщающая статья М. Д. Голубовского «О развитии генетики в нашей стране и научной истине» с суровой критикой лысенковщины. В 1966 г. появилось «Пособие по общей биологии» коллектива авторов под редакцией профессора Ю. И. Полянского, где давалась нормальная биология. В 1969 г. пособие было преобразовано в учебник, который школы используют по настоящее время. Но это еще не решало вопрос. Необходимо было подготовить новых учителей биологии или переучить старых, что было, пожалуй, еще труднее.
Лысенковская империя, оказавшаяся без активной поддержки высоких инстанций, лишенная цензурного щита, начала рушиться. Однако лысенковцы продолжали занимать захваченные ими места в научных, учебных и научно-административных учреждениях. Часть из них начала перестраиваться в меру своих способностей на новый лад, но большинство отстаивало право на существование мичуринской биологии и добивалось какого-то компромисса с наступавшей генетикой и молекулярной биологией. Это был существенный отход от позиции 1948 г., когда на августовской сессии главный лысенковский идеолог и опричник Презент возглашал: «Мы не будем дискуссировать с морганистами (аплодисменты), мы будем продолжать их разоблачать как представителей вредного и идеологически чуждого, привнесенного к нам из чуждого зарубежа, лженаучного по своей сущности направления (аплодисменты)» (с. 510).