Другой главный догмат христианства после учения о Троице — учение о вочеловечении Сына Божия, раскрывавшееся во время споров несторианских и монофизитских.
В специальную область христологии Василий Васильевич вступил также весьма рано. Историю несторианства в первоисточниках он изучал еще на студенческой скамье, будучи на IV курсе (1878–1879). Сделанное им при продолжении этого изучения в 1880–1881 гг. историко–литературное открытие, свидетельствующее о том, насколько внимательным было это изучение, заставило его на более продолжительное время остановиться на этих занятиях. У него все уже было готово для того, чтобы представить в 1885 или 1886 г. докторское сочинение на тему из истории изученной эпохи, а именно — о главном источнике истории несторианства, известном под названием Synodicon Lupi, и его авторе — Рустике.
Факт этот общеизвестным сделался только уже по смерти Василия Васильевича. В его бумагах найдены два документа, как бы завещания ученого характера на случай его смерти, имевшие целью сохранить для ученого мира его открытие. В одном, относящемся к началу 1890–х гг., это открытие кратко аргументируется, в другом, более раннем, дается ключ к собранным материалам.
«Если бы… не известные обстоятельства… — говорится в первом из них, — то, думаю, в конце 1885 — начале 1886 г. случилось бы следующее: доцент СПб. Духовной академии В. Болотов предоставил бы на соискание степени доктора богословия сочинение «Рустик, диакон Римской церкви, и его сочинения» и, вероятно, защитил бы его публично». «Главному тезису, — говорится далее, — автор склонен придать известное научное значение. — В Theodoreti opera в V t. печатается обычно Synodicon Lupi, главный источник для истории 430–435 гг. (дело Нестория). Составитель Синодика — аноним, неизвестный науке автор. Мне, думаю, удалось открыть, что этот неизвестный — не кто иной, как племянник Вигилия, диакон Рустик. — Сказать что‑нибудь новенькое в заезженной всякими «пособиями» древней церковной истории не совсем легко, и я решил — Рустика избрать в продолжатели своего Оригена».
Намерение свое относительно получения докторской степени Василий Васильевич по тем или другим основаниям не счел нужным исполнять (она была дана ему, помимо соискания с его стороны, в 1896 г., за другие труды) и не обнародовал при жизни результатов своих изысканий. По одному случаю, в конце 80–х гг., как сообщает он сам в документе, слова из которого приведены выше, он послал проф. А. П. Лебедеву латинскую анаграмму:
«Salve, secunde comes, per cunctos saeculi laeti Annos, ymni memor Cretici!
Odi, о Cassi».
Анаграмма составлена из фразы: «Synodi Cassinensis collectorem esse Rusticum, Romanae ecclesiae diaconum, puto». Вероятно, он выжидал более или менее удобного времени, чтобы окончательно разработать собранные материалы, оставшиеся после него, по его выражению, лишь в качестве disjecta membra, и сделать известными свои ι выводы. История несторианства получила бы тогда, без сомнения, полное и всестороннее освещение под его пером.
Догматико–исторические знания из этой области ему пришлось применять на практике в последнее время при воссоединении сиро–халдейских христиан с Православной Церковью в 1898 г. Он редактировал тогда догматические формулы для воссоединяющихся и был вообще ученым руководителем в этом деле.
Нет даже нужды упоминать, что наряду с несторианством было изучаемо им и монофизитство с его догматикой. Этому догматическому антиподу несторианства Василий Васильевич и в лекциях, и в печатных трудах должен был уделять даже гораздо больше места, нежели несторианству, при большей его исторической важности вообще в сравнении с несторианством и ввиду своих специальных занятий историей монофизитских Церквей — Коптской и Эфиопской. Богословские споры, например, в Эфиопской церкви, возникшие на монофизитской почве, главным образом споры по вопросу о «помазании» Христа, вопросу, который «мог бы занять, — по замечанию Василия Васильевича, — не одну страницу и в книге глубокого догматиста–мыслителя», были предметом особого исследования с его стороны.
Вообще, и несторианство, и монофизитство для Василия Васильевича, поскольку научные его интересы приводили его в непосредственное даже соприкосновение с современными представителями этих древних ересей, являлись не просто лишь отжившим историческим фактом прошлого: ему приходилось иметь дело с ними и их догматикой как с живым еще до известной степени явлением, именно как богослову — представителю Православия.