Однако мальчик оказался надолго оторванным от Москвы и семьи: в 1902–1911 гг., получив стипендию директора Морозовской фирмы, он стал учиться в закрытом Коммерческом училище в Петербурге, которое и закончил с золотой медалью. Но там, вспоминал М. Н. Тихомиров, «проиграв в знании древних языков», он «получил некий возмещающий эквивалент в виде законоведения, политической экономии и прочих предметов, которые не изучались в гимназиях и реальных училищах». Особенно же важным оказалось то, что в старших классах преподавал историю приват—доцент Петербургского университета Борис Дмитриевич Греков – будущий знаменитый историк. Он заметил у юноши «интерес к истории», пригласил к себе, рассказывал об изучении прошлого, говорил об истории России, познакомил с альбомом древнерусской скорописи, «зародив навсегда интерес к русской письменности». Именно в этой связи в статье, посвященной памяти академика Б. Д. Грекова, М. Н. Тихомиров напишет в 1958 г.: «Счастливы те люди, которые могут вызвать в молодых душах интерес к науке, к знанию»[8] (эти слова М. Н. Тихомиров мог с полнейшим правом отнести, прежде всего, к самому себе!) Подаренную – возможно, именно в тот день – фотографию красивого человека лет под тридцать с уважительной надписью: «Дорогому Михаилу Николаевичу Тихомирову на добрую память. Б. Греков, 28.V.1911» мы, ученики Михаила Николаевича, видели затем на стене его холостяцких комнат в Москве – и в маленькой, длинной, на втором этаже деревянного флигеля во дворе дома 46 по улице Герцена, и тогда, когда, став членом—корреспондентом АН СССР, он занимал уже две комнаты в коммунальной квартире двухэтажного дома на углу Беговой улицы и Хорошевского шоссе, и в последней просторной отдельной квартире – в высотном доме на Котельнической набережной (на третьем этаже, над кинотеатром «Иллюзион»). Выпускное сочинение в училище юноша писал на тему «Исторические взгляды А. С. Пушкина». Сочинение это не дошло до нас; но вряд ли там можно было обойти трагедию «Борис Годунов», столь важную для познания жизни Москвы XVI – начала XVII в.
«Кандидат коммерции» твердо решил заняться русской историей. Однако помехой поступлению в Московский университет были не только обязательство «отработать» бесплатное обучение и материальные трудности в семье, но и необходимость сдавать экзамены по древним языкам. В течение года молодой служащий конторы Рябушинских в Китай—городе, получавший уже немалое по тем временам жалованье (40 рублей в месяц), «начиная с азбуки», сумел подготовиться к этим экзаменам и впоследствии не раз обращался к источникам на древних языках. В воспоминаниях воспроизведен разговор его отца с директором фирмы, от имени которого он получал стипендию в училище: «Что же, Миша думает быть профессором Московского университета» Для этого нужны деньги!»
В университете М. Н. Тихомиров много занимался у лучших профессоров. Позже, размышляя о задачах высшего образования, ученый не раз возвращался к впечатлениям тех лет. Он проходил школу изучения источников – и по русской истории и по зарубежной: законодательных памятников, актов, житийной литературы. «Определяющим учителем» для него стал Сергей Владимирович Бахрушин – ровесник Грекова, происходивший из образованной семьи богатейших московских купцов, известных благотворительностью и страстью к собиранию книг и других памятников культуры. М. Н. Тихомиров занимался под его руководством историей Новгорода и Пскова, но сам—то С. В. Бахрушин в то время как исследователь с особым интересом изучал прошлое Москвы: незадолго до поступления М. Н. Тихомирова в университет была опубликована работа Бахрушина о хозяйственной деятельности московских великих князей, в 1917 г. – большая статья «Московский мятеж 1648 года». К статье этой и по тематике и даже по терминологии заголовка – «мятеж» – близко дипломное сочинение М. Н. Тихомирова о Псковском мятеже 1650 г.[9] Написание обоих исследований было обусловлено возрастающим интересом к истории классовой борьбы в канун великих революционных событий 1917 г.
Прошлое Москвы очень интересует в студенческие годы и М. Н. Тихомирова. Среди немногих сохранившихся (или сохраненных им в его архиве) рукописей тех лет – конспекты трудов по истории Москвы, особенно московского церковного зодчества, выписки из материалов описаний подмосковных селений и их церквей, зарисовки (точнее сказать, чертежи) храмов и усадеб Подмосковья.[10] Можно предполагать, что сюжеты истории Москвы и ее культуры уже тогда были предметом взаимных интересов учителя и ученика.