Воцарение Алп-Арслана, сына Чагры и племянника Тогрула, состоялось не без сложностей, которые стоит описать из-за причастных к ним личностей. Ему пришлось сражаться против сына одной из жен Тогрула, дочери хорезмшаха, на которой он женился во время своего пребывания в Хорезме (ее сын не был Сельджукидом, но у него были сторонники, поскольку Тогрул не имел детей), против Кавурта из Кермана, которого он победил, и, наконец, против Кутлумуша, опиравшегося на туркменов и, возможно, на еретиков из Северного Ирана. Кутлумуш был убит, но вскоре мы встретимся с его сыновьями. Визирь аль-Кундури, колебавшийся между партиями, которого к тому времени сменил назначенец Алп-Арслана Низам аль-Мульк, был казнен по навету последнего, что было редким явлением, причины которого неясны.
Царствование Алп-Арслана, в своем лице объединившего хорасанское наследство своего отца и ирано-месопотамское наследство, доставшееся ему от дяди, запомнилось прежде всего как правление великого воина, каким он показал себя на границах Центральной Азии, сражаясь с Караханидами и Газневидами, но прежде всего на Западе. Его политика шла в тех же двух направлениях, что и у Тогрула, но он сделал еще один шаг вперед. Туркменов больше не удерживали в Ираке или в Центральном Иране, и теперь они предприняли массированное наступление на Армению, а вскоре и на византийскую Малую Азию, проникая все глубже, но только с целью грабежа. Некоторые из них базировались в Азербайджане, другие – таких было меньше – в Верхней Месопотамии. Всему этому содействовали состав войск Византии (см. выше), разногласия между армянскими и византийскими лидерами и вызванный этим периодический отвод войск, стоявших на границе, а иногда прямой и открытый призыв к туркам-туркменам присоединиться к одним против других. Таким образом, всего за несколько лет туркмены разграбили весь район Аракса и двух верхних рукавов Евфрата до места их слияния, а также район Малатьи (Мелитены). В 1059 году один отряд дошел даже до важного центра Сивас (Себастия), расположенного гораздо дальше к западу. Другие рейды доходили до Эдессы, где туркмены осаждали недавнее приобретение Византии – греческие крепости, стоявшие на юго-восточных границах Малой Азии.
Однако необходимо различать две группы этих туркменов, несмотря на то что разделительная линия между ними вовсе не была четкой. Были такие, особенно среди тех, что шли в юго-восточном направлении, которых, возможно, послал Алп-Арслан с целью быстро пробить дорогу для своих дальнейших действий. Но были и другие, которые действовали, не подчиняясь никаким приказам и дозволениям, или те, кто был настоящими мятежниками, искавшими убежища – пусть и временного – за пределами мусульманских территорий, зависевших от султана. Таким, например, был случай с одним афшином, который в 1067–1068 годах дошел до Кайсери (Кесарии) и даже Амория во Фригии (ок. 170 км к юго-западу от Анкары), находящихся далеко на западе Анатолийского нагорья, а в 1070 году – с дядей Алп-Арслана Эрисгеном (?), который, будучи преследуем афшином, вернувшим себе благосклонность правителя, поступил на службу к византийцам и с которым мы еще встретимся позднее. Кроме того, банды самого разного происхождения стремились поступить на службу к сирийским и другим правителям. Например, некий Ибн Хан, который поступил к Мирдасидам из Алеппо, после того как служил Марванидам и даже византийцам, или один из подчиненных Эрисгена, который в 1070 году поступил на службу к Фатимидам, чтобы завоевать бедуинов в Палестине, а потом, сочтя полученное вознаграждение недостаточным, в 1071 году ради собственной выгоды взял Иерусалим.
Чтобы предотвратить вторжение на свою территорию, Византия несколько раз пыталась вступать в переговоры с Тогрул-беком, а позже с Алп-Арсланом. Последний, чьим главным проектом был поход против Египта через Сирию, не был a priori против, хотя во время своего последнего наступления он без колебаний прикрыл свой византийский фланг туркменами. Кроме того, он практически не мог влиять на тех туркменов, которые не были его подданными. В его царствовании можно выделить два периода. Во время первого он в 1064 году с помощью набегов туркменов совершил важное для себя завоевание города Ани, бывшей столицы Армянского царства, незадолго до этого захваченной византийцами. Тогда речь еще не шла о традиционной территории Византии, тем более что в Армении существовали мусульманские эмираты. Но потом Алп-Арслан пожелал отнять у Византии крепости, например Эдессу, которые были форпостами продвижения Византии с территории Малой Азии на мусульманские земли и несли им потенциальную угрозу. Однако в 1068 году, когда Алп-Арслан в рамках своей «священной войны» с неверными совершал новый поход, изначально затеянный для усиления его власти над непокорными мелкими князьями, жившими на крайнем северо-западе Ирана, он повернул свои войска против грузин. В 1071 году он пришел в Сирию и заставил правителя Алеппо, который, как и его подданные, был шиитом, вознести молитву в честь аббасидского халифа и признать себя его вассалом (хотя до этого был вассалом Фатимидов), и, наконец, подготовил нападение на Фатимидов.