Какими бы ни были реальные обстоятельства установления сельджукского протектората над Багдадом в 1055 году, очевидно, что из него вытекали различные проблемы взаимного приспособления друг к другу. Большую часть трудностей удалось устранить благодаря тому, что визирями у халифа практически без перерыва служили двое Ибн Джахиров, отец и сын. Оба благодаря семейным альянсам завоевали доверие Низам аль-Мулька и в то же время были достаточно осторожны, чтобы не задевать чувствительность халифа. Однако нет сомнения, что в конце царствования Мелик-шаха отношения испортились. Мелик-шах и его всемогущий визирь считали власть султана институтом, источником легитимности которого является она сама. В любом случае никто не сомневался, что он имеет право вершить все дела, включая религиозные. Однако в Багдаде это могло привести к столкновениям. Алп-Арслан избегал их, чего нельзя сказать о Мелик-шахе, которому доставляло удовольствие пребывать в столице Аббасидов. К концу его правления встал вопрос об изгнании халифа. Обстоятельства, при которых умер Мелик-шах, внушили некоторым мысль о вмешательстве Аллаха на стороне халифа, но это не доказано.
В религиозном плане характерной чертой периода Сельджукидов стало возникновение сильного ортодоксального движения суннитов. Действительно, пропаганда самого разного рода добралась до туркменов, большая часть которых в данном случае была недостаточно развитой, чтобы интересоваться теологическими диспутами. Однако Великие Сельджукиды то ли по убеждению, то ли по политическим мотивам выдавали себя за поборников ортодоксальности в противовес вялости и пререканиям предыдущих поколений, и, как мы уже предполагали, их завоеваниям могла способствовать поддержка, которую они, благодаря этому, получили от хорасанской, а позднее от другой ортодоксальной знати. Поэтому многие черты их поведения в этом отношении следует относить не столько к их индивидуальным достоинствам, сколько к силе общего движения ортодоксальной реакции, характерного для ислама, начиная с XI века, в сравнении с предшествующими поколениями.
Сельджуки были великими строителями мечетей и других общественных центров. Но их главным нововведением стали медресе. Определенные прецеденты существовали в Хорасане и, вопреки различиям между сектами, у исмаилитов, где их появление было вызвано аналогичными интересами. Но Сельджукиды стали первыми, кто придал им подлинную значимость и широкомасштабно ввел их в практику. Медресе – это учебное заведение, которое, в отличие от других, более ранних, устроено специально для преподавания религиозно-правовых наук с ортодоксальной точки зрения. Медресе накопили большие богатства в виде полученных ими благочестивых даров – вакуфа, и, кроме того, из их студентов, обученных наставниками, набирали будущих государственных чиновников. Строго говоря, преследований иноверцев со стороны ортодоксов не было до тех пор, пока политически они не представляли опасности. Но в силу того простого факта, что все средства и для учителей, и для студентов были в распоряжении ортодоксов, самые лучшие должности и в сфере управления, и в сфере права были зарезервированы за ними. Иноверцы, очевидно, оказывались в невыгодном положении. Среди самих туркменов в рамках ортодоксии доминировала школа ханафитов – одна из четырех разрешенных школ права, имевшая многочисленных последователей в Хорасане. Однако не похоже, чтобы позиция Великих Сельджукидов подразумевала желание отдавать особое предпочтение ханафизму, поскольку Низам аль-Мульк был и всегда оставался членом другой школы – школы шефатитов, очень широко распространенной по всей мусульманской Азии. Именно Низам аль-Мульк лично основал в Багдаде самое знаменитое медресе Низамия, где он собрал величайших ученых своего времени, включая аль-Газали. В теологии он был приверженцем до тех пор считавшегося спорным учения аль-Ашари, но Низамия не ограничивалось его доктринами, как иногда думают, и правительство султана прилагало особые усилия, чтобы избежать споров, предполагая, естественно, что люди останутся в рамках того, что считалось совместимым с ортодоксией.
Более того, ортодоксия расширялась. Например, она допускала определенные формы суфизма, иными словами мистицизма. До тех пор ислам с подозрением относился к людям, заявлявшим, что они очень легко вступают в общение с Богом и не нуждаются в общепринятых способах молиться. Но в XI веке мистики стали более активно утверждать свою ортодоксальность. Они начинали организовываться в группы, которые мало-помалу становились настоящими конгрегациями. С другой стороны, общее движение, во главе со своим самым знаменитым представителем аль-Газали, стремилось сделать свою религиозную позицию, которая у теологов была главным образом интеллектуальной, или рассудочной, идущей от сердца. Возможно, общественное влияние туркменов усилило это движение, поскольку эти новообращенные, еще незнакомые с учеными спорами в более раннем исламе, были более восприимчивы к религиозным демонстрациям суфиев. В любом случае с конца XI века одной из их форм благочестия для них становится организация, или защита «монастырей» – ханаков суфиев, или, как они сами себя называли в ирано-туркменском ареале, дервишей. В силу соперничества за материальные блага они могли также создавать своего рода «ордена», существовавшие за счет пожертвований.