Смерть Мелик-шаха знаменует собой начало упадка, который можно было предсказать и который продолжался в течение века. Однако его не следует абсолютизировать. Политический распад вовсе не угрожал религиозной ориентации, которую мы описали. Он не повлиял даже на масштабы тюркского (туркменского) проникновения, которое становилось все более заметным, благодаря дальнейшему вытеснению оставшихся арабских, курдских и персидских хозяев туркменскими.
Среди разных причин упадка, таких как недисциплинированность туркменов, прекращение завоеваний, угроза со стороны ассасинов, самой главной является отсутствие какого-либо четкого правила наследования. Борьба между сыновьями и дядьями Мелик-шаха закончилась заключением соглашения в пользу одного из его сыновей, Мухаммеда, который восстановил видимость единства империи, но должен был передать весь Хорасан в качестве автономного удела своему брату Санджару. Сирия была практически автономной и, более того, раздробленной, не говоря уже о той территории, которую, воспользовавшись положением дел в государстве, захватили крестоносцы. Провинция Мосул превращалась в непослушный военный округ, а дальше в Диярбакыре несколько районов отхватили себе Артукиды, в то время как бывший военачальник Ахлат на озере Ван провозгласил себя правителем под громким титулом «царь армян». Естественно, в таких обстоятельствах ресурсы султана истощались. Мухаммед был не в силах подчинить ассасинов, и некоторые местные правители опирались на них в своем соперничестве с другими. В царствование наследника Мухаммеда Махмуда процесс продолжил набирать обороты. В качестве примера можно привести беззаконные действия вождя бедуинов Дубая у самых ворот Багдада. Но в особенности тот случай, когда во времена брата Махмуда, Масуда, Санджар, который, как старший в семье, обеспечил себе определенный сюзеренитет, поддержал других своих племянников. Но самым драматическим эпизодом стала осада Багдада в 1133–1134 годах. В борьбе между претендентами легитимация со стороны халифа, безусловно, имела значение, и, значит, халиф мог воспользоваться этим для получения преференций при ведении переговоров, в то время как султаны, нуждаясь в деньгах, имели тенденцию скорее увеличивать свои материальные требования. Халиф Мустаршид принял сторону противников Масуда, который осадил Багдад. Некоторые туркмены, не знавшие, кому служить, чтобы лучше обеспечить свое будущее, предложили ему свои услуги вместе с остатками своих войск. Однако халиф был разбит и позже вместе со своим другом Дубаем убит (
assessinated), так же как и его преемник Рашид. Но ход событий, который за счет ослабления султана делал халифа все более независимым, нельзя было повернуть вспять, и его преемник без единого боя получил фактическую региональную независимость, во имя которой умерли двое других. В действительности в конце царствования Масуда, хотя он один носил титул султана, он фактически стал марионеткой в руках нескольких могущественных военачальников, за чью лояльность он должен был платить огромными льготами и чью власть ограничивало только соперничество между ними. Атабеки (воспитатели) различных малолетних принцев получили такую личную власть, которая в теории была гарантирована их подопечным. С помощью этих средств Зенгиды удерживали Мосул и Алеппо, а Ильдегиз и его потомки – Азербайджан. Сельджуки, в основном из Кермана, сохраняли определенную степень независимости, тогда как главы племен, в свою очередь, старались отхватить княжества для себя, как, например, Салгуриды в Фарсе. Только благодаря толерантности тех князей, которые надеялись добиться для себя признания в обход остальных, последним Сельджукам удавалось сохранять некоторую власть на Иранском нагорье. Когда последний из них, Тогрил, попытался на время возобновить несколько более активные действия, халиф сделал так, что на него с тыла напал (в 1194 г.) хорезмшах (о котором мы скоро вкратце поговорим). Таким образом, в 1194 году династия теряется во мраке.