После смерти Сельджука, похороненного в Дженде в гробнице, которую его потомки позже украсили, члены его рода разделились на две ветви. Михаил был убит еще молодым, Муса (Моисей) оказался не слишком активным, а относительных высот достиг Израил, известный также под тюркским именем Арслан (Лев), и два сына Михаила, Чагры-бек и Тогрул-бек. В результате обращения в ислам наконец облегчился их доступ на мусульманскую территорию к югу от Сырдарьи с того самого момента, когда Караханиды сначала угрожали Саманидам, а потом, после падения Саманидов (в 999 г.), одни Караханиды, которые сражались против других, почувствовали возрастающую необходимость в поисках какой-нибудь помощи. В конце концов, Арслан (Израил) обосновался в степи вблизи Бухары. Но его племянники, изгнанные из Дженда огузским ябгу, отделились от Израила и какое-то время жили с Караханидами дальше к северу. Однако в 1025 году – первая точная дата – все они вместе поступили на службу к Караханиду из Бухары Али-Тегину в то время, когда он потерпел поражение от Махмуда Газневи. В результате этого поражения Арслан (Израил) согласился переехать со своими людьми в Хорасан, где Махмуд хотел его поселить, чтобы вдали от Али-Тегина он стал ему надежным слугой. Чагры и Тогрул, со своей стороны, на время нашли приют в Хорезме, расположенном в широкой пойме Амударьи к юго-востоку от Аральского моря под защитой цепи пустынь и принадлежавшем одному из автономных вассалов Махмуда. Так история Сельджукидов разделилась на историю этих двух частей, которые не всегда правильно дифференцировалась.
Империя Сельджуков в конце XII века
В последние годы жизни хорасанская ветвь рода Сельджука доставляла Махмуду больше проблем, чем пользы. Напрасно он держал в заложниках Израила, который, судя по всему, умер в крепости на границе с Индией. Скотоводы-огузы были не в состоянии уважать запрет на доступ в развитые, хорошо управляемые провинции. В 1029 году ему пришлось отправить их назад. Ускользнув от него, они сбежали через Иран в Азербайджан, где местные правители, чтобы избежать разорительных набегов, с радостью наняли их для использования против своих соперников и даже для набегов на армяно-византийские границы. Так в этих местах впервые появились воины, которым позже было суждено сыграть там такую важную роль. В какое-то время разногласия между сыновьями Махмуда позволили Сельджукам вернуться в Западный Хорасан, откуда они совершали небольшие грабительские набеги во всех направлениях. Сын Махмуда Масуд вышел из борьбы победителем и обратил свое внимание против Индии и Буидов, а не против огузов, которые в отсутствие хоть какого-то лидера вели себя как обычные бандиты, против которых требовались рутинные действия местной полиции.
Однако другие Сельджукиды из Хорезма, испугавшись ягбу огузов, который был хозяином Дженда, решили уйти, чтобы занять область в Центральном Хорасане, пустовавшую после того, как оттуда ушла первая группа туркменов (т. е. тюрков, принявших ислам). Когда им не дали разрешения, они захватили землю силой. На этот раз у них были лидеры в лице братьев Чагры и Тогрула, которые знали, чего хотели. Они добились, что их признали «подопечными правителя правоверных», и рассылали во все стороны налетчиков. Но в то же время они выставляли себя образцовыми правоверными и так успешно укрепляли отношения с ортодоксальными кругами больших городов, что настал день, когда последние, устав от разорения, от которого власть Газневидов, сама по себе искусная во взимании налогов, не могла уберечь их сельскохозяйственные угодья, решили подчиниться лидерам сельджуков, чтобы хотя бы направили свой воинственный пыл куда-нибудь еще. Таким образом Мерв и Нишапур покорились Чагры и Тогрулу (1028–1029 гг.). Только тогда Масуд осознал реальную опасность. Против туркменов были отправлены войска. Но это были тяжеловооруженные войска, неспособные поймать туркменов в степи, к тому же деморализованные от жажды и отсутствия перспективы разжиться какой-нибудь добычей. Однажды сельджуки все же рискнули дать бой на равнине Данданакан, к северу от Мерва. Масуд был разгромлен и бежал в Индию (1040 г.). Хорасан и далее все Иранское нагорье лежало открытым перед тюрками-туркменами.