На следующий день после занятия Азова Петр приказал французскому инженеру де Лавалю составить план строительства новой крепости в Азове. Через три дня план был готов и представлен на утверждение военного совета.
По этому плану намечалось построить в Азове пять каменных бастионов с равелинами, а на другом берегу Дона, напротив крепости, построить отдельный форт. План немедленно стали приводить в исполнение.
15 августа Петр I покинул Азов и отправился в Москву. В городе был оставлен сильный гарнизон, состоявший из 5597 солдат и 2709 стрельцов. Воеводой Петр назначил стольника князя П. Львова, с ним было два дьяка — В. Русинов и И. Сумороцкий.
30 сентября 1696 г. состоялся торжественный въезд победителей под Азовом. Войска, растянувшиеся на много километров, прошли через Москву. Впереди ехал адмирал Лефорт и генералиссимус Шеин, а за ними пешком с протазаном — капитан Петр Алексеев.
Пышность встречи не соответствовала масштабам победы. Кстати, и Петр не питал излишних иллюзий на этот счет. По поводу взятия Азова он заявил приближенным: «Теперь мы, слава Богу, один угол Черного моря уже имеем, а со временем, может быть, и все его иметь будем». На замечание, что сделать это будет трудно, Петр возразил: «Не вдруг, а помаленьку».
20 октября на заседании в Боярской думе было рассмотрено два вопроса: о заселении Азова русскими и о строительстве флота.
Бояре приговорили отправить в Азов 3 тысячи стрельцов с семьями из низовых (поволжских) городов и поселить там 400 калмыков. По второму вопросу ограничились общим, но принципиальным решением: «Морским судам быть».
Конкретные решения были приняты на заседании Боярской думы 4 ноября 1696 г. Бояре приговорили патриарху и монастырям строить флот из расчета с 8 тысяч крестьянских дворов корабль, а боярам и дворянам — из расчета с 10 тысяч дворов корабль. Купцы должны были совместно построить 12 кораблей.
Для строительства кораблей землевладельцы духовные составили 17 отдельных кумпанств (компаний), а светские — 18. Для составления этих кумпанств помещики и вотчинники, имевшие 100 дворов и более, должны были приехать в Москву в Поместный приказ к 25 декабря 1696 г. под страхом конфискации царем их поместий и вотчин. Мелкопоместные же землевладельцы должны были внести по полтине со двора.
Первоначально планировалось построить кумпанствами 52 корабля, но затем это число увеличили до 71. Купцы тоже должны были построить на 6 кораблей больше, то есть 18. Несколько судов решили построить на государственные деньги.
В марте 1697 г. Петр уехал за границу, но строительство флота в Воронеже продолжалось. Вернувшись из-за рубежа в октябре 1698 г., Петр приехал в Воронеж и лично занялся строительством флота. Петр Алексеев стал официально занимать должность «адмиралтейской верфи баса» (мастера) и получил по ней денежное содержание от казны 366 рублей в год.
В ноябре 1698 г. в торжественной обстановке на Воронежской адмиралтейской верфи Петр заложил свой первый «государев» корабль — 58-пушечный «Гото Предестинация» («Божие предвидение»). Корабль имел длину 40 м. и ширину 9,8 м.
Одновременно с Азовским флотом строилась его база на Азовском море — Таганрог, место для которого выбрал лично Петр сразу после взятия Азова.
Тем временем Австрия решила пойти на мир с турками. 3 ноября 1698 г. в Карловицах под Белградом была начата мирная конференция, на которой наряду с турецкими и австрийскими представителями был и русский посол П. Б. Возницын. 9 ноября на тайной встрече Возницына с турецкой делегацией турки призвали русских последовать примеру царя Михаила, возвратившего ради дружбы с ними захваченный казаками Азов, и ради «приятства» вновь вернуть им Азов. Кроме того, турки настаивали на разрушении приднепровских городков, захваченных русскими в 1695 г. Возницын, в свою очередь, потребовал у турок Керчь, от чего османы пришли «в великое изумление».
На следующих встречах турки не упоминали об Азове, а русские — о Керчи. Спор возобновлялся лишь из-за приднепровских городков. Петр не хотел делать туркам в общем-то пустяковой уступки, но, с другой стороны, желал иметь свободные руки для войны со Швецией. Поэтому Возницын по указанию царя согласился лишь на двухлетнее перемирие с турками. Согласно этому перемирию, Азов оставался за русскими, а вопрос о городках оставался открытым. Остальные же противники Турции 15 января 1699 г. подписали с ней Карловицкий договор. Австрийская империя сохранила за собой Славонию, Трансильванию, значительную часть Венгрии, без Темешвара, и часть территории к востоку от Тиссы, оставив туркам примерно одну треть их прежних владений в Венгрии и, соответственно, наконец-то утвердилась у ворот на Балканы. Польша вновь получила Подолию, Каменец и Западную Украину с участком территории к востоку от Тиссы, но ушла из Молдовы. Венеция вновь обрела Морею, остров Санта-Мауру, но уступила захваченные ею территории к северу от Коринфского перешейка.