Политическая элита восточных областей королевства сделала другой выбор. Территория, которую взял под свой контроль соперник Фердинанда, в исторической литературе именуется державой (или королевством) Яноша Запольяи. В ее основу легли собственно Трансильванское воеводство и сопредельные области, которые со временем станут именовать Парциум (название происходит от латинского Principatus Transilvaniae partiumque eidem adnexarum — Княжество Трансильвании и присоединенных к нему частей). Венгерская историография в XIX и XX вв. славила короля Яноша как «национального» государя, боровшегося с габсбургским абсолютизмом. Сегодня уже никто не применяет к династиям XVI в. вообще и к Запольяи в особенности термин «национальный». Выбор «меньшего зла» привел Яноша прямиком в Стамбул. Так или иначе, он укрепил позиции султана, который будет гордо считать Трансильванию своим лучшим творением.
Вторая половина столетия прошла в изнурительной борьбе Габсбургов и правителей Трансильвании за право возглавить и довести до конца объединение Венгрии. В 1538 г., после ряда вооруженных столкновений, Запольяи отказался от претензий на венгерский престол. В 1552 г. его вдова Изабелла Ягеллон (1519—1559) вернула корону святого Иштвана (Стефана). В 1570 г. их с Запольяи сын Янош Жигмонд (1540—1571) принял титул трансильванского воеводы и тем самым признал, что провинция — составная часть Венгрии. Однако договор так и не вступил в силу, и объединения Трансильвании с Венгерским королевством не произошло. В 1571 г. на престоле закрепились представители рода Батори, правившего с небольшими перерывами вплоть до 1602 г. Первый из них — Иштван (1571—1586), больше известный российскому читателю как польский король Стефан Баторий, — в 1576 г. официально получил от султана княжеский титул. Желая навербовать себе как можно больше сторонников, правители Трансильвании щедро раздавали земельные владения своим сторонникам из числа мелких дворян, в том числе зажиточной секейской верхушке. Так в руки предков Келемена перешло имение Загон, ставшее родовой приставкой к имени Микешей.
В сложной системе международных, союзнических, вассальных отношений княжество взяло на себя роль борца за воссоздание территориальной целостности Венгрии, а средством достижения избрало борьбу с монархией Габсбургов, войти в состав которой, не без колебаний и внутренней борьбы, предпочла часть венгерской политической элиты. В результате на полтора века вперед венгерский господствующий класс оказался по разные стороны масштабного противостояния, в котором Австрийский дом пытался положить конец османской территориальной экспансии. Два сегмента некогда единой венгерской элиты воевали по разные стороны линии фронта, хотя при этом не теряли черты единого социального организма: заключали браки, владели землей и на этом основании участвовали в политической жизни соседнего государства. Не случайно для Трансильвании появилось выражение «другое отечество» («màs anyaorszàg»).
На рубеже XVI—XVII вв. катастрофическими последствиями для княжества обернулась так называемая Долгая война Габсбургов против Османской империи, продолжавшаяся по одним подсчетам 15 (1591— 1606), по другим — 13 лет (1593—1606). Трансильвания не раз становилась театром военных действий. При бездействии императорской армии власть в княжестве в 1598 г. захватил валашский воевода Михай Храбрый (1558—1601). Изгнавший его в 1601 г. габсбургский генерал Джорджо Баста (1644—1607) установил в стране оккупационный режим, сопровождавшийся конфискацией имений у крупнейших землевладельцев и насаждением власти католической церкви. В рядах тех, кто сражался с оккупантами, были прапрадеды Келемена — Дёрдь и Бенедек, взятые в плен, но вскоре отпущенные на свободу.
Ответом на присутствие Габсбургов в Трансильвании стало — первое в череде еще более мощных выступлений — движение под предводительством Иштвана Бочкаи (1557—1606). Он происходил из семьи среднепоместных трансильванских дворян. В юности воспитывался при габсбургском дворе в Вене и Праге, впоследствии активно участвовал в политической борьбе в княжестве, был приговорен к конфискации имений и изгнанию. Наблюдая неудачи Габсбургов в войне с Оттоманской Портой, Бочкаи примкнул к антигабсбургским силам. Возглавленное им движение, которое начиналось с попытки восстановить османский протекторат над Трансильванией, вскоре превратилось в борьбу за религиозную свободу. Это обеспечило ему широкую поддержку населения. В феврале 1605 г. Бочкаи официально получил от султана титул трансильванского князя, в апреле принял титул выборного князя Венгрии. Тогда от него отвернулось не только католическое, но и протестантское дворянство. Желая положить конец гражданской войне, Бочкаи вступил в переговоры с габсбургскими эмиссарами.