После смерти Бетлена трансильванский престол и миссия борьбы против Габсбургов перешли к семейству Ракоци — крупнейшим землевладельцам-протестантам из Верхней Венгрии. Дёрдь I (1630—1648) последовательно упрочивал княжескую власть в стране, стараясь заложить основы династической монархии. Как венгерский магнат он активно участвовал во внутриполитической жизни соседней Венгрии. На международной арене трансильванские дипломаты действовали в Молдавии и Валахии, в Речи Посполитой, в стане запорожских казаков, а также во Франции и Швеции. Укрепляя связи с европейским протестантским лагерем, Дёрдь I своего младшего сына Жигмонда женил на Генриетте Пфальцской (1626—1651), дочери вождя Евангелической унии Фридриха V (1596—1632). На исходе Тридцатилетней войны Дёрдь I, имея в союзниках шведов, вторгся в Венгрию, победоносно продвинулся вглубь Моравии и в 1645 г. в Линце вытребовал у Габсбургов подтверждения статей Венского мира.
Во второй половине XVII в. расстановка сил в регионе менялась с каждым десятилетием. Габсбургам не только не удалось восстановить позиции католической церкви в Священной Римской империи: по Вестфальскому миру (1648) немецкие князья получили право самостоятельно вести внешнюю политику. Австрийский дом, вытесняемый из Германии, сосредоточился на укреплении власти в своих владениях. Фердинанд III (1637—1657) распустил многотысячную армию, сохранил для насущных потребностей некоторое количество полков и отправил несколько сотен солдат в венгерские пограничные крепости. В 1650 г. посольство императора с богатыми дарами (деньги могли расценить как выплату дани) было торжественно встречено в Стамбуле, где вскоре был подписан мирный договор.
Венгерские сословия горько обманулись в своих заветных ожиданиях. Все чаще их взоры обращались на соседнюю Трансильванию. Правивший там Дёрдь II Ракоци (1648—1657; 1659—1660) не отличался, однако, стратегическим мышлением, которое было свойственно его отцу. Неверно оценив соотношение сил на международной арене, он вознамерился заполучить польскую корону. Одержимость этой идеей была у Ракоци столь сильна, что в 1657 г. он предпринял крайне неудачный поход в Речь Посполиту. Оставленный в решительный момент своими союзниками: шведами и казаками, — князь не только погубил войско, попавшее в татарский плен, но и поставил Трансильванию на грань гибели. Дипломатические поручения в Венецию и Варшаву при Дёрде I и Дёрде II выполнял не кто иной, как предок Келемена Микеша — Михай (умер в 1662 г.), в 1657 г. получивший должность канцлера, но вскоре изгнанный из страны новым князем. Впрочем, изгнание не было ему в диковинку. Овеянные легендами годы его бурной молодости вдохновили писателя Жигмонда Кеменя (1814—1875) на создание романа «Вдова и ее дочь» (1885), где повествовалось о любви Михая Микеша к дворянской дочери Шаре Тарноци. Отважившись на похищение, завершившееся неудачей, он навлек на себя гнев родителей девушки, вынужденно скрывался от мести и сурового наказания, пока не испросил у князя разрешения вернуться.
Если посмевшая ослушаться султана Трансильвания подверглась разрушительным набегам султана, то в Венгрии период с 1670 по 1681 г. современники назвали «траурным десятилетием». Только на Государственных собраниях 1681 и 1687 гг. были приняты законы, юридически регламентировавшие пределы сегрегации некатолических конфессий. В 1691 г. суть их была обобщена в так называемом «Разъяснении Леопольда» (Explanatio Leopoldina) — рескрипте, изданном от имени императора-короля. Протестантам разрешили открыто отправлять культ в строго определенных местах, называвшихся «артикулярными» (т.е. перечисленными в соответствующей статье закона). Во всех прочих случаях допускалось лишь частное богослужение — чтение религиозной литературы в семейном кругу. Ответом стал массовый исход в Трансильванию мелких дворян, солдат и младших офицеров приграничных крепостей, протестантских священников. Во главе этих «скитальцев», которые в память о крестьянской войне 1514 г. стали именовать себя «куруцами», встал Имре Тёкёли (1657—1705), сын участника заговора 1671 г., нашедшего прибежище в Трансильвании.
В короткое время ему покорились Верхняя Венгрия и горнодобывающие центры Нижней Венгрии. На отвоеванных у Габсбургов территориях Тёкёли создал вассально зависимое от Порты государство и недвусмысленно дал понять, что претендует на роль объединителя венгерских земель под властью султана. Когда великий визирь Кара Мустафа-паша в 1683 г. повел многотысячные войска на осаду Вены, в его стане были солдаты Тёкёли и трансильванские полки под командованием князя Михая Апафи (1632—1690). Поход, планировавшийся как победоносное шествие султана на австрийскую столицу, стал прологом к изгнанию османов из Среднего Подунавья. В 1684 г. Габсбурги объединились со Святым Престолом, Речью Посполитой и Венецией в Священную лигу (в 1686 г. к ним присоединилась Россия) и перешли в контрнаступление, завершившееся освобождением Венгрии и Трансильвании. В 1699 г. на конгрессе в Карловицах (совр. Сремски Карловцы в Сербии) Священная лига и Оттоманская Порта подписали договор, прочертивший новые границы на Балканах. Трансильвания, юридически признаваемая частью Венгерского королевства, перешла под прямое административное, военное и финансовое управление Вены.