Если в период своей (пусть во многом иллюзорной) независимости княжество служило форпостом протестантизма, а свобода вероисповедания была закреплена законодательно, то включение Трансильвании в состав владений Габсбургского дома повлекло за собой рекатолизацию господствующего класса и, как следствие, частичную смену политической элиты. В княжество, некогда знаменитое своими традициями протестантского образования и широко распространенной практикой обучения в лучших западноевропейских духовных семинариях и университетах, вернулись иезуиты. К власти пришли представители католических семейств, начались обращения в католицизм, в основе которых лежали не столько догматы веры, сколько мотивы сохранения политического веса и влияния. Изменение политического ландшафта и включение Трансильвании в орбиту политического влияния Габсбургов развели по разным политическим лагерям членов прежде единых семей. Отец Келемена — Пал Микеш — предпочел воевать на стороне повстанца Тёкёли, попал в плен к валашскому господарю, был подвергнут жестоким пыткам и казнен. Напротив, представитель другой линии рода — Михай Микеш (ум. в 1721 г.), принявший новый порядок, не только унаследовал от отца чин капитана Харомсекского секейского округа, но и получил от императора Леопольда в 1693 г. баронский, а в 1696 г. — графский титул. Именно ему в 1699 г. доверили доставить из Вены в Трансильванию императорский диплом, восстанавливавший права католической конфессии в княжестве.
Для Венгрии XVIII век начался с Освободительной войны 1703—1711 гг. против габсбургского владычества под предводительством князя Ференца II Ракоци (1676—1735). Она занимает особое место в национальной памяти венгров. В сердцах многих поколений находили горячий отклик слова, начертанные на куруцских знаменах мятежного князя Ракоци: «С Богом за Родину и Свободу». В этом мощном движении, объединившем разные слои и сословия венгерского общества — от крестьян и солдат до дворян и духовенства, — соединились мечты о национальной государственности, недовольство феодальным гнетом, иноземным господством, нарушением сословных прав и привилегий и гонениями на некатолические конфессии. Поначалу успехам повстанцев способствовала международная обстановка. Дипломатическую поддержку и финансовую помощь обещали французский, шведский, саксонский дворы. Пока Габсбурги терпели поражения в Войне за испанское наследство (1701—1714), повстанцы изгнали австрийцев из Трансильвании, где в 1704 г. Ракоци был избран князем. Год спустя уже все Задунавье находилось под его контролем. Однако фортуна на европейском театре военных действий вскоре переменилась, и Вена смогла задействовать против куруцев регулярные части с франко-баварского фронта.
Страна разделилась на два противоборствующих лагеря: венгры сражались с венграми, отчего освободительная война приобрела характер гражданской. На первом этапе к восстанию примкнул и новоиспеченный граф Михай Микеш, позднее перешедший на сторону императора и в конце жизни принявший католицизм. Крупная земельная аристократия осталась, в большинстве своем, верна Габсбургам. Дворянство, ожидая от «национального» государя восстановления во всей полноте суверенитета сословий, все больше разочаровывалось: на подконтрольных территориях Ференц II выстраивал вертикаль абсолютной власти, не менее прочную, чем в Вене: центральное правительство, регулярная армия, в перспективе — полновесная монета. На Государственном собрании в 1707 г. в Оноде было принято непопулярное решение о приостановлении дворянского налогового иммунитета на время боевых действий. Население устало от поборов, грабежей, насилия. Иностранные союзники Ракоци не спешили с действенной помощью. Союз с русским царем Петром I так и остался на бумаге. Оттоманская Порта готовилась к войне с Россией и отказалась поддержать венгров в обмен на невмешательство Вены. После 1708 г. Ракоци терпел одно поражение за другим.