В то же время термин ουσία не удовлетворяет преподобного Симеона, когда он начинает говорить о Боге. Следуя апофатической линии святителя Кирилла Александрийского, Дионисия Ареопагита, преподобного Максима Исповедника и преподобного Иоанна Дамаскина, он в некоторых текстах заявляет, что Бог выше всякой сущности, и предпочитает называть Его «сверхсущностным» (ύπερούσιος) [ [23]]. Преподобный Симеон задает себе вопрос, можно ли называть Бога сущностью: «Если Ты поистине совершенно неизъясним, невидим, неприступен, непостижим и бестелесен, неосязаем и вовсе неуловим, Спасителю, то как посмеем дать Тебе имя, как дерзнем называть Тебя хотя бы какой–то сущностью какого–то рода? Ведь поистине в Тебе, о Боже мой, нет ничего [тварного]» [ [24]]. И он утверждает, что Бог трансцендентен всякой сущности: «Божественная и нетварная сверхсущностная природа зовется сверхсущностной, ибо она превыше сущности всех творений, но она сущностна и превыше всякой сущности бытийна (ένυπόστατος) и по природе несопоставима с тварной ипостасью. Как назвать неописуемую ипостась?» [ [25]]. Та же мысль о полной трансцендентности Бога по отношению ко всякой твари выражена и в следующих строках: «Ты весь наполняешь все, и весь вне всего; Ты — превыше всех вещей, Владыко, превыше всякой сущности, превыше самой природы, превыше всех веков, превыше всякого света, Спасителю!» [ [26]]. Отметим, что здесь, как и выше [ [27]], преподобный Симеон обращается к сверхсущностному Богу как к Спасителю. Это тот парадокс христианства, который стоит в центре его духовности и коренным образом отличен от мистики Плотина. Выражением этого парадокса служит Воплощение: «Сам сверхсущностный, нетварный прежде, Ты воспринял плоть и стал для меня видим как тварный» [ [28]].
Эта «сверхсущностная сущность» тройственна, и преподобный Симеон пространно говорит об ее тройческом аспекте: «Отец — свет, Сын — свет, Дух Святый — свет <…> Трое в самом дело суть один и тот же свет, единый, нераздельный <…> Бог весь неразделен по природе Своей и Своею сущностью поистине превыше всякой сущности <…> Он весь созерцается как простой свет <…> три — одна сущность, одно Божество» [ [29]]. В другом месте он указывает на неизменяемость тройческой сущности: «О Троица, Творец вселенной, о Бог мой единственнейший, Чья природа неописуема, Чья слава непостижима, дела неизъяснимы, сущность неизменна» [ [30]]. Иной раз преподобный Симеон словом «сверхсущностный» обозначает неизреченный и непостижимый характер тройческих отношений: «Что касается небытийного бытия (ανυπάρκτου υπάρξεως) Божия, рождения без зачатия, ипостаси неипостасной, сверсущностного существования (ύπερουσίου ούσιώσεως) и не знаю еще чего <…> то совершенно невозможно изложить, выразить и понять свойства сверхсущностной Божественной природы, и человеческий разум не в силах их постичь» [ [31]].
«Сущность» у преподобного Симеона имеет еще и христологический смысл там, где в согласии с догматами Халкидонского Собора он говорит о двух природах и двух сущностях (ούσίαι) Христа в единой ипостаси: «Я семь Бог единый и человек совершенный, — говорит Христос о Самом Себе в гимнах, — всецелый, превосходный, плоть, душа, ум и разум, полностью Бог, человек и Бог в Моих двух сущностях, как и в Моих двух природах, в Моих двух энергиях, в Моих двух волях в единой ипостаси. Одновременно Бог и человек, Я есмь Один от Троицы» [ [32]]. В другом месте преподобный Симеон побуждает грешников покаяться, «чтобы стать как бы богами, содержа внутри себя всю славу Божию в двух сущностях, в двух природах, в двух энергиях и в двух волях» [ [33]]. Обожение тем самым должно быть полным единением наших двух сущностей, души и тела, с двумя сущностями Христа: «и я сам становлюсь богом <…> душа и тело суть <…> одно в двух сущностях. Итак, те, кто суть одно и два, поскольку они приобщились Христу и пили Его кровь, они, соединенные с двумя сущностями, а также с двумя природами моего Бога, становятся богом по своей сопричастности» [ [34]].