В 1928 году его сменяет Александр Павлович Немцов. Под его руководством Центральную школу реорганизовали в Научно-исследовательский институт собаководства.
За этот период было подготовлено и значительное количество квалифицированных кадров военных дрессировщиков.
Среди них такие специалисты-дрессировщики, как Павловский, Бабушкин, Румянцев, Логинов, Лебедев, Акишин, Войлочников, Голиков, Голубев, Мульдевиц, Медведев и др.
К 1930 году на основе небольших распыленных учебных центров был создан Кинологический институт и оставлены 12 окружных школ собаководства.
ВТОРОИ ПЕРИОД (1930—1940)В 1930 году Центральной школой впервые издается Руководство по использованию военно-служебных собак в Красной Армии. В это же время в стенах Центральной школы изобрели противотанковый вьюк — возникла мысль о применении собак для истребления танков (автор — слушатель Шошин). Противотанковый заряд для собаки разработал слушатель Ниц. Собаки для этой работы дрессировались в трех окружных школах, а затем были проведены войсковые испытания в бронетанковой школе и на полигоне. В 1935 году собак — истребителей танков — приняли на вооружение.
В Центральной и окружных школах обучались средние и младшие специалисты-дрессировщики по службам связи, санитарной и караульной, велась опытная работа по дрессировке собак-разведчиков, истребителей, авиадесантников и других.
Затем Центральную и окружные школы-питомники собаководства реорганизовали, расширили их задачи по обеспечению армии специалистами-дрессировщиками. Это дало возможность увеличить число подготавливаемых дрессировщиков и собак, улучшить качество подготовки.
В этот период проводятся велопробеги: Москва — Ленинград — Москва и Тбилиси — Батуми с целью проверить допустимые нагрузки и выносливость различных пород собак.
В 1937 году имели место пробеги ездово-нартовых упряжек по маршрутам: Москва — Козельск — Москва, Москва — Сталиногорск — Москва.
Издаются труды по собаководству: наставления, методические руководства и учебно-методические наглядные пособия.
Организуется подготовка судей. Благодаря работе Осоавиахима увеличилось число специалистов-собаководов вне армии, что при мобилизации в 1941 году значительно облегчило комплектование специальных частей собаководства.
В 1939 году курсантский батальон Центральной школы участвовал в боевых действиях по разгрому японо-маньчжурских войск на реке Халхин-Гол, где показал образцы мужества, храбрости и отваги.
В 1939—1940 годах два курсантских батальона Центральной школы участвовали в боях с белофиннами на Карельском перешейке и Кандалакшском направлении. Там широко использовались нартовые упряжки и собаки связи.
Опыт применения собак в боях с белофиннами дал возможность утвердить в армии новый вид использования собак — ездовую службу. С помощью ездово-нартовых отрядов собак в период Великой Отечественной войны вывезено непосредственно с поля боя свыше 600 тыс. тяжело раненных бойцов и командиров.
Боевой опыт, полученный на Халхин-Голе и в финской кампании, дал возможность командованию более уверенно ставить вопросы о массовом применении собак в Красной Армии в составе отдельных специальных частей. Так, в боях с белофиннами в январе 1940 года пришлось столкнуться с большим количеством минных полей противника, поэтому возник вопрос о необходимости подготовки собак-миноискателей, а в декабре 1940 года на Центральном инженерном полигоне уже провели первые испытания минеров с собаками. Так было положено начало новому виду службы собак.
ТРЕТИЙ ПЕРИОД (1941—1945)Великая Отечественная война 1941—1945 годов явилась величайшим испытанием для Советской Армии и всего советского народа.
В смертельной схватке с фашистскими ордами в рядах нашей героической армии боролись и специальные части, подготовленные и воспитанные Центральной и окружными школами военного собаководства. Этим учебным организациям выпала ответственная и благородная задача — наряду с новейшей техникой, применяемой в армии, использовать и собак в качестве помощников воинов по службам связи, ездово-санитарной, подрыву танков, разминированию, караульной, сторожевой, диверсионной и другим.
В 1941—1943 годах было сформировано 168 отдельных отрядов, батальонов и полков различных служб по собаководству. За период Великой Отечественной войны любителями-собаководами сдано в армию свыше 60 тыс. собак, которых обучили в школах, а затем отправили на фронт.
На различных фронтах Великой Отечественной войны действовали: 69 отдельных взводов нартовых отрядов, 29 отдельных рот миноискателей, 13 отдельных специальных отрядов, 36 отдельных батальонов нартовых отрядов, 19 отдельных батальонов миноискателей и 2 отдельных спецполка. Кроме того, периодически участвовали в боевых действиях 7 учебных батальонов курсантского состава Центральной школы дрессировщиков.