За время управления харьковской епархией Иннокентию удалось восстановить еще два монастыря: знаменитый Святогорский, названный современниками «Русским Афоном», и Харьковский Покровский, а также учредить девичий Никольский монастырь в 30 верстах от Харькова в помещичьем имении Степановых. Его владельцы братья Степановы после смерти отца обратились к Иннокентию с предложением основать в их поместье женский монастырь с тем, чтобы при нем было училище для сиротствующих девиц духовного звания, а его настоятельницей сделать свою сестру, монахиню Курского Борисоглебского монастыря. Братья готовы были пожертвовать на устроение монастыря до трехсот тысяч рублей и передать в его собственность, помимо строений и церкви, землю и лес. Иннокентию пришлось приложить немало усилий, чтобы убедить Синод принять предложение богатых помещиков. Кто-то, однако, внушил братьям, что девичье училище может нарушить «безмятежие иноческого жития», и они от его устройства отказались. Остальные условия превращения имения в монастырь были выполнены. Монастырь был назван по имени Святителя Николая, которого особо чтила их покойная мать, а его настоятельницей стала Елисавета Степанова, в монашестве мать Эмилия, которая была возведена по представлению Иннокентия в сан игуменьи.
История превращения помещичьего имения в монастырь благодаря Иннокентию получила широкую известность. Нельзя исключить, что она отразилась в примыкающем к духовному завещанию Гоголя «Совете сестрам»: «Если сестры не выйдут замуж, дом свой да превратят в обитель, выстроив посреди двора и открывши у себя приют бедным, живущим без места девицам <...> Со временем обитель может превратиться в монастырь, если потом на старости лет сестры возымеют желание принять иноческий чин. Одна из них может быть игуменьею» [Гоголь 2009: 6, 413].
Новую страницу в отношениях Гоголя с Иннокентием открыла книга «Выбранные места из переписки с друзьями». Не только её учительный пафос, но и многие темы и образы книги перекликаются с проповедями Иннокентия [См. подр.: Анненкова 2012: 602-607]. Среди гоголевских автографов сохранилось изложение 5-12 Слов из труда Иннокентия «О грехе и его последствиях» (Харьков, 1844). Содержание этих выписок, по мнению П.В. Михеда, имеет прямое отношение к статье «Просвещение» из книги Гоголя, где он размышляет о значении слова «просвещение» [Гоголь 2009: 9, 830].
Архиепископ был одним из первых, кому Гоголь просил переслать свою новую книгу. Отзыв Иннокентия о «Выбранных местах» Гоголю передал М.П. Погодин. Он был неоднозначным: «.скажите, что я благодарен за дружескую память, помню и уважаю его, а люблю по-прежнему, радуюсь перемене с ним, только прошу его не парадировать набожностию: она любит внутреннюю клеть. Впрочем, это не то, чтоб он молчал. Голос его нужен, для молодежи особенно, но если он будет неумерен, то поднимут на смех и пользы не будет» [Переписка Гоголя 1988: 1, 419]. Слово «парадировать» Иннокентий употребил в значении «выставлять напоказ». Замечания преосвященного сильно задели писателя. Да и прогноз его относительно превратного понимания самого тона книги оказался близок к истине. Ответное письмо Гоголя носит исповедальный характер: «Внутреннюю клеть свою я вовсе выставляю не затем, чтоб себя выставлять, но думал, что это послужит в добро тем, которые подобно мне, не получивши надлежащего воспитания в юности и школе, спохватились потом и в те года, когда человеку кажется странным начинать воспитанье. Парадировать набожностию я тоже не хотел. Я хотел чистосердечно показать некоторые опыты над собой, именно те, где помогла мне религия, но вышло все это так неловко, так странно, что я не удивляюсь этому вихрю недоразумений, какой подняла моя книга <...> Природа у меня во многом слишком не похожа на других людей. Я был издавна скрытен от неуменья изъясниться <.. .> А потому эта книга, имеющая вид учить других, может быть, <была> необходимым извержением того, что стремилось во мне излиться» (XIII, 343-344).