Принадлежа к высшему обществу и сама будучи женщиной образованной, Анфуса не преминула дать своему сыну наилучшее по тогдашнему времени воспитание. Удалившись от всех развлечений мира и всецело сосредоточившись на своем маленьком семействе, она сама могла преподать своему сыну первые начатки образования, и это было величайшим благом для Иоанна. Из уст любящей матери он получил первые уроки чтения и письма, и первыми словами, которые он научился складывать и читать, несомненно, были слова Св. Писания, которое было любимым чтением Анфусы, находившей в нем утешение в своем преждевременном вдовстве. Эти первые уроки на всю жизнь запечатлелись в душе Иоанна, и если он впоследствии сам постоянно, так сказать, дышал и питался словом Божиим и истолкование его сделал главною задачей всей своей жизни, то эту любовь к нему он, несомненно, воспринял под влиянием своей благочестивой матери.
Так прошло детство и наступило отрочество мальчика. Его положение требовало дальнейшего образования; Анфуса приложила все старание об этом и, не жалея никаких средств, предоставляла все удобства для образования и самообразования своего сына. Неизвестно, как и где, собственно, получал свое дальнейшее образование Иоанн, дома ли при помощи наемных учителей или в какой-нибудь христианской школе. Антиохия славилась своими школами и была своего рода сирийскими Афинами. Там было много языческих школ всякого рода, которые славились своими учителями, блиставшими напыщенным красноречием и туманной философией, а рядом с ними были школы христианские, где главным образом преподавалось и истолковывалось слово Божие, хотя не пренебрегалось и общее знание, насколько оно могло быть почерпаемо у лучших представителей классического мира. Так или иначе, Иоанн получал книжное образование, но оно составляло только часть его воспитания, которое Промысел Божий, предуготовляя своего избранника к его будущему великому назначению, вел и иным способом, давая ему наглядно постигнуть всю тщету отживающего язычества и величие и святость христианства.
В это именно время, когда Иоанну было 14–15 лет и когда, следовательно, его душа только что раскрывалась к сознательному восприятию окружавших его событий и явлений, язычество делало последнюю отчаянную попытку побороть христианство. Представителем его выступил император Юлиан Отступник. Овладев императорским престолом, он сбросил с себя маску лицемерного благочестия и выступил открытым врагом христианства, ненависть к которому уже давно таилась в его душе. Повсюду он начал поднимать разлагавшееся язычество и вместе с тем унижать и подавлять христианство. Так как Антиохия была одним из главных оплотов христианства, которое именно там впервые и выступило под своим собственным именем (Деян. 9, 26) и имело славных учителей и доблестных исповедников, то Юлиан не преминул обратить свое внимание на этот очаг ненавистной ему религии и принял все меры к тому, чтобы подавить и истребить ее. При этом, однако, он был слишком дальновиден, чтобы действовать наподобие прежних императоров-гонителей. Он знал из истории, что грубое гонительство не может достигнуть истребления той религии, для которой кровь ее мучеников и исповедников всегда была плодотворным семенем, и поэтому он прибег к другим мерам и стал действовать, с одной стороны, положительно, поднимая унылый дух язычников, а с другой – отрицательно, подвергая христианство всевозможным стеснениям, издевательствам и сатирам, в способности к которым нельзя было отказать этому царственному вероотступнику. Направляясь в Антиохию, Юлиан не преминул посетить ее предместье Дафну, где находился славившийся в свое время храм Аполлона. Некогда храм этот с окружавшей его священной рощей был местом постоянных языческих торжеств и молений, но теперь Юлиан поражен был его пустотой. Даже жертву не из чего было принести, и встретивший его жрец должен был заколоть по случаю этого неожиданного торжества своего собственного гуся. Эта картина глубоко поразила Юлиана, и тем более, что тут же поблизости находившийся христианский храм, в котором находились почитавшиеся христианами мощи св. Вавилы, оглашался священными песнопениями и наполнен был молящимися. Юлиан не стерпел и тогда же велел закрыть христианский храм и мощи из него удалить. Это несправедливое распоряжение однако не подавило духа христиан. Они совершили торжественное перенесение мощей, и когда совершалась эта величественная процессия, оглашавшая окрестности и улицы Антиохии пением стихов псалма: "Да посрамятся кланяющиеся истуканам, хвалящиеся о идолах своих» (Пс.96:7), – то Юлиан ясно мог видеть многочисленность христиан и их восторженную преданность своей вере. Тогда, изменяя своему философскому спокойствию и лицемерной веротерпимости, он велел арестовать многих христиан, бросить их в тюрьму, а некоторых даже приказал подвергнуть пыткам.