Собор действительно опять составился почти из тех же епископов, которые заседали и «При дубе», и, конечно, произнес новое осуждение на Иоанна, обвиняя его именно в нарушении указанного канона. Осуждение это было вдвойне незаконно, потому что в данном случае канон, составленный еретиками с явно злонамеренной целью – погубить великого поборника православия, был неприменим и потому, что в действительности Иоанн по возвращении из ссылки был оправдан от осуждения его придубским собором со стороны большого собора, состоявшего из 66 епископов. Но злоба врагов не признавала никаких доводов, и Иоанн был объявлен низвергнутым, и это постановление утверждено императором.
Таким образом, над главою многострадального Иоанна опять разразился гром: он вновь был в опале и изгнан из своего сана. Наученный горьким опытом прежнего случая, император, однако, опасался теперь прибегнуть к насилию над низвергнутым святителем и хотел заставить его удалиться добровольно, стараясь при всяком случае доказывать ему, что он больше не архиепископ и незаконно занимает престол. Так, в праздник Рождества Христова 403 года император не хотел принять от него св. причастия. В таком неопределенном положении дело оставалось до самой Пасхи.
Наконец царь, наущаемый Евдоксией, которая не давала ему покоя, пока еще оставался на своем престоле ненавистный ей святитель, порешил к светлому празднику Христову совсем удалить Иоанна и послал ему приказ оставить церковь. Св. Иоанн, исполненный сознания своей правоты и пастырского долга, отвечал, что он не оставит церкви, которая вверена ему Христом Спасителем, чтобы не понести ответа за самовольное оставление ее. Пусть изгонят его силою, и тогда на него не падет вина эта. Царь заколебался от такой стойкости святителя; но, видя над собой неумолимую тиранию Евдоксии, порешил так или иначе покончить с этим тяжелым делом.
Придворному сановнику Марину поручено было силою удалить Иоанна из церкви, где он уже готовился совершить св. крещение над 3 000 оглашенных. Сановник исполнил приказ с полицейской точностью, и светлый праздник был омрачен безобразными сценами дикого насилия (16 апр. 404 г.).
Силой ворвавшись в церковь, полуварварские воины под начальством язычника Луция начали беспощадно громить все, предаваясь всяким буйствам и грабежу. Те, кто пытался защитить святителя, были избиты, духовенство выгнано из храма, и даже полураздетые оглашенные, уже приготовившиеся для крещения, выгнаны были на улицу; евхаристия осквернена и священные сосуды разграблены. Мерзость запустения водворилась на месте святом, и до глубины души огорченный святитель был заключен в патриаршем доме, где он и оставался еще два месяца под домашним арестом. Положение его с каждым днем становилось все тяжелее, и он находил себе единственное утешение в молитве да в обществе близких ему лиц, среди которых истинным ангелом-хранителем для него была благочестивая диаконисса Олимпиада.
Ища себе защиты от злобы врагов, Иоанн в это время обращался с письмами к влиятельным епископам Запада – к папе Иннокентию I и архиепископам Венерию медиоланскому и Хроматию аквилейскому. Эти иерархи глубоко сочувствовали константинопольскому святителю, ужасались силе злобы его врагов, но помочь были не в состоянии.
Медлительность дела между тем все более ожесточала его смертельных врагов, и вокруг патриаршего дома стали появляться подозрительные и темные личности, которые прямо покушались на жизнь святителя. У ворот патриаршего дома был схвачен верным Иоанну народом один мнимо-бесноватый, у которого оказался спрятанным кинжал, припасенный с преступною целью.
В другой раз обратил на себя внимание какой-то раб, который в подозрительном волнении и торопливо пробирался к патриаршему дому. Заподозрив его в злом умысле, кто-то задержал его и спросил, что он так торопится, а тот, ничего не отвечая, ударил его кинжалом. При виде этого другой вскрикнул от ужаса, а он и его ударил кинжалом, а потом и третьего, подвернувшегося под руку. Поднялись крики и вопли, а раб бросился бежать, размахивая окровавленным кинжалом и отбиваясь от гнавшегося за ним народа. В одном месте его хотел перенять человек, только что вышедший из общественной бани, но был замертво поражен кинжалом. Когда, наконец, этот разъяренный зверь был схвачен, то сознался, что за пятьдесят золотых был подкуплен убить Иоанна.
После этого несчастного случая народ стал неотступно охранять дом своего гонимого архипастыря, и среди него начались волнения, которые угрожали страшными бедами и мятежами. Тогда, чтобы предупредить напрасное кровопролитие, смиренный святитель порешил, как и в первый раз, добровольно отдать себя в руки светской власти.