Так праведный гнев Божий карал творителей зла, и они, думая праздновать свою победу, в действительности несли страшные поражение и наказание, терзаясь и душой, и телом.
А в это самое время великий угодник Божий, державшийся того христианского убеждения, что «Господня земля и исполнение ея», нашел себе успокоение и даже радость в самом Кукузе, который своей удаленностью от суеты грешного мира как бы вновь возвратил его к пустынножительству, столь сладостному для его утомленного невзгодами духа. И там у него нашлись почитатели в лице местного епископа Аделфия и именитого жителя деревни Диоскора, который предоставил в распоряжение святителя свой дом и заботился о всех его нуждах. Не забыли его и старые друзья, и многие из них приходили посетить его в заточении даже из Константинополя и Антиохии. Особенно сочувственно отозвались антиохийцы, эти возлюбленнейшие его духовные дети, которых он более всего любил и для блага которых более всего потрудился. Когда слух о заточении св. Иоанна дошел до Антиохии, то из нее потянулись в Кукуз целые караваны поклонников и почитателей, так что ничтожная армянская деревня сделалась для них как бы местом благочестивого паломничества. Недаром озлобленные враги святителя с ярой завистью говорили: «Вся Антиохия в Кукузе!».
И сам святитель не забывал своих прежних друзей и духовных чад. Он вел с ними оживленную переписку, и особенно с благочестивой диакониссой Олимпиадой, сохранившиеся до нас письма к которой дышат глубоко христианской любовью святителя и отца церкви, не перестававшего и в своем заточении заботиться о духовном благе своих чад. Переписывался он и со многими епископами как восточными, так и западными, и в этих письмах оставался все тем же великим святителем, который, как бы забыв о своем собственном печальном положении, продолжал заботиться о благе и преуспевании церкви Христовой. Мало того, он не оставлял и своей заветной' мечты – возможно шире распространять царство Божие среди сидящих во тьме и сени смертной. Сам находясь в заточении, он, подобно апостолу Павлу во время его нахождения в узах, продолжал заботиться о спасении других и вновь обращал свои взоры к Финикии, где так много уже сделал для разогнания языческой тьмы. Он заботился о снаряжении туда новой миссии, старался утверждать уже ранее основанные там церкви.
Неподалеку от него находилась Персия, которая первоначально представляла весьма благоприятную почву для распространения Евангелия, но в это время христиане стали там подвергаться ожесточенным гонениям, как враги государства. Многие христиане кровно запечатлели свою преданность вере, и положение всех было угнетенное. И вот великий святитель пришел на помощь и к этим угнетенным христианам и своею апостольскою ревностью поддержал христианство и в этой стране. Но более всего его занимала мысль о просвещении светом евангельской истины полуварварских готов, этой молодой силы, которая в своем непросвещенном состоянии представляла угрозу для христианского цивилизованного мира, а с принятием православной веры могла бы обновить дряхлевший греко-римский мир.