Повреждения "Хиппера" оказались более впечатляющими с вида, чем серьезными. На крейсере оказались затопленными ряд небольших отсеков; он потерял около 200 тонн нефти и приобрел незначительный крен на правый борт, который контрзатоплением быстро уменьшили до 3°. Крейсер мог принимать участие в дальнейших действиях; теперь ему предстояло захватить Тронхейм.
Вскоре после полудня зенитчики "Хиппера" обстреляли летающую лодку типа "Сандерленд", отогнав ее от соединения. Британские летчики не смогли правильно донести о составе противника, и Адмиралтейство направило главные силы флота метрополии в неверном направлении. В свою очередь, Хейе в 1750 приказал стартовать одному из своих "Арадо" и разведать подходы к Тронхейм- фиорду. Самолет успел донести о полном отсутствии кораблей противника и приводнился южнее Тронхейма (впоследствии он был захвачен англичанами). В наступающих сумерках "Хиппер" и 4 эсминца группы 2 шли 25-узловой скоростью к входу в Краксвагсфиорд. У устья фиорда их встретил небольшой норвежский патрульный пароход, которому крейсер просигналил: "По распоряжению своего правительства следую в Тронхейм; никаких недружественных намерений не имею". Пока озадаченные норвежцы пытались разгадать эту шараду, германский отряд успел продефилировать мимо патрульного судна, которому удалось лишь дать запоздалый сигнал "Остановиться!" и выпустить красные сигнальные ракеты.
В 0440 германский отряд повернул у мыса Агденес и продолжил свой путь уже внутри Тронхейм-фиорда. Оповещенная береговая батарея в Хисенсе на северном берегу открыла огонь по "Хипперу", но первые три выстрела легли недолетами. Крейсер немедленно осветил батарею прожекторами и уже пройдя ее дал два залпа из кормовых башен. Огонь с берега прекратился, и войска с трех немецких эсминцев начали высадку с целью захвата орудий. "Хиппер" и "Экольдт" проследовали далее, и в 0530 бросили якоря на рейде Тронхейма. Норвежцы не оказали никакого сопротивления ни в городе, ни на батареях, и к полудню задача группы 2 была полностью выполнена. С крейсера поднялись оба оставшихся самолета и разведали окрестности и еще незанятые немцами батареи. Теперь следовало заняться ремонтом.
Вмятины и разрывы, оставленные на корпусе "Хиппера" Тлоувормом", можно было ликвидировать только в доке, поэтому крейсеру следовало как можно скорее вернуться в Германию. Из-за недостатка топлива и неполадок в машинах его мог сопровождать только "Экольдт", однако когда оба корабля вышли 10 апреля из порта, продолжавшаяся плохая погода заставила эсминец вернуться обратно. "Хиппер" отправился в опасное путешествие один. Этот поход едва не стал для него последним. В ночь с 10 на 11 апреля курс германского крейсера практически пересекся с направлением движения флота метрополии, включавшего линкоры "Родней", "Вэлиент" и "Уорспайт", авианосец "Фьюриес", и тяжелые крейсера "Бервик", "Девоншир" и "Йорк". На счастье немцев, утром "Хиппер" оказался как бы "за спиной" у англичан, которые были полностью заняты подготовкой к воздушному удару по Тронхейму, не провели круговой воздушной разведки и не обнаружили находящийся всего в 30 милях крейсер. 12 апреля он благополучно соединился к югу от Эгерзунда с также отходящими домой после Норвежской операции "Шарнхорстом" и "Гнейзенау" и, удачно избежав авианалетов благодаря исключительно плохой видимости, прибыл вместе с ними в устье реки Яде вечером того же дня.
Ремонт нанесенных "Глоувормом" повреждений занял примерно три недели. Уже 8 мая крейсер прошел послеремонтные испытания и отправился в восточную Балтику, где и провел остаток месяца. 29 мая его отозвали обратно в Киль, где формировалось соединение, призванное облегчить тяжелое положение германских кораблей, "застрявших" в Норвегии и практически блокированных англичанами. Для этой операции, получившей название "Джуно", в Киле готовились старые знакомцы: "Гнейзенау", "Шарнхорст" и "Хиппер", эскорт которых обеспечивали эсминцы "Гальстер", "Лоди", "Штайнбринк" и "Шеманн". 4 июня соединение вышло в море, обошло минные заграждения и в полдень 5-го взяло курс на северо-запад, имея скорость 24 уз. 6 июня соединение встретило свой танкер "Дитмаршен" на широте Лофотенских островов. Отсутствие опыта в приеме топлива и плохая погода растянули процедуру заправки до самого вечера. Уже в сумерках командующий соединением адмирал Маршалл решил созвать военный совет. Командирам кораблей пришлось в бурном море садиться в шлюпки и отправляться на флагман, где адмирал собирался посвятить их в подробности намечавшейся атаки занятого англичанами Харстада. Однако уже в ходе совещания были получены несколько сообщений от подводных лодок, свидетельствующих о наличии в море трех британских боевых групп, причем все они шли на запад. Маршалл решил, что британцы эвакуируют свои силы, и удар его соединения может оказаться ударом в пустоту. Ночью он принял решение атаковать ближайший конвой и с рассветом растянул свои корабли в цепочку на расстоянии 90 каб. друг от друга. "Хипперу" опять повезло: уже в 6 часов он обнаружил торговое судно. В это время последовал приказ командования группы "Запад" отделить крейсер и эсминцы для атаки конвоя, тогда как линкорам было приказано все же атаковать Харстад. Пока передавались соответствующие сигналы, британское судно скрылось за струями ливня, и понадобилось некоторое время, чтобы вновь обнаружить его. Это оказался флотский танкер "Ойл Пайонир" (5700 т) в сопровождении 530-тонного траулера "Джунипер".