По мере продвижения советских войск в глубь фашистской Германии увеличивалось количество трофейных военно-экономических объектов — баз и складов вооружения, продовольствия и фуража, горюче-смазочных материалов, стратегического сырья, военных предприятий и пр. В приказе Верховного Главнокомандующего от 23 февраля 1945 г. среди трофеев, доставшихся нашим войскам за 40 дней наступления, указаны военные заводы, производящие танки, самолеты, вооружение и боеприпасы. Все эти трофеи необходимо было учесть и охранять, что вызвало распыление сил и средств трофейных органов.
На 1-м Украинском фронте, например, во время Висло-Одерской операции трофейные части в короткий срок настолько рассеяли весь личный состав на охрану баз, складов и других объектов, что трофейный артиллерийский склад в Валя-Виснава, имевший по периметру 14 км, охранялся лишь 36 бойцами467. Десятки и сотни мелких складов остались без охраны, не говоря уже о разбросанном трофейном народнохозяйственном имуществе. Вместе с тем возрос и объем задач по сбору и эвакуации трофейной боевой техники, вооружения, боеприпасов и другого имущества. Только за период Берлинской операции в полосах 1-го Белорусского и 1-го Украинского фронтов было захвачено, по далеко не полным данным, 4510 самолетов, 1550 танков и САУ, 565 бронемашин и бронетранспортеров, 8613 орудий, 2304 миномета, 19 393 пулемета, 179 071 винтовка и автомат, 876 тракторов и тягачей, 9340 мотоциклов, 25 289 велосипедов, 8261 повозка, 363 паровоза, 22 659 вагонов, 34 000 снарядов, 360 000 винтпатронов, 34 886 фаустпатронов и т.д. Учитывая недостаток сил и средств трофейной службы, командование фронтов оказывало ей возможную помощь. Например, командующий 1-м Белорусским фронтом директивой от 20 января 1945 г. приказал выделять в каждой дивизии дополнительно к трофейным командам по одной стрелковой роте, обеспечив их транспортом и тягачами.
Одной из важных задач трофейной службы на заключительном этапе войны была забота об охране исторических и культурных ценностей (музеев, картинных галерей и прочее) на освобожденной от противника территории. В этом сказалось одно из проявлений освободительной миссии Советской Армии. Например, во время февральских боев в Восточной Пруссии были спасены от гибели музейные и архивные материалы, относящиеся к жизни и деятельности великого польского ученого-астронома Н. Коперника, впоследствии переданные польскому государству468. Широко известно о той роли, которую сыграла Советская Армия в спасении всемирно известной Дрезденской картинной галереи. Вместе с работниками трофейной службы в поисках картин активное участие принимала группа московских специалистов во главе с искусствоведом, ныне членом-корреспондентом Академии художеств СССР Н. Соколовой.
Новые задачи, возникшие перед трофейной службой в этом периоде войны, обусловили необходимость ее дальнейшего усиления. В апреле 1944 г. в Главном и фронтовых трофейных управлениях учреждаются интендантские трофейные отделы, а в трофейных отделах армий — отделения. Приказом Народного комиссариата обороны СССР от 19 января 1945 г. во фронтах и армиях была введена должность заместителя начальника тыла по трофеям, в штабах тыла организованы отделы по учету и использованию трофейного народнохозяйственного имущества, а в городах и крупных населенных пунктах учреждены помощники военных комендантов по хозяйственным вопросам. Для обеспечения вновь созданных органов необходимыми силами и средствами в феврале 1945 г. было сформировано пять центральных баз трофейного народнохозяйственного имущества, по одному рабочему батальону и одной автороте при каждой из них. На фронтах, действующих за пределами СССР, было сформировано по одному автобату фронтового подчинения, а в каждой армии — один — три рабочих батальона, трофейная база с ротой обслуживания, автомобильная рота и три — пять гуртов скота.
Однако принятые меры не дали желаемых результатов. В это время параллельно существовали как бы две трофейные службы со своими частями и учреждениями. И хотя общее количество их сил и средств резко возросло, использование их было малоэффективным. В связи с этим Трофейный комитет при ГКО был упразднен, а Главное трофейное управление приказом НКО от 28 февраля 1945 г. передано в непосредственное подчинение начальника Тыла Советской Армии. Начальникам тыла были переподчинены и трофейные органы фронтов и армий. Отделы по учету и использованию трофейного имущества при штабах тыла были расформированы, институт помощников военных комендантов по хозяйственным вопросам стал территориальным звеном трофейной службы. Несколько позже для руководства ликвидацией военно-экономического потенциала фашистской Германии был создан специальный комитет при Совете Министров СССР.
Организационные изменения резко повысили эффективность трофейной службы. Несмотря на возросший объем работ по сбору вооружения и боевой техники, в 1945 г. собрано и передано довольствующим службам продфуража в шесть с лишним раз больше, чем в 1944 г.
По окончании войны в Европе для трофейной службы наступил особый период. Наряду с завершением работ по очистке театра военных действий, эвакуации и реализации остатков трофейного имущества, на нее было возложено решение задач по военно-экономическому разоружению фашистской Германии, осуществляемому в соответствии с решениями Потсдамской конференции. В связи с этим в июне 1945 г. на базе трофейных управлений фронтов были созданы отдельные трофейные управления. После создания системы военного управления трофейные управления были усилены и вошли в состав групп войск с подчинением командующим.
Работа трофейной службы в ходе военной кампании на Дальнем Востоке была организована с учетом опыта третьего периода Великой Отечественной войны. Вследствие крайне ограниченных сроков подготовки этой кампании к началу операции не во всех армиях были созданы трофейные органы, и задачи трофейной службы легли на соответствующие органы.
Делая выводы о работе трофейной службы в Великой Отечественной войне на Западе, а позднее на Востоке, следует подчеркнуть, что, несмотря на огромные трудности и ряд недостатков, трофейная служба в годы войны успешно справилась с большими и многообразными задачами. Об огромном военно-экономическом значении ее работы свидетельствуют следующие итоговые данные. Трофейными органами было собрано 24 615 танков и самоходных артиллерийских установок. Их хватило бы для укомплектования 120 немецких танковых дивизий того времени. 72 204 трофейных орудия составляют артиллерийское вооружение почти 300 пехотных, 100 артиллерийских, 30 зенитных дивизий и 35 тяжелых артиллерийских частей. 122 199 556 трофейных снарядов, собранных и эвакуированных трофейной службой в годы войны, в три раза превышают все наличие снарядов в германской армии к концу первой мировой войны469. Немало трофейного вооружения и техники было использовано для оказания помощи партизанскому движению в тылу противника и союзническим формированиям, а также передано в народное хозяйство Болгарии, Югославии, Венгрии, Румынии, Чехословакии, Австрии и Германии. Все трофейное вооружение и боевую технику, военные предприятия, захваченные Советской Армией при разгроме японской Квантунской армии в Маньчжурии и в Северной Корее, Советское правительство передало китайскому и корейскому народам. Часть трофейных автомашин и тракторов была обращена на снабжение наших войск.