Большие трудности возникли летом и осенью 1941 г. в работе железнодорожного транспорта. Узловые станции были переполнены поездами со снабженческими грузами в адрес фронтов и с эвакуационными грузами. Они представляли собой выгодные цели для бомбардировочной авиации противника. Из-за сложившейся обстановки порожняк подолгу задерживался на фронтовых дорогах, что резко снижало оборачиваемость подвижного состава. В целях наведения должного порядка на основные узловые станции прифронтовых железных дорог в начале сентября 1941 г. были назначены уполномоченные начальника Тыла Советской Армии. Облеченные большими полномочиями, они совместно с НКПС и органами военных сообщений приняли решительные меры к ускорению продвижения и разгрузки воинских эшелонов, сводили к минимуму переадресовки их, оказывали всемерную помощь в формировании поездов прямого следования для каждого фронта.
Для обеспечения бесперебойной работы прифронтовых железных дорог и сохранения воинских грузов, перевозимых речными пароходствами, предусматривалось усиление ПВО снабженческих, санитарных и восстановительных поездов, а также вооружение речных судов.
Штабом начальника Тыла Советской Армии осуществлялся систематический и жесткий контроль за воинскими снабженческими перевозками. При необходимости оказывалась действенная помощь органам военных сообщений в их строгом выполнении. На все маршрутные поезда, направлявшиеся в действующую армию и пункты новых формирований, центральные довольствующие и обеспечивающие управления НКО выделяли своих офицеров, которые назначались начальниками поездов. Только в августе 1941 г. для сопровождения транспортов с горючим штаб начальника Тыла Советской Армии направил 200 офицеров. Кроме того, штаб Тыла совместно с ЦУПВОСО ввели новую нумерацию транспортов, позволявшую определить вид грузов и назначение каждого транспорта. Это имело весьма важное значение для улучшения перевозок и контроля за продвижением поездов. Проведение этих мероприятий помогло успешно выполнить массовые снабженческие и эвакуационные перевозки. Вскоре надобность в институте уполномоченных начальника тыла отпала.
Для оперативных, снабженческих и эвакуационных воинских перевозок широко использовался водный транспорт, в том числе и подводные лодки. Важную роль в эвакуации раненых и в перевозках войск играла также транспортная авиация. За июль — сентябрь 1941 г. с ее помощью было эвакуировано из действующей армии в глубокий тыл 52,7 тыс. раненых121.
Осенью 1941 г. сложилась тяжелая обстановка со снабжением войск на Калининском, Ленинградском, Волховском и Западном фронтах. Из-за слабого развития сети грунтовых дорог, распутицы и неимоверных трудностей в использовании автотранспорта снабженческие грузы доставлялись войскам крайне медленно. Для того чтобы найти выход из создавшегося положения, начальник Тыла Советской Армии предложил организовать конные обозы. По решению ГКО к 24 декабря 1941 г. было создано 76 гужтранспортных батальонов (по 250 пароконных повозок или саней), которые были распределены между фронтами. 19 гужтранспортных батальонов находилось в резерве Ставки Верховного Главнокомандования122. Эта мера положительно сказалась на снабжении войск названных фронтов. Вскоре стали появляться формирования оленьих упряжек на севере.
Одной из наиболее сложных задач, решаемых органами тыла различных звеньев, являлась организация медицинского обеспечения войск фронтов. Коммунистическая партия и Советское правительство, Ставка Верховного Главнокомандования, военные советы фронтов, центральные, фронтовые и армейские органы тыла буквально с первого дня войны проявляли особую заботу о раненых и больных советских воинах, об их своевременной эвакуации с поля боя, оказании им квалифицированной и специализированной медицинской помощи. Наряду с военными медиками многое делали в этом отношении также работники продовольственной и вещевой служб, транспортники. Они обеспечивали питание раненых, снабжение их вещевым имуществом, размещение, своевременную эвакуацию в лечебные учреждения.
Наряду с мерами по усилению и коренной перестройке Тыла Советской Армии в целом Коммунистическая партия и Советское правительство уделяли серьезное внимание улучшению работы самих тыловых частей и учреждений, широко привлекая для этого партийные органы. Народный комиссар обороны СССР и Главное политическое управление Советской Армии и Военно-Морского Флота в своей директиве от 20 июля 1941 г. потребовали от военных советов, политорганов, военных комиссаров, «взять под неослабный контроль работу тыла снизу доверху (штабы, связь, склады, органы снабжения, обозы и т.д.), проникать во все «закоулки», добиться образцовой работы тыла по полному и своевременному обеспечению фронта всем необходимым»123. С целью решительного улучшения партийно-политической работы среди личного состава тыла действующей армии решением ЦК ВКП(б) в августе 1941 г. были созданы политические отделы тыловых частей и учреждений во фронтах и армиях, а также политотдел железнодорожных войск Советской Армии. Центральная печать и радио, а также фронтовые и армейские газеты стали широко освещать работу тыла Советских Вооруженных Сил, разъяснять его решающую роль во всестороннем обеспечении боевых действий войск. В передовой статье «Бесперебойно питать фронт боеприпасами, горючим, продовольствием» газета «Красная звезда» указывала: «Работники тыла всегда должны чувствовать себя на передовой линии. Тот, кто самоотверженно работает в тыловых органах, всего себя, без остатка, отдает порученному делу, тот подлинный герой Отечественной войны»124.
Придавая большое значение поддержанию тесных взаимоотношений военного командования с местными партийными и советскими органами прифронтовой полосы, Центральный Комитет Коммунистической партии в ноябре 1941 г. принял постановление «О назначении одного из членов военного совета фронта и армии ответственным за снабжение частей». На эту должность назначались, как правило, видные партийные и хозяйственные руководители тех областей и республик, на территории которых действовали войска. Хорошо зная экономику своих районов, они содействовали мобилизации и эффективному использованию местных ресурсов для обеспечения войск фронтов. Кроме того, члены военных советов фронтов и армий мобилизовали коллективы заводов, фабрик, колхозов и совхозов на сохранение народного достояния, быстрейший демонтаж и эвакуацию из угрожаемых районов оборудования промышленных предприятий, народнохозяйственного и военного имущества.
Организуя тыловое обеспечение Советской Армии, начальник Тыла и его штаб координировали в определенной мере и деятельность центральных довольствующих и обеспечивающих управлений, не подчиненных непосредственно начальнику Тыла Советской Армии, но занимающихся снабжением войск по роду своей деятельности. К числу таких служб относилось прежде всего Главное артиллерийское управление (ГАУ) Советской Армии. Успех работы ГАУ по снабжению войск фронтов и новых воинских формирований вооружением, боеприпасами был немыслим без активной помощи со стороны начальника Тыла Советской Армии. То же самое можно сказать о работе органов артиллерийского снабжения фронтов и армий. В трудных условиях первых месяцев войны, когда промышленность не в состоянии была удовлетворить возросшие потребности войск фронтов в боеприпасах и возместить потери их фронтами и флотами, центральный аппарат Тыла Советской Армии в соответствии с решением ГКО и Ставки Верховного Главнокомандования принял самые срочные меры по доставке боеприпасов со складов Дальнего Востока, Забайкалья и Средней Азии Юго-Западному фронту, который в ходе сентябрьских боев за Киев и на Левобережной Украине понес большие потери, а также Западному, Калининскому и Брянскому фронтам, участвовавшим в битве под Москвой.