Особенно высокие темпы выполнения воинских перевозок были при подготовке и в ходе Белорусской наступательной операции. Они в два раза превысили среднесуточные темпы воинских перевозок периода подготовки к Курской битве. В середине июня 1944 г. общее поступление войск и материальных средств на распорядительную станцию Гомель достигало 50 поездов в сутки. Только для 3-го Белорусского фронта с 20 по 24 июня 1944 г. через Смоленск на станции выгрузки было пропущено 96 поездов с материальными средствами. Всего с 1 по 23 июня 1944 г. 1-му Прибалтийскому, 3, 2 и 1-му Белорусским фронтам было подано более 75 тыс. вагонов с войсками и материальными средствами. В среднем фронтам ежедневно подавалось 90—100 поездов. Это позволило к началу Белорусской операции резко повысить в войсках фронтов запасы боеприпасов, горючего и продовольствия.
В ходе Белорусской операции (июнь — август 1944 г.) командованием фронтов начали широко проводиться контрзаградительные мероприятия: выделение авиации для перехвата и уничтожения путеразрушителей, борьба с подрывными командами, постановка задач подвижным группам войск и партизанам на захват больших мостов и отдельных участков неразрушенных железных дорог и другие. На фронтах, где проводились указанные мероприятия, восстановление железных дорог шло гораздо быстрее.
Опыт Белорусской и ряда последующих операций показал, что при наступлении войск с высокими темпами значительные трудности при восстановлении железных дорог возникают лишь в зоне больших разрушений, создаваемой противником чаще всего в тактической полосе обороны. В оперативной же глубине обороны противника большие разрушения встречались лишь на тех участках, где темпы наступления наших войск снижались и не мешали противнику производить заграждения. Естественно, и темпы восстановления таких участков резко отличались. Так, на 3-м Белорусском фронте участок Шуховцы — Орша, где проходила линия обороны противника, восстанавливался по 7 км в сутки, а малоразрушенный участок Орша — Минск — 21,2 км.
Большой объем оперативных и снабженческих перевозок выполнялся железнодорожным транспортом при подготовке и в ходе Ясско-Кишиневской наступательной операции. По решению Ставки Верховного Главнокомандования для усиления 2-го и 3-го Украинских фронтов по железной дороге были перевезены 4-й и 6-й гвардейские кавалерийские корпуса из 1-го Белорусского и 1-го Украинского фронтов. В апреле 1944 г. для Черноморского флота было перевезено по железной дороге 40 боевых кораблей: из Северного флота — 8 больших охотников, 20 малых охотников и 12 торпедных катеров, а из Тихоокеанского флота — 10 подводных лодок.
Общий объем воинских железнодорожных перевозок в 1944 г. достиг наивысшего уровня за весь период войны — 126 389 поездов (5718,9 тыс. вагонов), в том числе 60 052 поезда (2 402 тыс. вагонов) оперативных и 66 337 поездов (3316,9 тыс. вагонов) снабженческих перевозок. Приведенные данные свидетельствуют о том, что увеличение размаха стратегических наступательных операций, проведенных в 1944 г., возрастание численности фронтов и все большее насыщение их различной боевой техникой и вооружением обусловили значительный рост объема снабженческих перевозок.
Существенно усложнилась работа железнодорожного транспорта с выходом советских войск на территорию зарубежных стран. Железные дороги СССР и сопредельных стран имеют разную ширину колеи, различные габариты подвижного состава и приближения строений, разные типы сигналов, сцепных устройств и правила эксплуатации железных дорог. С учетом этих особенностей в зависимости от условий оперативной обстановки, возможностей железнодорожного транспорта сопредельных стран определялся и порядок использования железных дорог европейской колеи. Так, в Румынии, Болгарии и Венгрии, где сеть железных дорог не подверглась большим разрушениям, имелся достаточный подвижной состав и сохранились кадры железнодорожников, создались благоприятные условия для выполнения воинских перевозок без сплошной перешивки железных дорог западноевропейской колеи на союзную. Только на территории Румынии возникла потребность перешить на союзную колею 690 км железных дорог. Эта перешивка была осуществлена главным образом на участках, подводивших к Плоешти — центру нефтедобывающей промышленности.
В целях обеспечения централизованного руководства воинскими перевозками на железных дорогах Румынии, Болгарии и Венгрии были развернуты управления уполномоченных начальника военных сообщений Советской Армии, в подчинении которых находились линейные органы военных сообщений — сеть управлений военных комендантов железнодорожных участков, станций, этапно-заградительных комендатур и военно-продовольственых пунктов.
Для осуществления воинских перевозок на стыке железных дорог СССР и сопредельных стран создавались перевалочные базы, где войска и грузы перегружались из вагонов железных дорог союзной колеи в вагоны европейской колеи. Первая перевалочная база была организована на стыке советской железной дороги с румынской на ст. Варешты в тыловом районе 2-го Украинского фронта (начальник тыла фронта генерал-лейтенант В. И. Вострухов, начальник штаба тыла фронта полковник Ф. М. Малыхин). В дальнейшем, по мере продвижения советских войск на запад, было организовано 11 перевалочных баз. В районах перевалочных баз создавались также госпитальные коллекторы для приема раненых и больных с фронтов.
Как железнодорожные участки, перешитые на союзную колею, так и перегрузочные станции на территории Румынии обслуживались советскими железнодорожными эксплуатационными полками. Что касается остальной зарубежной сети железных дорог в тыловых районах 2-го и 3-го Украинских фронтов, то она в основном обеспечивалась органами местной железнодорожной администрации и силами местных железнодорожников под руководством органов военных сообщений фронтов и сформированных для этой цели двух эксплуатационных бригад, реорганизованных в конце 1944 г. в военно-эксплуатационные управления. В распоряжении каждого управления имелись один-два железнодорожных эксплуатационных полка и два-три военно-эксплуатационных отделения. Эти силы и средства контролировали работу основных фронтовых коммуникаций и головных участков.
Организация воинских перевозок и контроль за их выполнением на территории Польши по решению ГКО возлагались на специально созданный объединенный аппарат уполномоченного Центрального управления военных сообщений Советской Армии и Народного комиссариата путей сообщения СССР при отделе путей сообщения Польского комитета национального освобождения. Уполномоченным Центрального управления военных сообщений Советской Армии был назначен генерал-лейтенант технических войск П. И. Румянцев. На территории Австрии, Югославии, Чехословакии, освобожденных Советской Армией от немецко-фашистских оккупантов, и в самой Германии организация воинских перевозок и управление ими осуществлялись начальниками военных сообщений соответствующих фронтов.
На западном направлении, в полосе действия 3, 2, 1-го Белорусских и 1-го Украинского фронтов первоначально также планировалось использовать для воинских перевозок железные дороги европейской колеи. Это решение основывалось на том, что на железных дорогах Польши, в пределах тылового района 1-го Белорусского фронта, имелось большое количество подвижного состава, который мог быть широко использован для выполнения воинских перевозок. Однако этот подвижной состав оказался разбросанным на многих перегонах и станциях. Для вывода его на действующие железнодорожные направления требовался значительный объем восстановительных работ. К тому же в подвижном составе не было четырехосных платформ для перевозки танков и другой тяжелой боевой техники, а также цистерн для перевозки горючего. Между тем сложившаяся обстановка требовала срочного подвоза войскам пополнения и материальных средств. Пришлось безотлагательно перешить основные железнодорожные направления в тыловых районах фронтов на освобожденной к концу 1944 г. территории Польши и Восточной Пруссии.