Люциус встал во главе рода Малфой в 1990 году, когда его отцу Абраксасу поставили диагноз драконьей оспы в возрасте 120 лет и тот был не в состоянии выполнять свои обязанности. К своему сорока девятилетию Люциус планировал упрочить свою семью в членстве Визенгамота. Используя собственные навыки и связи, заработанные его отцом, не гнушаясь компроматами на высокопоставленных членов, Люциус быстро взял на себя руководство одного из крупнейшего отдела Визенгамота. Приняв множество обязанностей Люциус смог наконец-то осуществлять контроль над действиями Фаджа, где ранее он был бессилен.
Корнелиус Фадж часто пользовался советами Альбуса Дамблдора не только потому, что тот был великим волшебником, но и из-за большого влияния на половину членов Визенгамота. Фаджу был необходим Дамблдор, чтобы протаскивать свои законы. Формально прикидываясь сторонником в Визенгамоте, Люциус предложил министру другой вариант — передать свои голоса ему. Медленно, но Люциус начал уменьшать влияние Альбуса Дамблдора на решения Визенгамота. К началу лета в 1991 году число традиционных сторонников Люциуса увеличилось на шесть человек, когда же реформисты Дамблдора потеряли трех членов и одного по причине болезни. Корнелиус видя медленный переход обратно к традиционным устоям стал обращаться к Люциусу чаще для решения политических вопросов. Люциус снова был на вершине мира летом 1991 года и ничто не могло свергнуть его…
Никто, кроме разве Гарри Джеймса Поттера.
Люциус возможно проклял имя Гарри Поттера тысячу раз в 1981 по 1984 года; однако, когда его влияние и авторитет вернулись, мысли о победителе его прежнего Лорда все меньше приходили ему в голову. Поэтому он был слегка шокирован, когда, казалось бы, неприятная поездка в Косой переулок внезапно закончилась по заслуге Драко знакомством с Мальчиком-который-выжил.
Мальчик выглядел слишком хрупким, слишком мал для первокурсника и когда Драко рассказал о его точке зрения на маглов и способностях к парселтангу, Люциус не мог помочь, но был заинтригован. Сближение Гарри с дочкой Андромеды, осквернительницей чистокровных несомненно было не лучшим решением, но Люциус был готов не замечать попытки юной леди изучить легендарного Мальчика-который-выжил и прожил дольше положенного. Это решение было принято уже после того, как парная Лорду волшебная палочка выбрала Гарри Поттера и Люциус решил, что в мальчике таится необычайная сила и Малфой-старший мог поклясться, что станет частью ее.
Вернувшись в Малфой-мэнор, Люциус долго обсуждал с Нарциссой планы на Гарри, и они мягко намекнули Драко пригласить Поттера к ним на лето.
Досадной неожиданностью оказалось появление с Поттером и дочки Андромеды, однако Люциус не просто так был назван наиболее квалифицированным политическим лидером в стране. Он легко надел маску и с радостью поприветствовал девочку.
Вскоре стало понятно, при разговоре с Нимфадорой, что та и понятие не имела, что Нарцисса была сестрой ее матери, а Драко — двоюродный брат. После быстро отправленного с помощью эльфа сообщения Нарциссе, Люциус привел в действие импровизированный план, который не только бы настроил Гарри на его сторону, но и испортил бы взаимоотношения матери с дочерью.
План прошел идеально. Люциус и Нарцисса скормили своей племяннице прекрасно сплетенную ложь об ее отце, который невежественно вызвал Темного Лорда на дуэль, нарушив тем самым правила и обрекший себя на смерть. Позже в тот же вечер, Люциус не смог удержаться от смеха — как будто бы Лорд хоть когда-нибудь решил поучаствовать в дуэли с грязнокровкой. История не только показала Гарри Поттеру, ненужность введения в магический мир грязнокровок, но и Нимфадора окрепла в своем решении отвергнуть магловского отца.
Конечно, сливками на торте в день рождения Гарри оказалось предположение Нарциссы, что Лили Поттер не могла быть грязнокровкой. Люциус понятия не имел, откуда такое предположение появилось в голове его прелестной жены, но ее идея о том, чтобы мальчик прошел тест на чистоту крови и определение таланта, была гениальной. Возможно, тесты могли и убить мальчика, но если бы он выжил, то они имели бы ясное представление о магическом потенциале Гарри Поттера.
Было довольно просто убедить Гарри, очевидно желающего узнать побольше о своей семье, сдать экзамен и дать доступ Малфоям к результатам. Ни Люциус, ни Нарцисса не были готовы к таким последствиям теста. Не только Лили Поттер оказалась чистокровной, но и Гарри Поттер — наследник нескольких семей владел несколькими редкими и выдающимися талантами. После покидания ритуальной комнаты, Люциус принял решение поддержать мальчика. Если правильно обучить и направить Гарри Поттера по необходимому пути, можно было бы очень легко сделать его лидером, объединившим все чистокровные ветви.