В 1554 году парламент вернулся к средневековым законам против ереси, формально продолжавшим действовать во время правления Генриха VIII и Эдуарда VI. Они стали юридическим основанием для преследований протестантов, остававшихся верными своим убеждениям и не желавших подчиняться анти-реформаторскому законодательству.
Первый костер запылал в Смитфилде в 1555 году, на нем был сожжен переводчик и комментатор Библии Джон Роджерс. Его участь разделили около 300 человек, среди которых были такие известные люди, как епископы Джон Хупер, Николас Ридли, Хью Латимер и даже архиепископ Кранмер. Вместе с ними жертвами становились простые ремесленники и мелкие торговцы, которым не хватило денег на эмиграцию. Преследованиям подвергались также женщины, о которых доносили, что они состоят в тайных протестантских молитвенных группах. Конспиративные протестантские общины, как правило, численностью около десяти человек, проводили свои собрания под видом семейных праздников или же в самых необычных местах, таких как пришвартованный у берега Темзы корабль «Иисус». Большинство из них, несмотря на преследования, пережили правление Марии. Около 800 протестантов, среди которых были влиятельные юристы, образованное духовенство и студенты, опасаясь преследований, эмигрировали в Германию или Швейцарию.
Католики — враги короля и королевства
Одним из тех, кто искал спасения за границей, был оксфордский преподаватель Джон Фокс, методично собиравший поступающую из Англии информацию о преследованиях протестантов. Свою работу он завершил уже по возвращении в страну после воцарения Елизаветы I. В 1563 году была издана его книга «События и памятники наших последних и опасных дней», или «Книга мучеников», в которой значительное место заняли описания преследований протестантов в годы правления Марии Тюдор. Следующие издания книги Фокса, дополненные и иллюстрированные красноречивыми гравюрами, создали культ протестантских мучеников за веру. Так как в тексте проводилась прямая аналогия между страстями Христа и репрессиями против протестантов, а также их поведением перед лицом смерти, ее пропагандистское значение было очевидно. Книгу отличала ярая и безграничная ненависть к католицизму и католикам, которая на волне антикатолических настроений в Англии эпохи Елизаветы была с восторгом воспринята частью аристократии.
В вопросах вероисповедания Елизавета I Тюдор четко обозначила курс на религиозное единство страны с опорой на акт о верховенстве, акт о единообразии и единстве веры (1558–1559 гг.), а также на «Тридцать девять статей» (1563 г.). Гарантировать это единство должно было принесение подданными, особенно теми, кто состоял на государственных должностях, присяги, в которой они соглашались с постулатом главенства короля над Церковью. Отказ принести присягу считался преступлением, за которое было предусмотрено суровое наказание: виновных бросали в тюрьму, а их имущество конфисковывали. Повторный отказ расценивался как государственная измена. Парламент, состав которого постепенно включал все больше протестантов, выступил с инициативой ужесточения политики по отношению к католикам. С 1563 года члены обеих палат парламента были обязаны признавать акт о верховенстве, то же самое касалось преподавателей и выпускников университетов и юристов. В общественном сознании постепенно укоренялось убеждение, что отказывающиеся принести присягу католики угрожают безопасности страны. Подоплекой антикатолических настроений, очевидно, являлся страх англичан перед Испанией и папским престолом. Пропаганда создавала образ католика — врага короля и королевства. Репрессии по отношению к католикам усилились после 1570 года, а предлогом для них стала папская булла «Regnans in Excelsis», отлучившая Елизавету I от Церкви. Этот документ ставил под сомнение легальность правления королевы и освобождал поданных от обязанности подчиняться монарху, фактически призывая их к бунту.