Жертвами репрессий стали также тайно прибывающие в страну с 1574 года выпускники католической духовной семинарии в городе Дуэ (Испанские Нидерланды). Центр, созданный в 1568 году кардиналом Уильямом Алленом, готовил священников, дабы отправить их в Англию для поддержки лишенных пастырской опеки верующих-католиков. До 1580 года в Англию прибыли около 100 священников из Дуэ. В последующие годы их число возросло до 471. Большинство из них были брошены в тюрьмы, где подвергались жестоким пыткам, некоторые были казнены.
Первой жертвой стал Катберт Мейн, в ноябре 1577 года повешенный и четвертованный на глазах толпы. В 1580 году в Англию приехали первые миссионеры-иезуиты. Один из них, Эдмунд Кампион, через несколько месяцев конспиративной деятельности был схвачен, подвергнут пыткам и казнен как государственный изменник. Суровые репрессии ожидали и тех, кто укрывал католических священников или оказывал им помощь.
В разбросанных по всей Англии замках и крепостях (например, в Висбиче, Йорке, Уигморе) только в 1583 году в заточении оказались 103 католика. В портах проводились тщательные обыски — корабли и товарные склады проверялись в поисках нелегальных приезжих и католических предметов культа (распятий, икон), распространение которых было строжайше запрещено. Студентов, получавших образование за пределами Англии, немедленно отозвали обратно, а тех, кто не подчинился, сочли изменниками. Антикатолические настроения достигли пика во время войны с Испанией, их проявлением стало принятие в 1585 году очередных суровых законов, направленных против «иезуитов, священников и прочих отступников». Законодательные акты спровоцировали очередную волну преследований. С 1586 года до конца правления Елизаветы I были казнены 146 католиков, якобы виновных в государственной измене. В 1570–1603 годах по этому обвинению было казнено около 250 человек. Суровые репрессии, отсутствие пастырской опеки и возможности открыто исповедовать католичество привели к снижению численности католиков: на рубеже XVI–XVII веков их число составляло 30–40 тысяч человек — менее одного процента населения. Несмотря на это, они по-прежнему оставались удобной мишенью для пропагандистских нападок, особенно в периоды политических кризисов.
Борьба со схизматиками
Еще одной угрозой для религиозного единства страны были действия протестантских радикалов — пуритан, — призывавших к дальнейшим реформам и очищению Англиканской церкви от следов католицизма и папизма. При жизни Елизаветы I такие выступления имели единичный характер и еще не составляли реальной угрозы, однако королева относилась к ним настороженно и боролась с ними. Например, в тюрьме оказались Уильям Стрикленд, инициатор введения в 1571 году новой версии молитвенника, и Энтони Коуп, который решился на подобные действия в 1587 году. В Тауэр также был заточен вставший на защиту Коупа член парламента Питер Уэнтворт. Кроме того, любые разночтения с официальной церковной доктриной сурово искоренялись, а несоответствующие англиканским канонам религиозные произведения и их авторы жестоко карались. Безжалостно преследовались также лица, распространявшие «нелегальную» литературу. В 1583–1584 годах не менее пяти человек были приговорены к смерти за тиражирование раскольнических текстов. При этом, однако, следует подчеркнуть, что репрессии против протестантских раскольников никогда не приобрели таких масштабов, как преследования католиков. Несмотря на приложенные усилия, властям не удалось сдержать нарастающую критику и раскол внутри Англиканской церкви. Новые течения возникали в оппозиции к официальной Церкви и ее доктрине, особенно во время правления первых Стюартов.
Волны протестанткой эмиграции
Из страха перед преследованиями некоторые радикальные религиозные группы, например сепаратисты, искали спасения за границей, иногда в Голландии, а иногда (что было новым веянием) — в Новом Свете. В 1620 году на корабле «Мэйфлауэр» в Америку приплыла первая группа, насчитывавшая около сотни протестантских беженцев, именуемых пилигримами. Их примеру последовали и другие. В 1628 году на территории Новой Англии проживало уже почти 10 тысяч протестантов, в основном пуритан и сепаратистов. Годы гражданской войны в Англии (1640–1660) углубляли разделение по религиозному признаку. Раскол сопровождался также политическим соперничеством, так как спецификой событий, получивших название Английской революции, было глубокое взаимопроникновение конфликтов на почве вероисповедания и текущей политики.