В 1807 году он был назначен главным врачом военного госпиталя. В 1809-1810 годах он ездил по Северному Кавказу, открыл, исследовал и подробно описал источники целебных минеральных вод, вокруг которых впоследствии возникли известные курорты: Железноводск, Пятигорск, Ессентуки и Кисловодск. Капитальная работа Ф. Гааза о свойствах этих вод стала одним из первоисточников новой отрасли научной медицины-курортологии. Император Александр I наградил его крестом Владимира и званием надворного советника.
10 августа 1821 года генерал Иван Сабанеев писал своему приятелю генералу Арсению Закревскому (будущему генерал-губернатору Москвы):
"Живущий в Москве доктор Гас (кажется, при Голицынской больнице), знает чудесные источники Кавказа и может быть весьма полезным наставником. Я был два раза на Кавказе и пользовался его наставлениями, говорю по опыту".
Профессор Александр Нелюбин (1785-1858), один из основателей русской медицинской научной школы, издал в 1825 году книгу "Полное историческое медико-топографическое, физико-химическое и врачебное описание Кавказских минеральных вод". Он писал:
"Да позволено будет с особенным уважением и признательностью упомянуть о трудах доктора Гааза... В особенности должно быть благодарным Гаазу за принятый им на себя, труд - исследовать кроме главных источников еще два серных ключа на Машуке и один на Железной горе, которые до того времени еще никем не были испытаны... Сочинения Гааза принадлежат бесспорно к первым и лучшим в своем роде".
Много лет спустя эти отзывы подтвердил профессор Рахманинов в статье, напечатанной в "Медицинском обозрении" (за июнь 1897) и ученый ботаник В. И. Липский в книге "Флора Кавказа", изданной в 1899, назвавший Гааза первооткрывателем "знаменитого источника в Ессентуках".
Советский историк М. А. Полиевктов подробно описал я чрезвычайно высоко оценил деятельность Гааза, книга которого "открывает целую серию описаний Кавказских минеральных вод" и содержит "климатологический очерк, обзор местной растительности... химический анализ источников... докладе методах курортного благоустройства, практические медицинские советы".
В 1826 году в Москве был учрежден "Особый комитет по устройству глазной больницы". Председателем этого комитета стал сам генерал-губернатор князь Д. В.Голицын, который направил Гаазу специальное письмо: "Уверенность моя в Ваших познаниях и убеждение в отличных качествах Вашего сердца, оправданных во время Вашего многолетнего пребывания в сей столице, обратились в сильнейшее для меня побуждение предложить Вам звание члена вышеупомянутого Комитета".
Гааз согласился, и в значительной мере благодаря его неутомимой деятельности больница была открыта уже через пять месяцев после создания комитета. Федор Петрович до последних дней жизни оставался членом совета этой больницы, непосредственно осматривал больных, помогал лечащим врачам практическими советами.
В 1812-1814 годах военный врач Гааз сопровождал русские войска в походах от Москвы до Парижа. На обратном пути он заехал в Мюнстерайфель и застал отца умирающим. Похоронил его. Тогда он в последний раз видел родные места. Вернувшись в Москву, он остался там уже навсегда.
Бедняков он лечил бесплатно; однако и от богатых пациентов не было отбоя. Преуспевающий врач разбогател. В 20-е годы ему принадлежала подмосковная деревня Тишки с сотней крепостных, суконная фабрика, большой дом на Кузнецком мосту; славились его белоснежные рысаки.
В 1822-1826 гг. он занимал должность главного врача всей Москвы. Генерал-губернатор князь Голицын называл его другом своей семьи.
В 1828 году по предложению князя Федор Петрович был назначен членом "Комитета попечительства о тюрьмах", учрежденного по особому указу императора. Руководил им сам генерал-губернатор; постоянными членами состояли митрополит, гражданский губернатор, сановники, именитые купцы и др. Но с первых же дней душой и главой, движущей силой комитета стал доктор Гааз. За четверть века он пропустил только одно из 253 ежемесячных заседаний комитета, когда сам уже тяжело заболел. Он был главным врачом всех тюремных больниц и вместе с тем покровителем-попечителем всех заключенных, ссыльных и каторжан, которых через Москву гнали в Сибирь из разных концов России. Два-три раза в неделю уходили колонны по 50-100 человек. Уходили пешком на северо-восток, по Владимирке (теперь шоссе Энтузиастов). И каждую колонну провожал доктор Гааз; осматривал больных, особенно детей и женщин, приносил еду, белье и теплую одежду.