К концу октября 1610 г. «семибоярщина» фактически была отстранена от власти. Руководство страной сосредоточилось в руках польского полковника А. Гонсевского и его приспешников. Конечно, среди них был и И.Т. Грамотин. Его верная служба не осталась без внимания. Указом короля Сигизмунда III от 29 ноября 1610 г. подтверждалось назначение И.Т. Грамотина главой Посольского приказа: в тексте указа он именовался думным дьяком-печатником и назначался «на сидение» в Поместный приказ. Время от времени в его карьере происходили некоторые изменения. Так, в январе 1611 г. И.Т. Грамотин уступил Поместный приказ И. Чичерину, но уже через два месяца вновь возглавил это ведомство. Однако его руководство Посольским приказом и обладание государственной печатью оставались неизменными. Для человека его происхождения о более высоком положении и мечтать было невозможно. Правда и цена – измена Отечеству – была соответствующая.
Пользуясь безвластием, бесчисленные шайки интервентов и разбойников бродили по России, грабили и жгли все, что попадалось на их пути. Земля приходила в запустение, недаром в народе это время прозвали лихолетьем. Но терпение русских людей не было беспредельным. Постепенно в обществе рождалось стремление к порядку и стабильности, на пути к которым стояло владычество иноземцев. В марте 1611 г. москвичи взбунтовались против поляков и в числе прочих приспешников требовали выдать на расправу И.Т. Грамотина. Каким-то чудом ему удалось спастись и во время осады Москвы первым народным ополчением. Понимая, что освободительное движение остановить уже невозможно, приказная бюрократия склонялась на сторону национальной партии и переходила в стан ополченцев. 20 августа 1611 г. И.Т. Грамотин был отстранен от руководства Поместным приказом. Тем не менее он получил определенную компенсацию за потерю этой должности в виде поместья – Никольскую Плесскую волость в Невельском уезде.
К августу 1612 г. положение интервентов в Москве стало критическим. Польский гетман Ходкевич подошел к столице, чтобы оказать помощь полякам, голодавшим в Кремле. Ополчение Минина и Пожарского в союзе с казаками отбило Ходкевича от Москвы и в октябре 1612 г. освободило Кремль. В последний момент полякам показалось, что прибытие в столицу «законоизбранного царя» Владислава сможет спасти их дело. В Польшу было отправлено посольство с целью ускорить утверждение на русском престоле польского королевича. Конечно, в состав этой миссии вошел и И.Т. Грамотин. В очередной раз он продемонстрировал свою способность чувствовать надвигавшуюся опасность.
Тем временем Москва была очищена от врагов, и стало возможным приступить к делу, не терпевшему отлагательства, – к избранию нового царя. Был созван Земский собор, на который прибыли представители всех сословий и городов. Решалась судьба Отечества. Но даже в этот момент король Сигизмунд III попытался переломить ход событий. В конце ноября 1612 г. он отправил к столице польский вооруженный отряд. Идейным вдохновителем интервентов на этот раз был И.Т. Грамотин, который должен был «зговаривать Москву, чтобы приняли королевича на царство». Однако попытка эта не удалась, и в конце 1612 г. дьяк вернулся в Польшу.
21 февраля 1613 г. на русский престол был всенародно избран Михаил Романов. Кончилась, наконец, долголетняя Смута, или, как ее еще называли, «Московское разорение», пора «Русского лихолетья». В избирательной грамоте царя И.Т. Грамотин упоминался как изменник. Более того, вплоть до сентября 1615 г. все официальные русские документы называли его «первым всякому злу начальником и Московскому государству разорителем». До 1617 г. его имя в источниках не встречалось, но в апреле 1618 г. он уже был назначен дьяком в Новгородскую четверть, а вскоре ему было возвращено и думное дьячество. Как же Грамотин вновь оказался в России?
С февраля 1616 г. были прекращены военные действия между Россией и Швецией. Более того, дело шло не только к заключению мира, а, возможно, и к созданию антипольского союза. В это же время для Польши существовала и реальная угроза войны с Турцией. И.Т. Грамотин понимал, что его покровители находились в очень непростой ситуации. К тому же летом 1616 г. царь Михаил Федорович приказал проводить в литовских полках агитацию среди русских людей: за их переход на сторону Москвы им гарантировалась полная амнистия и царские пожалования. Более удобного случая для бегства из Польши и возвращения в Россию трудно было представить. Но остается вопрос: как удалось И.Т. Грамотину реабилитироваться, восстановить утраченное доверие и вновь войти в высшие сферы российской бюрократии?