С.Ф. Платонов объяснял это исключительной талантливостью и деловитостью И.Т. Грамотина.[318] В современной литературе высказывается мнение, что прощение И.Т. Грамотина было связано с острой нехваткой нужных кадров и осторожностью правительства Михаила Романова.[319] Действительно, многие приказные люди служили Лжедмитрию I, «Тушинскому вору», присягали Владиславу, но всё же никто из них не изменял новой династии как И.Т. Грамотин. Следовательно, хлопотать за дьяка мог только очень могущественный покровитель. Им вполне мог быть отец царя патриарх Филарет, с которым И.Т. Грамотин имел возможность сблизиться во время его польского плена. Но в первые годы правления Михаила Филарет еще был в Польше. В это время вместо малолетнего Миши Романова правила его мать, инокиня Марфа, и ее племянники – Борис Михайлович и Михаил Михайлович Салтыковы. Последние приходились также племянниками и М.Г. Салтыкову, с которым И.Т. Грамотин бежал в Польшу. Скорее всего, именно им и их благосклонности был обязан своим прощением И.Т. Грамотин. Примечательно, что в дальнейшем он стал одним из лидеров салтыковской группировки, составившей оппозицию Филарету и его окружению.
В апреле 1618 г. И.Т. Грамотин был назначен главой Посольского приказа, а уже в мае получил думное дьячество и участвовал в ратификации Столбовского мирного договора.[320] Чтобы восстановить свой статус на посту руководителя российской дипломатии, И.Т. Грамотин не жалел усилий. Он возобновлял внешнеполитические связи Московского государства, нарушенные в годы Смуты. Самым важным его достижением на этом пути стало заключение Деулинского перемирия с Польшей в 1618 г., означавшее официальное завершение Смутного времени.
В июне 1619 г. в Москву вернулся патриарх Филарет. Чтобы взять власть в свои руки, он возглавил боярскую группировку, которая оттесняла на второй план сторонников Салтыковых. Формально И.Т. Грамотин все еще был главой Посольского приказа, но влияние его на решение дипломатических вопросов ослабевало. Патриарх проводил внешнеполитический курс России в обход ведомства И.Т. Грамотина. Россия и Польша обменивались грамотами, полными взаимных упреков. В 1620–1621 гг. Филарет пытался заключить антипольский союз с Англией, в 1621 г. – с Данией, Турцией и Крымом. Он был уверен, что ему удалось создать мощную коалицию против Речи Посполитой, и в октябре 1621 г. отправил в Польшу гонца с ультиматумом, содержавшим угрозу объявления войны. Но все усилия Филарета оказались тщетными. В своих отношениях с Польшей Россия оказалась в дипломатической изоляции.
Авторитет патриарха пошатнулся, чем сразу же воспользовалась группировка Салтыковых. Вновь усилилось влияние И.Т. Грамотина. В марте 1623 г. он участвовал в придворной интриге, закончившейся опалой князя И. Катырева-Ростовского, зятя Филарета. Но патриарх не сдавался и в октябре того же года нанес ответный удар: возбудил дело по поводу «порчи» царской невесты Марии Хлоповой. Салтыковы были отправлены в ссылку, но И.Т. Грамотин по-прежнему пользовался доверием царя. Он все время находился рядом с государем, неизменно сопровождал его в поездках. Как и раньше в вопросах внешней политики он принимал самостоятельные решения. Благодаря его влиянию в ноябре 1623 г. был отклонен английский проект военного союза против Польши. В 1624 г. ему было поручено деликатное расследование, связанное с установлением подлинности Ризы Господней, присланной из Персии в подарок Михаилу Федоровичу.
С 1624 г. вновь усилилось влияние патриарха Филарета на государственные дела. Прежде всего был амнистирован его зять И. Катырев-Ростовский. Приоритетной задачей внешней политики России Филарет считал реванш в борьбе с Речью Посполитой в союзе с Швецией. В 1625 г. группировка патриарха потребовала от царя объявления войны Польше. И.Т. Грамотин по-прежнему оставался на старых позициях, и в 1626 г. Посольский приказ дважды отклонял шведские предложения о союзе. В январе 1626 г. И.Т. Грамотин принял самое активное участие в подготовке свадебной церемонии царя Михаила.