По возвращении из Молдавии А.Л. Ордин-Нащокин не получил повышения, но столичные вельможи вновь вспомнили о нём в 1644 г. Теперь ему поручали выяснить обстановку на западных границах и настроения в Речи Посполитой, в частности, проверить слухи о якобы готовившемся польско-датском вторжении в Россию. По данным, полученным А.Л. Ординым-Нащокиным, стало ясно, что внутренние смуты в Польше и Литве не позволяли Владиславу IV заняться сведением пограничных счётов с Россией. Дания же, занятая борьбой со Швецией, также не намерена была ссориться с Россией.
После смерти в 1645 г. царя Михаила Федоровича, когда престол занял его сын Алексей, последовали перемены в правительстве. К власти пришел Б.И. Морозов, царский свояк, сменивший Ф.И. Шереметева, покровительствовавшего А.Л. Ордину-Нащокину. Оставшись не у дел, он уехал в свое псковское имение. Там его и застал мятеж 1650 г., причиной которого была спекуляция хлебом. Это событие, а точнее план подавления бунта, предложенный правительству А.Л. Ординым-Нащокиным, и послужили тем трамплином, с которого он возобновил свою незаурядную карьеру.[429]
В начале 1650-х гг. его дважды включали в состав пограничных межевых комиссий.[430] Весной 1651 г. А.Л. Ордин-Нащокин, Д.М. Толочанов и В. Самойлов отправились «к реке Меузице меж псковского уезда и ливонские земли». Российские судьи должны были вначале обменяться перебежчиками, а затем «начинать межевое дело».[431] Работа в межевых комиссиях, как и молдавское посольство, были прекрасной школой для А.Л. Ордина-Нащокина. Постепенно в отечественной дипломатии формировался самобытный «нащокинский» стиль, основой которого были связь внутренней и внешней политики, а также исключительная преданность интересам Родины.
Следующий этап служебной биографии А.Л. Ордина-Нащокина пришелся на середину 1650-х гг. В конце 1654 г. он стал воеводой Друи, небольшого городка Полоцкого воеводства, непосредственно примыкавшего к шведским владениям в Прибалтике. Переговоры воеводы с неприятелем привели к выводу шведских войск из района Друи. А.Л. Ордин-Нащокин вел переговоры с жителями Риги о переходе в русское подданство; организовывал разведку, намечал пути продвижения русских войск; убеждал жителей Литвы в необходимости совместной борьбы со шведами. Летом 1656 г. в Митаве он добился согласия курляндского герцога Иакова помогать России, а 9 сентября Россия подписала договор о дружбе и союзе с Курляндией.
А.Л. Ордин-Нащокин переписывался с курляндским правителем, французским агентом в Речи Посполитой, польским полковником, принимал направлявшегося в Москву австрийского посла А. Майерберга, проявлял заботу об оживлении торговых связей с германскими городами.
В том же 1656 г. царь назначил А.Л. Ордина-Нащокина воеводой Кокнесе (Царевичев-Дмитриев город) с подчинением ему всей завоеванной части Лифляндии. Иногда А.Л. Ордина-Нащокина замещал его сын Воин Афанасьевич. Он получил хорошее образование и «был известен как умный, распорядительный молодой человек».[432] Но «страсть к чужеземцам, нелюбье к своему» привели к бегству Воина за границу. Однако служебной карьере А.Л. Ордина-Нащокина это не повредило. Напротив, царь в своём «милостивом слове», не держа «государского гневу», утешал А.Л. Ордина-Нащокина в его «лютой печали».[433] Алексей Михайлович ценил энергию и распорядительность воеводы, его дипломатические способности, заботу о стратегическом укреплении подведомственного ему района, повышении боеспособности воинских сил.
С точки зрения А.Л. Ордина-Нащокина управление армией в России было неудовлетворительным. Излишняя централизация при отсутствии оперативной связи осложняла действия воевод, сковывала их инициативу и не содействовала успеху военных действий. За время своего пятилетнего пребывания в Кокнесе он внимательно изучал экономическую и политическую жизнь сопредельных стран, что давало пищу для размышлений и выработки собственной программы преобразований. Так, в переписке с царём воевода изложил стройную программу перестройки системы комплектования армии и управления ею.
В ведение воеводы Кокнесе были переданы все занятые русскими войсками города Прибалтики. Политика А.Л. Ордина-Нащокина в этом регионе имела глубокий экономический смысл и тонкий политический расчёт. Он стремился утвердить среди латышей добрые отношения к России, считая, что «плохой мир лучше доброй ссоры». Мудрый администратор, он возвращал населению несправедливо изъятое имущество, сохранял городское самоуправление по образцу магдебургского права. Всемерно поддерживая горожан, в основном торговцев и ремесленников, А.Л. Ордин-Нащокин применял на практике свои экономические взгляды, в концентрированном виде оформившиеся позднее в Новоторговом уставе.