В 1861 г. во Франции выходит книга Э. Ларте «Новые исследования к вопросу о сосуществовании людей и больших ископаемых животных, которые были типичны для последней геологической эпохи». Ларте поддерживает Буше де Перта и утверждает, что каменные орудия и изделия из кости с выгравированными на них изображениями вымерших животных принадлежат людям, жившим одновременно с этими животными.
В 1863 г. Т. Гексли опубликовал книгу «Место человека в природе», где впервые научно обосновал идею о сходстве человека с обезьяной, в особенности с шимпанзе и гориллой. Он установил, что эти существа — наиболее близкие родственники человека.
В 1871 г. Дарвин публикует капитальный труд «Происхождение человека и половой отбор». К сожалению, многие люди, в том числе и некоторые ученые, стали утверждать, что Дарвин и Гексли доказывают происхождение человека от современных обезьян. Раздавались голоса: если признать эволюционную теорию Дарвина, то следует согласиться и с тем, что нашими предками были шимпанзе или гориллы. Широкое распространение антипатии к мысли о прямой родственности с обезьянами, вульгаризация идеи задерживали признание эволюционной теории. Кроме того, тогда еще был не ясен механизм изменчивости и наследственности.
И хотя в 1865 г. чешский ученый Г. Мендель опубликовал работу об открытых им законах передачи наследственных свойств, она осталась незамеченной.
В эти же годы возникла и другая, много лет мучившая археологов и антропологов идея о «недостающем звене» (missing link). Начались поиски ископаемых существ, стоящих на полпути между обезьяной и человеком. А между тем часть этих звеньев была в то время уже известна.
Еще в 1856 г. в Германии в долине Неандерталь, вблизи Дюссельдорфа, были обнаружены черепная крышка, кусок плечевой кости и остатки конечностей ископаемого человека, который впоследствии получил имя (по месту первой находки, как это и принято в археологии) неандертальца. Правда, найдены эти кости были не во время научных раскопок, а случайно — рабочими при очистке небольшого грота в двухметровом слое глины. Причем обнаружили их тогда, когда они были выброшены с глиной в отвал. Некоторые решили, что это останки пещерного медведя. Но местный учитель Фульротт уверенно определил — кости принадлежат человеку.
Судя по черепной крышке, в отличие от современного человека неандерталец имел сильно развитые надбровные дуги, выступающий лоб, приплюснутый спереди и выпуклый сзади череп. Кости из Неандерталя «обследовал» известный ученый (врач и антрополог) Р. Вирхов и заявил, что все эти особенности — результат патологии, вырождения от сифилиса, алкоголизма и т. п., но никоим образом не «древности», как это предполагали другие (к сожалению, менее знаменитые) исследователи. И Вирхов был не одинок. Один из экспертов назвал неандертальца староголландцем, второй — кельтом, третий — дикарем или идиотом и утверждал, что другой такой экземпляр никогда не будет найден.
Авторитета Вирхова и его сторонников было вполне достаточно, чтобы исключительно важные находки из долины Неандерталь пролежали в забвении около 30 лет, пока при раскопках пещеры Спи в Бельгии не были найдены сразу два скелета неандертальца. Останки гоминид встречались здесь и ранее, но их не замечали. Теперь кости человека нашли в одном слое с костями шерстистого носорога, мамонта и других ископаемых млекопитающих вместе со «странно» оббитыми камнями — теми самыми, которые де Перт считал орудиями древнего человека.
Теперь эти находки расчищали тщательно. Землю удаляли небольшими горизонтальными полосками, слой за слоем. Фиксировали ископаемые остатки при свидетелях, чтобы уже не было сомнений в том, что и кости человека, и орудия, и кости вымерших животных связаны друг с другом или по меньшей мере имеют один возраст. Стала складываться методика новой науки — доистории, протоистории, или первобытной археологии, как ее стали называть позднее. Но дело не в названии. Важно, что наука эта доказала право на свое существование. Первобытной археологией, которая еще недавно публично проклиналась, стали заниматься и наиболее талантливые представители церкви. Особенно прославился аббат Г. Брейль.