В канун столетия со дня рождения Пушкина псковский Пушкинский комитет произвел новое обследование родового кладбища Пушкиных. Комитет был потрясен картиной разрушения. Псковскому архитектору В. Л. Назимову спешно было поручено организовать работу по приведению кладбища в благопристойный вид к 26 мая 1899 года, так как в этот день предусмотрено было провести торжественное богослужение у могилы Пушкина, а по окончании праздника — произвести необходимый капитальный ремонт всего некрополя. В конце 1902 года Назимов сделал доклад Пушкинскому комитету. Он подробно описал всё, что им было сделано в 1901–1902 годах по благоустройству могилы Пушкина.
Выдержки из этого доклада он опубликовал в газете «Новое время» от 14 ноября: «1 января 1901 года высочайше утвержденный комитет по сбору пожертвований в пользу учреждений имени Пушкина, обратив внимание на опасность возможного повреждения памятника от постоянного обсыпания откоса предложил мне составить проект на укрепление склона горы и устройство террасы у того места, где находится могила великого поэта. Составленный мною проект был рассмотрен и одобрен августейшим президентом Академии наук великим князем Константином Константиновичем и утвержден комитетом. В строительный сезон 1901 года, за недостатком необходимого материала, были использованы лишь подготовительные работы, и к исполнению проекта приступлено 1 июня 1902 года. Сама идея проекта укрепить то место, где находится могила Александра Сергеевича, и предохранить ее и памятник от всевозможного разрушения заставляла всё внимание строителя направить на то, чтобы при исполнении работ не произошло случайного повреждения памятника или склепа могилы. Принимая все предосторожности, я заложил основания каменных стен террасы в откосе горы и, возведя их до уровня подошвы памятника, устроил площадку вокруг могилы, находящейся ранее на краю обрыва, замкнув ее в сем месте мраморною балюстрадою. Затем было приступлено к подведению нового гранитного цоколя под памятник, взамен прежде бывшего кирпичного, под железным карнизом. Эта работа требовала большой аккуратности и тщательности, так как приходилось работать над самым склепом, прочность свода которого по наружному осмотру определить было невозможно. Несмотря на все предохранительные меры, часть свода с западной стороны памятника в расстоянии 1,5 аршина от него во время работы осела, образовав отверстие площадью около 12 квадратных вершков, сквозь которое был виден вполне сохранившийся дубовый гроб А. С. Пушкина. Тот же час мною был произведен подробный осмотр свода и склепа могилы, причем оказалось, что свод выложен только в 1/2 кирпича на известковом растворе и матерьял его, как кирпич, так и раствор, в значительной степени деформирован временем. Для поддержания свода и предохранения его от дальнейшего разрушения немедленно же было приступлено к подведению под существующий свод нового, на цементном растворе. Кроме того, для предохранения свода от давления памятника, опирающегося на него своей средней частью, в цоколь последнего заложены железные балки… В это время на месте работы находились В. К. Фролов и Г. В. Розен. Они сделали несколько фотографических снимков как с видневшегося в глубине могилы гроба, так и с общего вида на могилу. Гроб поэта значительно сохранился. Местами на нем уцелели даже отдельные куски довольно широкого парчового позумента. Кусочек парчового позумента был нами взят и, с разрешения комитета, отправлен в Пушкинский музей Лицея».
Свой доклад архитектор Назимов закончил так: «Если когда-нибудь Императорская Академия наук или лица, имеющие на то власть, пожелают осмотреть гроб или перенести прах А. С. Пушкина на другое место, то, конечно, им не придется дожидаться подобного счастливого случая, какой выпал на мою долю, так как раскрыть склеп можно во всякое время, и на это потребуется не более 15–20 минут». Время показало всю добросовестность сделанного Назимовым, если не считать того, что случилось в годы гражданской войны, когда группой бандитов обелиск с могилы Пушкина был сброшен под откос (он был вновь поставлен на свое место в 1922 году под руководством срочно прибывшего из Петрограда архитектора К. К. Романова). С тех пор прошло много лет. За это время, вплоть до 1941 года, особых изменений в состоянии памятника и могилы Пушкина не наблюдалось. Замечено было лишь незначительное отклонение памятника от своей оси, что объяснялось осадкой грунта площадки, устроенной в 1902 году.
В 1944 году, отступая, немецко-фашистские захватчики взорвали Успенский собор и все монастырские постройки. Они заложили фугасы огромной мощности, в десять авиабомб, в специально вырытый 20-метровый тоннель, который шел поперек дороги в сторону могильного холма и через подошву его. Тысячи мин были установлены по склонам холма и четыре мины под фундаментом самого памятника. Пульт управления взрывом всего монастырского ансамбля был оборудован неподалеку от церкви, на Тимофеевой горке.