Приехал в конце 1896 года в Петербург, Цвет обосновался невдалеке от Мариинского театра, на Торговой улице, очень тихой, вопреки своему названию. Тут селился чиновный люд, актеры победнее, консерваторские студенты.
На первых порах Цвету повезло. В ту пору в Петербурге развивал свою научно-педагогическую деятельность Петр Францевич Лесгафт, передовой ученый-демократ. Был он выдающимся врачом анатомом, педагогом. Лесгафт создал собственную систему физического воспитания. Он основал Биологическую лабораторию, а затем женские курсы, где воспитывались преподавательницы физической культуры.
Цвета приняли в Биологическую лабораторию Лесгафта на должность научного работника. Сверх того, Михаил Семенович преподавал на женских курсах ботанику.
Он сразу же выказал незаурядный лекторский дар. Правда, на первых порах случались у него во время занятий курьезы. Оторванный в течение многих лет от живой русской речи, Цвет допускал забавные оговорки, потешавшие курсисток: «пластические пелёнки» (вместо — «плёнки»), «семя рожи» (вместо — «ржи»).
Цвет продолжал исследовательскую работу, начатую в Женеве. Его теперь всецело занимал хлорофилл. В 1898 году в «Известиях Санктпетербургской Биологической лаборатории» появилась первая научная работа Цвета, написанная на русском языке — «Гемоглобин и хлорофилл».
Почему ботаник заинтересовался красящим веществом крови — гемоглобином?
Еще в конце шестидесятых годов Климент Аркадьевич Тимирязев высказал предположение, что пигменты красящего вещества крови и зеленых растений родственны. Как раз в то время, когда Цвет приехал в Россию, эта догадка подтвердилась. В Петербургском институте экспериментальной медицины работал в те годы выдающийся биохимик Марцелл Ненцкий, поляк по происхождению. Он и доказал химическое родство гемоглобина и хлорофилла.
Ненцкому помогал молодой его соотечественник химик Леон Мархлевский, брат известного польского революционера Юлиана Мархлевского. Открытие Ненцкого и Мархлевского имело большое значение для науки: раз хлорофилл и гемоглобин так схожи, то это доказывает единство всего живого, общность происхождения растительного и животного царства.
Понятно, что Цвет, пристально и всесторонне изучавший хлорофилл, проявил интерес и к его связям с гемоглобином.
Казалось, все благоприятствует молодому ученому, обретшему родину. Он познакомился с крупнейшими русскими ботаниками и хорошо был ими принят. Глава петербургской школы физиологов растений академик Андрей Сергеевич Фаминцын разрешил Цвету работать в своей лаборатории. Это была самая большая подмога, какую Цвет мог получить как ботаник. Лаборатория Фаминцына, созданная им после многолетних хлопот на средства Академии наук, пользовалась известностью во всей Европе. Западноевропейские молодые ботаники считали за честь поработать у Фаминцына.
Цвет проделал в лаборатории Фаминцына все наиболее сложные опыты для своего труда — «Физико-химическое строение хлорофильного зерна», который потом стал его магистерской диссертацией.
Михаил Семенович вошел в научный кружок «Маленьких ботаников», существовавший в ту пору в Петербурге. Участники этого кружка собирались у кого-либо на квартире и вели жаркие споры. Среди «маленьких ботаников» были крупные ученые, и общение с ними оказалось для Цвета весьма благотворным.
По рекомендации трех «маленьких ботаников» — академика Воронина, Бородина и Ивановского — Цвет в 1900 году был принят в члены Петербургского общества естествоиспытателей.
Все шло как будто хорошо. Однако в лаборатории Лесгафта и на его курсах Цвету становилось все более тесно. Ботаника ведь тут не была и не могла быть на первом плане. Честолюбивый, с большими замыслами, Цвет жаждал простора для их выполнения. Но ни в одном государственном учебном или исследовательском учреждении Российской империи он не мог получить штатного места. На курсы Лесгафта он попал лишь потому, что они были частными. В своей отчизне Цвет, по закону, был среди ученых как бы никто! В России не признавали ни дипломов, ни ученых степеней, полученных за границей. Основания для этого имелись: в России к соискателям ученых степеней предъявляли куда более суровые требования, чем в Западной Европе.
Конечно, Цвет все это знал, когда собирался навсегда покинуть милую, уютную Женеву. Но есть ли на свете сила, способная удержать человека, рвущегося на Родину! Цвет уверен был в себе, в своих знаниях и способностях, уверен был, что и в Петербурге сумеет получить весьма скоро докторскую степень. Неужели не сделают для него исключения?! Да и не хотелось много об этом раздумывать перед первой встречей с Родиной.