Іншої змістової наповненосте мотив «дівчат-квіток» сконцентрований у другій книзі роману, але присутній, переважно конотативно, і в інших його частинах. Тут зграйка «напіврозквітлих дівчат» (jeunes filles en fieur) на березі моря, на тлі сонячного простору й мінливих блакитних хвиль, почуття й переживання, які вони пробуджують у Марселя, весь цей буттєвий феномен стає емоційно наповненим ненав'язливим уособленням молодости, незакаламученої краси й радости життя. Безперечно, «У затінку дівчат-квіток» є найсвітлішою і найжиттєстверднішою, найпоетичнішою книгою Прустового роману. Варто зазначити, що в цьому неабияку роль відіграє та обставина, що її дійство розгортається переважно серед природи, а не в аристократичних салонах чи буржуазних вітальнях, не у вишуканому, але тісному й задушливому світі. У подальших книгах роману названий мотив вплітається в інші мотиви — природи, любови, плинности й зникомости життя.
Особливу, самодостатню цінність мав для Пруста світ природи, його творові притаманна глибина вникнення в її спонтанність та «живу красу», а також тонкість їхнього відтворення. Письменник досконало володів імпресіоністичною технікою пейзажу, що спиралася на відкриття великих французьких малярів-імпресіоністів (які він приписав у романі одному з його персонажів-митців, Ельстірові), що з особливим блиском та переконливістю продемонстрував у пейзажах другої книги твору. Та воднораз природа не сходить у нього до імпресіоністичних вражень та їхніх замальовок, вона також постає у його творі, сказати б, у фізичній явленості, у своїй предметно-чуттєвій красі. Ось картина весняного дня в полі з першої книги роману: «Ця жива краса зворушувала до сліз, бо хоч би яких ефектів витонченого мистецтва вона досягала, відчувалося, що вона — природна, що ці яблуні стоять тут у чистому полі, ніби селяни на якійсь із великих доріг Франції. Потім промені сонця змінилися раптом променями дощу; вони своїми смугами затулили обрій, накинули на ряд яблунь сіру сітку. Проте яблуні, як і досі, височіли у своїй красі, світлій і рожевій, під зливою і холодним вітром; то був весняний день».
Варто зазначити, що після першої і другої книг природа порівняно рідко з'являється безпосередньо на сторінках роману, але симптоматично, що час від часу, особливо у «Содомі і Гоморрі», цілком у стилі Толстого, якого можна назвати другим з улюблених Прустових письменників, зображуване із життя вищих кіл співвідноситься з природою і кваліфікується як «неприродне» з негативним аксіологічним підтекстом. Про те, що загалом означала для Пруста природа, допомагає здогадуватися один з останніх записів, зроблених непевною рукою вмираючого письменника: «Дерева, ви мені більше нічого не скажете…»
До чільних мотивів, що проходять крізь весь роман Пруста, належить філософський, чи метафізичний; не випадково деякі дослідники говорять про наскрізну «метафізичну ідею» твору. Щоправда, сам Пруст виступав проти наповнення романів філософією; він писав у книзі «Проти Сент-Бева»: «Нашпиговуючи свій роман філософією, яка не матиме ніякої ціни ні в очах філософів, ні в очах літераторів, романіст допускає найнебезпечнішу помилку». Однак він тут-таки зауважує, що «літератор може не < менш глибоко проникати в реальність речей, але він має йти іншим шляхом» — без «філософського методу», шляхом спонтанного проникнення в реальність речей, точніше кажучи — в буттєві феномени, про які йшлося вище.
Безперечно, метафізика входить до Прустового роману, але не у вигляді розробки філософських тез та постулатів, вона існує в ньому радше як умонастрій, духовно-душевний стан, що знаходить вираз у різноманітних медитаціях метафізичного характеру. Особливе місце в цих медитаціях посідає проблема часу, яка, зрештою, постає в метафізичному аспекті. Та передусім до метафізичних роман можна віднести тому, що він організовується навколо метафізичної ідеї, що йдеться в ньому не лише про проникнення в «реальність речей», а й про пошуки світу глибшого й істиннішого, ніж емпіричний світ, світу, не підвладного часові, зникненню, смерті.
Із наскрізних мотивів, що теж належать до «внутрішнього кола» твору, варто відзначити мотиви любови та мистецтва. Обидва вони тісно пов'язані з метафізичним мотивом і переплітаються з ним. Мотив любови в його розгортанні дедалі більше переростає в мотив алієнації, самотности людини та її приречености на самотність, а в мистецтві автор вбачає шлях і засіб реалізації означеної метафізичної ідеї, шлях і засіб «віднайдення часу».