Однако и назначенная 23 апреля разграничительная линия, упорядочив действия войск на суше, не устранила неразберихи в воздухе. По мере продвижения к центру Берлина она нарастала. Летчики нередко ошибались. Как докладывало командование 3-й гвардейской танковой армии, 16-я воздушная армия, входившая в состав 1-го Белорусского фронта, случайно нанесла мощный удар по 6-му гвардейскому танковому корпусу, причинив ему серьезный урон. Случалось, что танкистов генерала П.С. Рыбалко бомбила авиация своего же фронта. Дело доходило до того, что П.С. Рыбалко попросил И.С. Конева совсем убрать авиацию. Когда все войска устремились к Рейхстагу, даже артиллерия иногда обстреливала своих соседей.
28 апреля, наступая на запад южнее Ландвер-канала, 29-й гвардейский стрелковый корпус 8-й гвардейской армии пересек железные дороги, которые идут на север к Ангальтскому и Потсдамскому вокзалам. При этом продвижение 9-го механизированного корпуса армии генерала П.С. Рыбалко на север, вдоль железных дорог, к Ландвер-каналу пришлось как раз по тылам 8-й гвардейской армии. Последствия продвижения войск перпендикулярно друг другу могли быть непредсказуемыми.
В 20.45 И.С. Конев направил Г.К. Жукову телеграмму: «По донесению П.С. Рыбалко армии В.И. Чуйкова и М.Е. Катукова получили задачу наступать на северо-запад по южному берегу Ландвер-канала и таким образом режут боевые порядки войск 1-го Украинского фронта, наступающих на север. Прошу изменить направление наступления армий Чуйкова и Катукова». Копия телеграммы тут же была передана в Москву генералу А.И. Антонову. В принципе выполнение просьбы И.С. Конева должно было привести к прекращению наступления армий В.И. Чуйкова и М.Е. Катукова.
Получив телеграмму командующего 1-м Украинским фронтом, Г.К. Жуков доложил И.В. Сталину: «Наступление частей Конева по тылам 8-й гвардейской армии и 1-й гвардейской танковой армии создало путаницу и перемешивание частей, что крайне вообще осложнило управление боем. Дальнейшее их продвижение в этом направлении может привести к еще большему перемешиванию и затруднит управление». Маршал Жуков просил установить новую разграничительную линию между фронтами или заменить войска И.С. Конева в Берлине войсками 1-го Белорусского фронта. Буквально через несколько минут Москва установила такую разграничительную линию, которая требовала вывода армий П.С. Рыбалко и А.А. Лучинского из города на запад.
3а разграничительной линией, которая устанавливалась с 24.00 28 апреля, оказался 9-й механизированный корпус, продолжавший по-прежнему наступать к Рейхстагу. Получив директиву Ставки, И.С. Конев приказал П.С. Рыбалко отвести войска.
«Он (генерал Рыбалко) буквально должен был пересилить себя, чтобы выполнить мой приказ, — вспоминал маршал И.С. Конев после войны. — И я не склонен его осуждать за эти хорошо понятные мне личные переживания».
Первой к Рейхстагу вышла 3-я ударная армия. Наступая с севера, ее 79-й стрелковый корпус прорвался к мосту через Шпрее и после ожесточенных боев в ночь на 29 апреля захватил его. От моста до Рейхстага оставалось каких-нибудь 500 м, но они оказались необычайно трудными. Площадь перед зданием обороняли подразделения СС и батальон фольксштурма. Предыдущей ночью сюда для подкрепления прибыли три роты морской школы из Ростока. Почти 5 тысяч немецких солдат и офицеров, сосредоточенных у стен Рейхстага, поддерживали 3 дивизиона полевой артиллерии и зенитный артиллерийский дивизион. Система обороны на подступах к зданию включала 3 траншеи, прикрытые минными полями и противотанковым рвом с водой, 15 железобетонных ДОТов. Ходы сообщения связывали траншеи с подвалами Рейхстага. В целом оборона была прочной.