Командующий группой армий «Центр» генерал-фельдмаршал Шернер приказал подавить восстание, которое перерезало основной путь намеченного отхода немцев на запад. 6 мая нацисты, применив против восставших танковые части и авиацию, снова овладели частью города. Восставшие, понеся большие потери, обратились по радио к союзникам за помощью. Как вспоминал маршал Конев, «одновременно мы получили разведывательные данные о том, что немецкий генерал-фельдмаршал Ф. Шернер поспешно стягивает к Праге войска. 5 мая я отдал приказ войскам ударной группировки начать наступление утром 6 мая».
Оказавшись в трудном положении и не зная, скоро ли придет военная помощь со стороны союзников, ЧНС, которому теперь подчинилось и командование «Бартош», вынужден был согласиться на сотрудничество с власовцами. 6 мая дивизия С.К. Буняченко вошла в Прагу. Власовцы шли в бой против вчерашних союзников под лозунгами: «Смерть Гитлеру!», «Смерть Сталину!» К вечеру они овладели западными районами города. На другой день подразделения дивизии переправились на правый берег и рассекли противника на две части.
По отношению к новым союзникам в руководстве восстанием единства не было. ЧНС после определенных колебаний и под давлением коммунистов отказался от дальнейших переговоров с «власовцами» и от их помощи, понимая, что такой «союз» мог бы быть негативно воспринят советским руководством и командованием.
Прибывшие в штаб С.К. Буняченко посланцы от ЧНС привезли благодарственное письмо генералу А.А. Власову за оказанную помощь и сообщили решение Совета отказаться от услуг его армии. С.К. Буняченко готов был действовать против немцев и отдельно от ЧНС. Теперь он просил чехов передать по радио его меморандум, разъясняющий, почему он оказался в РОА, почему пришел на помощь Праге и теперь будет продолжать воевать против нацистов. Представители ЧНС отказались выполнить это требование.
Поняв, что американские войска не собираются наступать к Праге и в нее войдут части Красной армии, дивизия С.К. Буняченко вечером 7 мая стала покидать сражавшийся город, уходя теперь на запад, к американцам. Не вняли власовцы и просьбам повстанцев оставить им оружие. Впрочем, часть бойцов дивизии осталась в Праге и продолжала борьбу. Несомненно, что среди власовцев были люди, искренне желавшие сражаться с нацистами и тем самым получить прощение Родины. Всего в боях за город, по некоторым данным, погибло около 300 власовцев. С отходом на запад их основных сил немцы снова стали хозяевами положения в Праге.
1-й Украинский фронт наносил удар на Прагу с севера через Рудные горы. Ранним утром 6 мая разведка установила, что сплошной обороны противник создать не успел. Во второй половине дня стрелковые дивизии 13-й и 3-й армий совместно с соединениями 3-й и 4-й гвардейских танковых армий нанесли мощный и внезапный удар по самым слабым местам в обороне немцев. 5-я гвардейская армия сумела завершить подготовку к наступлению только к вечеру, когда основные силы фронта уже прорвали оборону и, несмотря на сильные дожди, затруднявшие движение по размокшим дорогам, продвинулись более чем на 20 км.
6 мая войска генерал-фельдмаршала Шернера начали общий отход из Чехословакии. В этот же день прекратил сопротивление блокированный еще с середины февраля 40-тысячный гарнизон города-крепости Бреслау; он сдался, убедившись в бесплодности дальнейшей борьбы в тылу советских войск. Маршал И.С. Конев приказал всем армиям немедленно преследовать противника. 7 мая наступление войск 1-го Украинского фронта развернулось в полосе более 400 км.
К исходу дня главная ударная группировка фронта вышла к северным отрогам Рудных гор. Особого успеха добилась 13-я армия генерала Н.П. Пухова. Действуя совместно с 4-й гвардейской танковой армией, она значительно вырвалась вперед. 5-я гвардейская и 3-я гвардейская танковая армии генералов А.С. Жадова и П.С. Рыбалко, завязав бои за Дрезден, отстали.
7 мая наступление на Прагу начал и 2-й Украинский фронт. Его 7-я гвардейская армия под командованием генерала М.С. Шумилова сразу же продвинулась на 12 км. Используя ее успех, командующий фронтом маршал Р.Я. Малиновский на следующий день ввел в сражение 6-ю гвардейскую танковую армию генерала А.Г. Кравченко, которая устремилась к столице Чехословакии.
Во второй половине дня 7 мая Шернер получил по радио приказ генерал-фельдмаршала В. Кейтеля о капитуляции немецких войск на всех фронтах, но до подчиненных его не довел. Позже, находясь в советском плену, Шернер оправдывался: «…приказ о капитуляции мною в мои войска передан не был, так как я полагал, что он невыполним… Нами был выработан по этапам план отхода войск группы армий „Центр“». Фельдмаршал просто-напросто лукавил. Приказ он отдал, но в нем говорилось, будто слухи о капитуляции распространяет англо-американская и советская пропаганда. Шернер заверял войска, что «война против Советского Союза будет продолжаться». По существу, подобная позиция — это даже не своеволие фельдмаршала, а реальное отражение официальной точки зрения нового руководства Германии.