Накануне независимости Уганды, в 1962 году, он становится майором. В этом году он прославился жестокостями по отношению к карамоджонгам Уганды и Кении, участвуя в «ликвидации конфликта» между ними и соседним народом покот (сук) из-за скота. Затем «урегулировал конфликт» с другим скотоводческим народом Кении — туркана. В 50-х годах выработались его излюбленные методы обращения с пленными, главный из которых состоял в том, чтобы угрожать воинам лишением знаков мужского достоинства — эта угроза иногда приводилась Амином в исполнение самолично.
Что касается инцидента с туркана, то они жаловались на жестокость Амина еще колониальным властям. Амину грозил суд, и спасло его только личное вмешательство Оботе. Так до самой независимости Уганды Амин прослужил в колониальных войсках, и было уже известно, что после получения независимости он займет место командира своей роты Грехэма.
Так и случилось. 9 октября 1962 года была провозглашена независимость Уганды. Амин оказался одним из немногих тогда офицеров-угандийцев. Его карьере в независимой Уганде немало способствовал и тот факт, что его дядя Феликс Онама стал министром внутренних дел в правительстве Оботе.
В продвижении Амина сыграли роль и другие не зависящие от него обстоятельства. Наиболее вероятным руководителем вооруженных сил независимой Уганды мог стать майор Каругаба — единственный угандиец, обучавшийся в знаменитом военном училище Сандхерст в Англии. Но он принадлежал к народу баганда и к тому же был католиком. Поэтому, когда в 1964 году произошли армейские волнения в казармах Джинджи, Оботе с радостью избавился от Каругабы. Главнокомандующим был назначен Ш. Ополот как более образованный, а Амин, принимавший непосредственное участие в подавлении бунта в казармах Джинджи, — его заместителем. В том же году Амин получил чин полковника. К 1966 году бригадир Амин имел дом в Кампале на холме Кололо с охраной, «кадиллак», двух жен и собирался жениться на третьей.
Официально, вернее, номинально армию Уганды возглавлял ее президент Мутеса II. Вот каким ему виделся Амин в те годы: «Амин был сравнительно простым, жестким человеком. Он бывал во дворце, и я видел, как он довольно успешно боксирует. Позднее Оботе велел ему не приближаться ко мне без особого разрешения премьер-министра, что могло показаться естественным, поскольку я был верховным главнокомандующим. Его взгляд на финансы был прямолинеен — простая солдатская мечта. Если у тебя есть деньги — трать их. Банковские счета на подставных лиц были выше его возможностей, и неудивительно, что среди всех обвиняемых только его банковский счет с трудом поддавался объяснениям»{75}.
Кабака тут имеет в виду дело о «конголезском золоте», где Амин наряду с Оботе выступал в качестве одного из обвиняемых. Это дело еще более сблизило Оботе и Амина, и Амин помог Оботе избавиться от неугодных ему министров.
В мае 1966 года именно Амин, сидя в открытом «джипе», возглавлял правительственные войска, штурмовавшие дворец кабаки Мутесы II. Ему же принадлежала идея использовать в этой борьбе артиллерию, но разрешение на ее использование дал Оботе. Важно, что ненависть баганда за эту акцию была направлена на Оботе, а не на Амина как исполнителя, что помогло Амину впоследствии, когда он захватил власть. Со времени штурма дворца Амин стал любимцем Оботе и вскоре был назначен командующим армией.
К 1968 году Амин сумел таким образом организовать набор в армию, что создал себе опору в лице своих соплеменников по отцу-каква. За эти годы отца своего он видел мельком — в том же году. Отец неделю гостил у него в Кампале. Считается, что именно отец добавил к его имени Иди Амин суахилийское слово «дада», что значит «сестра». По другой, Амин получил это прозвище раньше: когда у него заставали нескольких девиц сразу, он объяснял, что они — его сестренки.