В это же время против польской власти выступил патриарх Гермоген. Как глава русской православной церкви, он понимал, какая опасность ей грозит в случае, если царский престол займет король-католик. После того как в Москве и по всей стране стало быстро нарастать народное движение, Гермоген открыто выступил против признания московским царем королевича Владислава. Собрав московских посадских людей в Успенском соборе, он объявил, что освобождает их от присяги королевичу Владиславу и королю Сигизмунду. Затем Гермоген стал рассылать грамоты в разные города, призывая собраться всем из всех городов и идти к Москве «на литовских (польских) людей». За эти грамоты Гермоген был взят под стражу, затем заточен в заключение. Его так и не удалось сломить. Он призывал к населению от высшего представителя церкви, что еще больше усиливало народное движение.
Среди городов, первыми поднявшимися против поляков, были Рязань и Нижний Новгород. В Рязани восстание поднял воевода Прокопий Ляпунов. Он обратился с призывом к южным и северным городам, где уцелели остатки войск царя Василия Шуйского. Он призывал на помощь также и казаков, находившихся раньше в Тушинском лагере. Большая часть тушинских казаков во главе с Иваном Заруцким и князем Дмитрием Трубецким присоединилась к Ляпунову, который, рассылая грамоты в разные города, обращался и «к холопам, и к боярским людям, крепостным и старинным…», убеждая их идти в ополчение.
Начавшееся в Рязани движение в короткое время охватило всю область Заокских городов. На севере движение распространилось от Нижнего Новгорода по всему Поволжью. Польский гарнизон в Москве, получив известие о сборе из разных мест русских ратных людей для похода на Москву, приступил к спешному укреплению стен Кремля и Китай-города. Нуждаясь в рабочей силе, паны требовали, чтобы москвичи помогали им устанавливать пушки. Ссора, возникшая по поводу этих требований, перешла в уличную драку, которая 19 марта 1611 года превратилась в восстание московского населения. Улицы Москвы покрылись завалами из возов, бревен и пр., с крыш домов, с заборов, из окон в поляков стреляли, бросали камнями, их били дубьем. Сопротивление полякам оказал отряд под командованием князя Д. М. Пожарского. Он укрепился на Сретенке вблизи своего двора и превратил эту часть посада в настоящую крепость. Во время сражения князь был ранен. Между тем к Москве стали подходить передовые части ополчения. Комендант Москвы Гонсевский приказал жечь Москву. Это было поручено немцам-наемникам, которые в числе двух тысяч человек находились в составе польского войска. Вся столица пылала, ночью в Кремле было светло как днем. Но и пожар не устрашил жителей Москвы. Жители гибли на улицах родного города, но не сдавались врагу. Польский гетман Жолкевский воспоминал, что многие москвичи, не желавшие попасть в руки врага, сами бросались в огонь вместе с женами и детьми. Пожар, быстро охвативший деревянные дома Московского посада, продолжался несколько дней.
Очевидец тех событий польский шляхтич Маскевич вспоминал: «Русские свезли с башен полевые орудия и, расставив их по улицам, обдавали нас огнем. Мы кинемся на них с копьями, а они тотчас загородят улицу столами, лавками, дровами; мы отступим, чтобы выманить их из-за ограды они преследуют нас, неся в руках столы и лавки. И лишь только заметят, что мы намереваемся обратиться к бою, немедленно заваливают улицу и под защитой своих загородок стреляют по нас из ружей, а другие, будучи в готовности, с кровель и заборов, из окон бьют по нас из самопалов, кидают камнями, дрекольем… Жестоко поражали нас из пушек со всех сторон, ибо по тесноте улиц, мы разделялись на 4 или 6 отрядов – каждому из нас было жарко». Восстание посадских людей в Москве – яркий пример ожесточенных уличных боев, искусного использования артиллерии в уличных боях и устройства баррикад.
Поляки отступили за черту Кремля и Китай-города. Однако у Ляпунова не было достаточно сил, чтобы освободить Москву. К тому же в ополчении произошел внутренний разлад между дворянской и казачьей частями. Чтобы придать некоторую организованность разнохарактерному составу ополчения, вожди его – Прокопий Ляпунов, князь Дмитрий Трубецкой и Иван Заруцкий вошли в соглашение. Однако разногласия не прекратились. Казаки не хотели подчиняться дворянам 22 июля 1611 г. Ляпунов был убит в казачьем кругу. Ополчение стало распадаться. Дворянство покинуло лагерь и разъехалось по домам.