Никаких преобразовательных планов Петр в первые годы своего правления не имел. Образ жизни он вел, мягко говоря, беспорядочный, и причиной разлада между супругами была не какая-то особая приверженность Евдокии Федоровны к старине (хотя, естественно, воспитанная в захудалой дворянской семье, она полностью склонялась к традиционной жизни) или ее попытки ограничить модернизаторские затеи мужа, а элементарное пренебрежение Петра семьей и увлечение дочерью виноторговца из Немецкой слободы Анной Моне, девицей бойкой и практичной, что не мешало, правда, молодому царю вступать и в другие, многочисленные и неразборчивые, связи.
Ко времени отъезда Петра за границу (март 1697) отчуждение между супругами достигло такой степени, что из Лондона он написал родственникам — Нарышкину и Стрешневу — о своем желании: уходе царицы в монастырь. Когда же Петр вернулся, маленький Алексей был взят от матери и отдан в дом тетки Натальи Алексеевны, Евдокия отвезена в Покровский монастырь, что в Суздале, а там позднее насильственно пострижена под именем Елены. Трудно сказать, как все это подействовало на мальчика. Думаю, с этого времени у него начал утверждаться страх перед отцом, который видел его редко, не занимался им и, как представляется, подсознательно переносил на него отношение к нелюбимой жене, перед которой к тому же был виноват по законам божеским и человеческим. И тетка не любила маленького Алексея. И, думаю, напрасно, с легкой руки Н. Устрялова, автора грандиозной «Истории царствования Петра Великого», утвердилась мысль, что «главным несчастьем было то, что до девяти лет царевич находился под надзором матери, косневшей в предрассудках старины и ненавидевшей все, что нравилось Петру». Не было отчуждения сына от отца, было отчуждение отца от сына да, наверное, испуг маленького существа перед человеком, лишившим его матери и жизни в привычном окружении.
Расхожее представление: царевича учили церковники, учили по-старому, к учению Алексей был неохоч и к новым наукам склонности не питал, и следовательно, возбуждал тем самым неудовольствие отца. А вот факты свидетельствуют об обратном, хотя есть, правда, и доля истины в этой легенде (как во всякой легенде), но об этом — чуть позже.
Еще при матери Алексея стали учить грамоте, и его первый учитель Никифор Вяземский, остался при нем и после заточения Евдокии в монастырь. Вяземский был образованным для того времени человеком, известным как искусный ритор и грамотей. Для царевича был составлен иллюстрированный букварь со славянскими, греческими и латинскими буквами (этим букварем пользовались впоследствии русские школьники вплоть до середины XVIII века). Когда Алексею исполнилось девять лет, Петр вознамерился было отправить его для учения в Германию, но потом эта мысль была оставлена, и в 1701 году появился новый воспитатель, саксонский выходец Мартин Мартинович Нейгебауэр, для наставления «в науках и нравоучении». Нейгебауэр был человеком, несомненно, образованным, но чрезвычайно склочным и мелочным и в начале 1703 года был выслан царем за границу. Воспитателем стал другой немец, доктор права барон Генрих Гюйссен, который составил план обучения — весьма современный и отнюдь не ретроградный. План включал изучение французского языка по грамматике, изданной для дофина Франции, причем окружение царевича в часы занятий должно было говорить только по-французски; в часы отдыха предполагалось объяснять царевичу географические карты, учить обращению с циркулем; приступить к началам арифметики и геометрии, упражняться в фехтовании, танцах и конной езде. После шестимесячного курса, по освоении французского, предполагалось перейти к изучению истории и географии, продолжать осваивать математику, учить слогу и чистописанию, «читать Пуффендорфово сочинение о должности человека и гражданина, Фенелонова «Телемака» и обучать военным экзерцициям». На все это отводилось два года, в течение которых Алексею предстояло также ознакомиться с европейской политикой, основами воинского искусства, фортификацией, навигацией и артиллерийским делом.
Мальчик учился легко и охотно. Гюйссен постоянно хвалил его и не раз докладывал царю об успехах сына, сообщая, что царевич умен, кроток и благочестив. Правда, военных упражнений и фехтования Алексей не любил, да и математика давалась ему туго. Он был, как мы сказали бы сейчас, склонен к наукам гуманитарным, а Петр к последним относился, мягко говоря, прохладно, предпочитая дела практические. Но царевич, несмотря на свою нелюбовь к солдатчине, старался. В марте 1704 года он находился в лагере русских войск, осаждавших Нарву, и, как сообщал Гюйссен, искренно уверял отца, что, несмотря на молодость (ему было 14 лет), он делает все, что может, чтобы подражать деяниям и примеру Петра.