Но это было лишь начало. На следующий день началось оправдание манифеста и разыгранного 3 февраля действа: изобличение преступников, раскрытие заговора и государственной измены. 4 февраля от царевича были затребованы «вопросные пункты» о соучастниках и замышляемых действиях, иначе, как сказал Петр, «и пардон не в пардон будет». И, не дожидаясь ответа царевича, поскакали гонцы (уже 5-го!) за «соучастниками» в Петербург и, конечно же, в Суздаль, где находилась бывшая царица Евдокия.
Со всех сторон в страшное Преображенское свозятся «участники заговора», близкие Алексея, а то и просто оговоренные люди. В феврале — марте нещадно пытают Кикина, камердинера царевича Афанасьева, домоправителя Еварлакова… И мстительная радость Петра — добрались до матери царевича, нелюбимой жены Великого, которой тот мстил всю свою жизнь (за что? за свою неверность и любовь к другим женщинам?).
Бывшая царица сознается в связи с присланным в Суздаль для солдатского набора майором Глебовым, причем было это, как показал сам Глебов, «тому лет с восемь или девять». Арестовывают тетку Алексея, царевну Марью, единственная вина которой, как устанавливает следствие, заключалась в том, что она плакалась на бесконечную войну, на великие подати, на разорение народное, и «ее милостивое сердце снедала печаль от воздыханий народных». Взяли ростовского епископа Досифея, который говорил с неодобрением о деятельности преобразователя: «Посмотрите, у всех на сердцах, извольте уши пустить в народ, что в народе говорят».
Крутится мельница-застенок в Преображенском. «Участники», свидетели, случайные люди — все под пытками или запуганные на допросах дают показания. Разговоры, ненароком или по пьянке оброненные слова, зачастую многолетней давности, просто невысказанные мысли и настроения — все годится, все подшивается в пухлые тома, все служит одной цели. А цель эта — обвинение Алексея, который уже сломался, особенно после того, как его любимая, Евфросинья, тоже запуганная (и которой было обещано прощение), предает его и на очной ставке рассказывает (или говорит подсказанное) о том, что думал и хотел Алексей.
А круг подозреваемых все расширяется, уже не только Лопухины и Нарышкины, родственники царицы Евдокии и Алексея, попадают в него, но и люди ближнего круга царя — князь В. В. Долгорукий, князья Д. М. и М. М. Голицыны, граф Б. П. Шереметев, митрополиты Стефан Яворский, Иов Новгородский, даже Меншиков в Петербурге затаился и жадно ловил известия из Москвы.
В середине марта в Москве началась расправа. Казнили Кикина и расстриженного епископа Досифея. Страшную казнь уготовил царь майору Глебову — он был посажен на кол. Майор оказался человеком мужественным. На допросах он никого не оговорил, всю вину за адюльтер с Евдокией взял на себя, а на колу «никакого покаяния учителям (священнослужителям. — В. Т.) не принес, только просил тайно в ночи, через учителя иеромонаха Маркелла, чтоб он сподобил его Св. Тайн, как бы он мог принести к нему каким образом тайно, и в том душу свою испроверг». Сослан Семен Нарышкин, секут кнутом женщин из Суздаля, замешанных «в дело» Евдокии.
Закончились казни в Москве, отправлена в Ладогу царица Евдокия (инокиня Елена), в Шлиссельбург — царевна Марья Алексеевна, и царь отбывает в Петербург, куда велит доставить Авраама Лопухина, Василия Владимировича Долгорукого, Афанасьева, Еварлакова и других служителей царевича. В мае уже в Петербурге начались новые допросы и пытки, на которых присутствует (не всегда, правда) и сам Петр. Дает показания доставленная в столицу Евфросинья (ее содержат в крепости). Разыгрывают комедию перед австрийским двором — для европейского, как бы сейчас сказали, общественного мнения: требуют отозвания цесарского посланника Плейера и передачи писем царевича к своему свояку — австрийскому императору, пытаясь представить действия Алексея государственной изменой. От царевича непрерывно требуют письменных объяснений, которые тот дает, сломленный и еще надеющийся на снисхождение (которое ему допросчики, в первую очередь П. А. Толстой, видимо, обещают).
13 июня назначается суд над Алексеем в составе 127 высших сановников государства. На следующий день царевича привозят в Трубецкой бастион Петропавловской крепости, где еще в мае учрежден застенок. А 17 июня совершается уму непостижимое: в Сенате царевич подписывает написанные Толстым показания и по этим показаниям допрашивают с пытками (в Сенате!) в присутствии Алексея Лопухина, Вяземского, князя Василия Долгорукого и протопопа Якова Игнатьева — духовника царевича. Распространен слух, что царевич в сознании своей вины предался беспробудному пьянству (небезынтересно было бы знать, кто давал ему водку в каземате?).