Остерман при помощи академика Гольдбаха составил программу обучения Петра II. В нее входило совершенствование в иностранных языках, прежде всего латинском и французском, история современных государств, различные виды управления государственного и их выгоды, гражданское законоведение, права и обязанности власть предержащих, учение о посольском праве, о войне и мире, о военном искусстве и «о всем, что с ним соприкасается». Другие, науки — древнюю историю, географию, математику, естествознание, по мысли Остермана, следовало излагать государю вкратце. Уроки строились в форме бесед и разговоров, полагая в неделю пять дней, а в каждый день — два-три часа. Не были забыты и забавы: концерт музыкальный, стрельба, игра под названием «вальянтеншпиль», бильярд, охота. По средам и пятницам, полагал Остерман, государь будет посещать заседания Верховного тайного совета.
Духовным образованием озаботился новгородский архиепископ, фактически первый иерарх, сподвижник Петра Великого, Феофан Прокопович, составивший записку «Каким образом и порядком надлежит багрянородного отрока наставлять в христианском законе?»
Несколько месяцев в столице было спокойно: Меншиков правил, император учился. Состоялось торжественное обручение Петра II с Марией Меншиковой. Но когда в конце июля светлейший, оправившись от тяжелой болезни, вновь появился при дворе, он нашел государя переменившимся: мальчик, до того целиком и полностью послушный воле генералиссимуса (этот чин был пожалован Меншикову в первые дни нового царствования), обнаружил вдруг упрямство и строптивость. Началось с пустяков, дальше — больше. 26 августа в Петергофе в день именин великой княжны Наталии Петр отвернулся от Меншикова и не пожелал с ним разговаривать. Не обращал он внимания и на свою невесту. 3 сентября в Ораниенбауме собрался весь двор: Меншиков освящал свою домовую церковь. Ни царь, ни его сестра на праздновании не появились. Встревоженный, но все еще уверенный в себе, Меншиков на следующий день поехал в Петергоф. Император отказался его видеть. Меншиков уехал в Петербург, не падал духом, занимался делами и по-прежнему держал себя как правитель державы. А тем временем вещи царя и мебель перевозились из меншиковского дворца снова в Летний. В четверг 7 сентября царь вернулся в Петербург, в Летний дворец, и не велел принимать ни Меншикова, ни членов его семьи, в том числе и свою невесту. На следующий день майор гвардии Салтыков объявил генералиссимусу, что он находится под арестом, all сентября павший вельможа выехал под конвоем в Раненбург, в свои вотчины.