2 августа, не приглашая Наметкина и никаких специалистов, офицеры самостоятельно приступили к откачиванию воды из шахты. Дело это было поручено штабс-капитану Александру Андреевичу Шереметьевскому, как офицеру, жившему в районе уральского горного округа и кое-что понимавшему в горном деле. В качестве рабочей силы были отряжены военнопленные австрийцы, ничего в этом деле не понимавшие. Несмотря на энергию, неутомимость, а порой и самоотверженность, выказанные Шереметьевским, работа шла совсем плохо; в распоряжении Шереметьевского были только слабые ручные водоотливные средства, не дававшие никаких результатов при откачивании из шахты воды. Работая круглые сутки, Шереметьевскому не удавалось понизить уровень ни на вершок; становилось ясным, что шахта имеет какой-то подземный источник пополнения, более мощный, чем водоотливные средства Шереметьевского. Сколько бы ни откачивали - вода все время оставалась на одном уровне. Погода была скверная, шли непрерывные дожди и усугубляли условия работы. Вдобавок ко всему этому, 11 августа работу пришлось прекратить совершенно и снять рабочих, так как район шахты стал районом боевых действий, вызванных переходом красных в частичное контрнаступление.
Чтобы помочь офицерам и улучшить постановку дела, по соглашению между начальником гарнизона генералом Голицыным и прокурором суда общее наблюдение за розыском тел в районе “Ганиной ямы” было возложено на товарища прокурора Н. Магницкого. Последний, ознакомившись с положением, создавшимся у Шереметьевского, пригласил для выяснения технических причин неудовлетворительности откачки воды из шахты горного инженера Валериана Сергеевича Котенева, который сразу определил, что шахта через подземные расщелины все время питается водой из “Ганиной ямы”. Следовательно, чтобы обезводить шахту, надо выкачать воду из “Ганиной ямы”.
Работа оказалась значительно серьезнее, чем предполагали офицеры, но Котеневу удалось добыть на Верх-Исетском заводе паровую машину, привести ее в порядок, и 15 августа началась выкачка воды из “Ганиной ямы” и одновременно из шахты. Вода в шахте быстро пошла на убыль.
Напряженное, тревожное ожидание охватило всех офицеров; с каждым часом вода в шахте уходила все ниже и ниже, росло нетерпение, а с ним усиливалось нервное возбуждение от острого желания и вместе с тем ужаса стать лицом перед величием тайны мученической смерти.
19 августа открылось дно шахты: тел Августейшей Семьи в шахте не оказалось. Не было и в “Ганиной яме”.
Ил со дна шахты собрали, промыли и в нем нашли: человеческий отрезанный палец и два кусочка человеческой кожи; жемчужную серьгу Государыни Императрицы; верхнюю вставную челюсть доктора Боткина; еще кусочек жемчужины, по-видимому, от парной, но разбитой серьги Государыни; застежку для галстука; шанцевую лопатку и несколько мелких предметов, как пряжки, пуговки, крючки и т. п.
Удар для офицеров был страшный, все были уверены, что тела должны быть непременно в шахте. И вот их нет.
Тогда бросились искать всюду, где только указывалось разными слухами, мнениями, предположениями, досужими сведениями, не считаясь ни с какими другими обстоятельствами и данными обстановки. Это было просто уже метание из стороны в сторону, переброска от одного предположения к другому, вызывавшиеся скорее жаждой к усиленной деятельности, желанием заглушить боль обманутого ожидания и бессилием в разрешении тайны. Были осмотрены и перерыты разные: “Мокрый луг”, “Березовая избушка”, “Старые шахты”, “Красная казарма” и т. п. пункты, называвшиеся другими случайными людьми; прошли облавами добровольцев и бойскаутов всю эту глухую, заброшенную местность, истоптали рудник вдоль и поперек - и ничего не нашли.
Тел Членов Царской Семьи не оказалось нигде, хотя товарищ прокурора Магницкий, резюмируя работу, произведенную им с офицерами, чистосердечно признался: “что обследованная нами местность - не обследована, ибо если мне зададут вопрос, где Царские трупы - я прямо скажу: я Их не нашел, но Они в урочище “Четыре брата”; на офицеров эта неудача произвела удручающее впечатление.