Трябва да е било вълнуващо време за посветилите се на Атон. Създавала се една радикална теология. Никоя държава дотогава не е свивала пантеона си до едно-единствено всемогъщо божество. Мерира, главният жрец на Атон, лично наблюдавал учениците. Понеже името му означавало „Възлюбен от Ре“, възможно е да е бил нископоставен жрец в Тива, който по-рано е възприел новата теология и е придружил фараона до Амарна с първата вълна преселници.
Царската резиденция Хат-Атон („Замък на Атон“), едно от най-красивите архитектурни творения на Египет, доминирала в централната част на града. Тя представлявала огромна и сложна плетеница от зали за аудиенции, открити вътрешни дворове, частни апартаменти, детски стаи, кухни и огромни хранилища. Пред двореца, който гледал към Нил, изложен на полъха на хладния бриз, имало три терасирани градини с екзотични цветя. Най-необичайното е, че комплексът се простирал от двете страни на главния път, като източното и западното крило били свързани с мост - една новост в архитектурата. Мостът станал най-известната характерна особеност на двореца и на града. Той бил наречен „Прозорецът на явлението“, защото именно оттук Ехнатон и Нефертити се появявали пред обществото, често придружавани от принцесите, за да дават аудиенция на събраните долу на пътя граждани.1 От този прозорец те раздавали и яки от масивно злато - награда за верните им поданици. Религията имала своето голямо очарование, но няколко унции злато сигурно са усилвали значително нейното въздействие.
Близо до двореца било светилището, където царското семейство служело на бога в усамотение и се възраждало под животворните лъчи на Атон. Големият храм на Атон скоро толкова се разраснал, че започнал да съперничи на грандиознаия храм в Карнак. Широк 275 и дълъг 800 метра, храмът не приличал на нищо, построено дотогава. Египетските храмове като цяло представлявали тъмни тайнствени места с покрив от каменни плочи, върху които оставяли тънки процепи, пропускащи малко светлина в сумрачния интериор. Традиционните храмове започват с открит двор - широко пространство, където обикновените хора можели да изразяват почитта си към боговете. В края на открития двор има полегата пътека, която извежда до втори, по-усамотен покрит двор. Това пространство било предназначено за благородниците. Колкото се навлиза по-навътре в храма, помещенията стават все по-малки и по-интимни, подът се надига нагоре, а покривът се снижава, като така се създава атмосфера на специално, свещено място. Третата част, „светая светих“, била достъпна само за жреците, които служели на боговете. Тук оракулите с помощта на култови статуи предсказвали бъдещето и получавали наставления от боговете. Обикновено статуите стояли в каменните си светилища, но на специални чествания ги изнасяли в града, като ги полагали в преносими светилища от позлатено дърво, наподобяващи свещените ладии на фараона.
Всичко това било пометено в новите храмове на Ехнатон. Тъй като не разполагал със статуи на Атон, а старите богове били забранени заедно с идолите им, изобщо не било необходимо да се изгражда „светая светих“. Понеже единственият обект на преклонение било слънцето, сумрачните коридори и равните покриви съвсем не били на място. Новият храм на Атон бил проектиран като открита сграда, без покрив, изпълнена със светлина и слънце. По същество тя представлявала правоъгълна стена, която ограждала открития двор с размери колкото две футболни игрища. Вътре нямало нищо освен празно пространство и олтари, където се оставяли даровете за бога, по един за всеки ден от годината - така Атон приемал ежедневно предлаганата му храна.