Другите храмове на Ехнатон леко се различавали от тази архитектура. Някои били по-малки, повече приличащи на големи павилиони, но всичките били светли, проветриви и открити към небето.
Новите храмове обаче все пак запазили една архитектурна особеност от храмовете в Тива, вероятно защото би било твърде драстично, ако и тя бъде пропусната. Масивните пилони, очертаващи входа, като тези пред храмовете в Карнак и Луксор, по правило отделяли външното пространство от вътрешните помещения на храма. От предната страна на пилоните били забучвани прътове, на които се веели дълги тесни знамена, потрепващи на вятъра и символизиращи диханието на самия живот.
Цялото това познание за Ахетатон - Амарна дължим на редица забележителни хора, извършили разкопките, които искрено са се заинтригували от загадките на изгубения град. Сред тях е Джон Гарднър Уилкинсън, един от първите британски египтолози. Син на свещеник, учил известно време в Оксфорд, той напуснал, преди да си вземе дипломата, защото решил да се присъедини към армията. Докато били стационирани в Италия, Уилкинсън научил за опитите на египтолозите да дешифрират йероглифите.
Развълнуван, той се отправил право към Египет, където останал дванайсет години. Като всички пионери в египтологията Уилкинсън бил самоук, но краткият му военен опит го подготвил за спартанския начин на живот, който водел в Египет. След като отседнал в Тива, най-напред направил каталог на гробниците в Долината на царете. Това било проста работа. С кутия боя в едната ръка и с четка в другата, той номерирал всички гробници една по една. Поставените от него номера си стоят до ден-днешен.
Уилкинсън пропътувал до Амарна през 1824 година. Открил останките на храмове, дворци, гробници и широки пътни комуникации - всичко, което човек може да очаква в един древен град, обаче нещо не било както трябва. Стенописите, гравюрите и скулптурите се различавали от всичко, което бил виждал дотогава в Египет. Подобно на изображенията върху блоковете в Карнак, които щели да бъдат открити век по-късно, изображенията на царя и царицата били деформирани. Царят имал широк ханш и развити гърди, почти женско тяло. Фигурите на царицата имали също толкова широки бедра и големи гърди, макар че за жена това не е кой знае каква забележителност. Вратът ѝ обаче бил невероятно удължен, а ръцете - тънки като клечки. Картините на принцесите разкривали удължения в задната част на главите им. Заедно с тези фигури имало слънчев диск, чиито лъчи се спускали към царското семейство и всеки лъч завършвал с ръка, която държала или анх - символът на живота, или скиптър - символът на властта. Кои били тези странни хора? Уилкинсън не можел да каже - имената им били заличени.
Уилкинсън не могъл да разчете йероглифите, изписани по граничните камъни, заобикалящи града, но бил първият, който забелязал онова, което по-късно се оказало ключова нишка за разплитане на историята на Амарна. Градът не бил просто изоставен, а направо унищожен.2 Дворците, храмовете и къщите били изравнени със земята, така че на практика били останали само основите им и тук-там по някой каменен блок. Само гробниците били непокътнати, защото те били врязани в планината и нямало как да бъдат разрушени. Декорациите по стените на гробниците по-късно щели да разкрият още пътеводни нишки за катастрофата на Амарна.
Последвали десетилетия на размисъл и първите официални разкопки на мястото са извършени едва половин век по-късно. Френската археологическа мисия започнала разкопки в Амарна през 1883 година, като се опитала да разкрие загадките около необикновеното царско семейство, любопитното им изкуство и унищожението на града им. Било ясно, че там се е случило нещо безпрецедентно. Мястото било различно ог всички изследвани дотогава обекти. Повечето разкопки се съсредоточавали върху единични сгради, като храма в Луксор или архитектурниия комплекс в Карнак, но това бил цял един град, въпреки че от него не било останало много, французите можели да видят могилите, които се простирали в разстояние на цели мили по пясъка. Изобщо не било ясно откъде трябвало да започнат.
Понеже градът е разрушен умишлено, разкопките били истинско предизвикателство и надеждите да намерят ценни съкровища, които да отнесат вкъщи, не били големи.
Независимо от това разкопките продължили, основите на дворците, храмовете и къщите били разчистени от пясъка. Така открили градските покрайнини и широкия път, който прекосявал града. На изток, където от равнината изведнъж се издигали скали, видели и разгледали издяланите в скалите гробници - няколко от северната и няколко ог южната страна. Това били гробниците на благородниците и високопоставените служители в града. Във всяка от тях, почти на всяка стена били издялани необичайни изображения на царя и царицата със слънчевия диск над тях.