В городе Лешно он задумал свою «Пансофию» (в переводе с греческого пан – все и софия – мудрость, т. е. охватывающая все мудрость) – научно-педагогическую работу. Его идея состояла в том, чтобы описать результаты и последние достижения ученых о мире, которые надлежало человеку его времени усвоить в возрасте до 24 лет. К удивлению автора, английский меценат, крупный коммерсант и к тому же образованный человек Самуэл Гартлиб, пользующийся большим влиянием в английском парламенте, ставит вопрос о приглашении Коменского в Англию для осуществления идеи пансофии. В соответствии с этим С. Гартлиб заявляет о необходимости учреждения в Англии международной коллегии наук, которая смогла бы обобщить и свести воедино все достижения из различных областей науки и знания.
В 1641 г. Коменский прибывает в Лондон и гостит в семье Гартлиба. Но… страна охвачена огнем гражданской войны и английскому парламенту не до развития образования и культуры, а потому грандиозным планам Коменского не суждено было осуществиться. Однако пребывание в Англии оказалось для него плодотворным: он успевает написать труд пансофического характера «Путь света», в котором развивает идею всеобщей гармонии и мира между народами. Великий мыслитель и просветитель ставит вопрос о создании международного языка, об учреждении всемирного совета! И это в 17 веке!
Несколько разочаровавшись в реализации идеи «Пансофии» и приостановив работу над ней, Коменский занялся вопросами методики преподавания латинского языка. В 1646 г. он представляет в Стокгольме Высшему жюри университета, куда был приглашен, свои дидактико-методические труды и в их числе работу – «Новейший метод преподавания языков», в которой излагает методику преподавания латинского языка, основанную и построенную на индуктивном методе. «Сперва – пример, затем – правило; предмет и параллельно – слово; свободное и осмысленное усвоение, а не мучительное зазубривание». Вот основные начала нового метода.
В 1648 г. умирает главный епископ «Чешских братьев», и синод приглашает на эту должность Коменского. Он возвращается в Лешно, где ему суждено стать последним руководителем общины «Чешских братьев».
В 1650 г. судьба приводит Коменского в Венгрию. Там ему оказывает покровительство граф Сигизмунд Ракочи, который предлагает ему стать консультантом руководства школой в г. Сарос-Патаке и осуществить свой пансофический план. Коменский охотно принимает это приглашение, поскольку в Венгрии «Чешским братьям» оказывают помощь и содействие.
Венгерский период, длившийся четыре года, стал одним из самых плодотворных периодов в жизни Коменского. Великий педагог сумел открыть три по-новому организованных класса, наладить в них обучение по своим учебникам и в духе «Великой дидактики». Из педагогических трудов этого времени наиболее значимыми стали сочинения «О культуре природных дарований», «Об искусном пользовании книгами – первейшим инструментом культуры природных дарований», «Пансофическая школа, то есть школа всеобщей мудрости», «Законы хорошо организованной школы», «Похвала истинному методу», «О пользе точного наименования вещей», «Правила поведения, собранные для юношества в 1653 году». В это же время была написана книга «Мир чувственных вещей в картинках», которая чрезвычайно быстро распространилась по всей Европе как учебник для изучения латинского языка. Этот учебник интересен тем, что в нем последовательно реализован принцип наглядности преподавания. Он выдержал бессчетное число изданий, и в переработанном виде варианты его использовались в европейских школах до конца XIX в.
Но политические события вновь вторгаются в жизнь Коменского, он вынужден покинуть гостеприимную Венгрию и переехать в Амстердам. Здесь в 1657 г. по постановлению сената и при материальной поддержке ван Геера было осуществлено издание полного собрания дидактических сочинений Яна Коменского в двух томах.
С начала 60-х гг. семидесятилетний Коменский почти полностью отходит от педагогики и последние 10 лет своей жизни посвящает деятельности по освобождению своей многострадальной родины. В 1667 г. он публикует работу «Ангел мира», в которой призывает человечество к миру и решению спорных вопросов государств на основе доброй воли – без оружия и насилия.