В январе 2006 года Центр Симона Визенталя потребовал от Чавеса публичных извинений за якобы сделанные им антисемитские заявления. Основанием для претензий стали слова, произнесённые президентом в Центре развития человека: «Мир принадлежит всем, однако меньшинства, потомки тех, кто распял Христа, потомки тех, кто изгнал отсюда (из Венесуэлы. — К. С.) Боливара, по-своему распяв его в колумбийском городе Санта-Марта, завладели богатствами мира. Меньшинство завладело золотом планеты, серебром, минералами, водой, плодородными землями, нефтью, сконцентрировав эти богатства в руках немногочисленной группы: десять процентов мирового населения владеет более чем половиной богатств мира». Никаких оснований для обвинения в антисемитизме этот фрагмент не даёт, но тема была подхвачена врагами Боливарианской революции.
Позже Центру Визенталя пришлось признать, что Чавес не обвинял евреев в убийстве Христа и захвате богатств. Под «меньшинствами» он подразумевал правящий класс Венесуэлы, фактически изгнавший Боливара в ссылку в Колумбию, а также нынешнюю глобальную систему, которая обеспечила концентрацию мировых богатств у десяти процентов населения. Тем не менее кампания на тему антисемитизма Чавеса продолжалась, несмотря на отсутствие доказательств. Она усиливалась всякий раз, когда Чавес выступал в поддержку Ливана против Израиля или против атак «возмездия» в секторе Газа. Проявление солидарности президента Венесуэлы с Палестиной и Ливаном неизменно откликалось эхом обвинений в антисемитизме. 15 января 2009 года в знак протеста против проведения очередной военной операции в секторе Газа, когда число жертв превысило тысячу человек, Венесуэла прервала дипломатические отношения с Израилем. Ещё раньше, 6 января, Чавес объявил персоной non grata израильского посла Шломо Коэна.
Как раз в этот кризисный период отношений произошла так называемая «профанация» синагоги в Каракасе. Би-би-си подала инцидент следующим образом: «В столице Венесуэлы группа вооружённых людей осквернила синагогу, призывая к депортации евреев из страны. Около пятнадцати вооружённых мужчин ворвались в храм, размалевали стены антисемитскими и антиизраильскими лозунгами и осквернили Священное Писание. Банда связала охранников и блокировала синагогу в течение нескольких часов. “Ещё никогда в истории еврейской общины Венесуэлы мы не становились мишенью подобной агрессии, — сказал президент Еврейской ассоциации страны. — Обстановка очень напряжённая”».
Венесуэльские органы начали расследование, а на боливарианское правительство тем временем обрушилась волна протестов. Абрам Леви, директор Конфедерации израильских ассоциаций в Венесуэле, заявил, что нападение на синагогу было вызвано «антиеврейской позицией правительства (Чавеса) в отношении войны Израиля против Палестины». Представители еврейской общины провели манифестацию у представительства ООН в Каракасе под лозунгом «Ненависть порождает ненависть». Дипломаты США, Франции, Канады, Германии, Чехии и Финляндии посетили синагогу, чтобы выразить свою солидарность. В США конгрессмены подготовили и направили в адрес Чавеса послание, в котором осудили атаку на синагогу и потребовали «положить конец запугиванию еврейской общины в Венесуэле». Прозвучало ещё много заявлений по этому поводу с лейтмотивом: «Такое надругательство могло произойти только с согласия высшего руководства страны».
Венесуэльские полицейские выполнили свою работу быстро. Обвинительная шумиха ещё набирала силу, когда министр внутренних дел Тарек Эль Айссами сообщил о результатах расследования. Главарём нападения на синагогу был полицейский Эдгар Кордеро, до последнего времени — телохранитель раввина Исаака Коэна. В этой авантюре его сопровождали восемь экс-агентов различных органов полиции, два уголовника и охранник синагоги. Кордеро хорошо знал электронную систему охраны здания, поэтому «вторжение» произошло без осложнений. Сигнализация была отключена изнутри охранником, другом Кордеро. Были повреждены некоторые предметы культа, а на стены кое-где нанесены граффити «антиеврейского характера». Всё это для ^ого, чтобы обозначить в качестве виновников вторжения «ультралевые организации» (Colectivo La Piedra, UPV и другие группы), «сотрудничающие с режимом». По версии следствия, реальной целью Кордеро было похищение 200 тысяч боливаров из сейфа синагоги. Бывший телохранитель просил у раввина деньги в долг, но получил отказ и, восприняв это как личное оскорбление, решился на грабёж, замаскировав его под антисемитский налёт.