Используя свои обширные связи, Кристофер Марло переехал в Лондон, где занялся активной литературной деятельностью. Он сблизился с так называемыми «университетскими умами», кругом драматургов, писавших для общедоступного театра, куда входили поэты: Д. Лили, Т. Нэш, Р. Грин, Дж. Пил и Т. Лодж. В английской столице за Кристофером Марло закрепилась репутация курильщика опиума, распутника, скандалиста, дуэлянта, колдуна, вольнодумца и содомита. Тогда же была поставлена его первая трагедия «Тамерлан великий, скифский пастух», которая пользовалась таким колоссальным успехом, что Марло решился написать её продолжение. Продолжение постановки трагедии трагедия «Тамерлан великий, скифский пастух» с многочисленными сценами сексуального характера и кровавого насилия, также продержалась на сцене длительное время.
Приблизительно с этого времени его отношения с правительством резко меняются. Вольнодумный кружок У. Рэйли, в который вступил Марло, не был на хорошем счету у правительства. Считалось, что там проводились некие «кощунственные обряды». В мае 1593 года в Лондоне произошли волнения, в которых участвовали католики и протестанты. В городе распространялись памфлеты с выпадами против рабочих-иммигрантов из Фландрии. Тайный совет искал авторов этих воззваний среди лондонской литературной богемы. Были произведены обыски, в том числе на квартире, которую Марло делил с драматургом Томасом Кидом. Среди его бумаг были обнаружены заметки, содержащие крамольные высказывания, типа того, что: «Кто не любит табака и мальчиков — дураки» или «Евангелист Иоанн делил ложе с Иисусом». (!)
События в жизни Марло порой были столь же экстремальными, как и в его драмах. Сообщения о скоропостижной смерти Кристофера Марло в 1593 году были печально известными, что закономерно подталкивает на мысль о вымышленной смерти. Поэтому в то время и поныне дата его предполагаемой смерти оспаривалась учеными и исследователями из-за отсутствия достоверных документированных фактов. Хотя, есть обрывочные документы в ходе следствия по поводу его «смерти», датированные 1593 годом, как например, фрагмент коллективной объяснительной записки с обвинениями против Кристофера Марло от Ричарда Бейнса и других.
Объяснительная записка с обвинениями против Кристофера Марло от Ричарда Бейнса и других (Allegations against Christopher Marlowe by Richard Burns and others, on May 12, 1593), приложена в книжной версии этого эссе, как иллюстрация при оглавлении.
Не удивительно что, после фиктивной смерти драматурга, Кристофера Марло обвиняли в длинном списке прегрешений, включая драку в баре, богохульную клевету на церковь, гомосексуалисты интриги, предательство другого драматурга. Но как говорится в пословице: «Нет дыма без огня», поэтому было бы неразумным шагом отрицать все грехи приписанные Марло.
Не вызывает сомнения тот факт, что Кристофер Марло был тайным агентом и шпионил в пользу самого высокого уровня Елизаветы I: Тайного Совета Англии. Не стоит забывать, что во время обучения в Кембридже Кристофер Марло сблизился с Томасом Нэшем и Томасом Уолсингемом, племянником члена Тайного совета Ф. Уолсингема. Именно с того времени взяла начало его карьера, поначалу в качестве информатора, а в последствии, как тайного агента Королевского Высшего Совета.
Кристофер Марло был зарезан в таверне Дептфорда 30 мая 1593 года. В последний день своей жизни он обедал в ней с компанией подозрительных личностей: Инграмом Фризером, Николасом Скирсом и Робертом Пули. Есть основания считать, что эти люди были связаны с секретными службами. Вскоре между ними возникла ссора. Марло выхватил из рук Фризера кинжал и нанёс тому несколько ударов. Фризер пытался вырвать оружие из рук Марло, в потасовке кинжал вонзился над правым глазом Марло и прошёл прямо в мозг. Его тело было предано земле 1 июня там же, согласно официальной версии.
По поводу обстоятельств и причин смерти поэта до сих пор существуют противоречивые версии. Некоторые исследователи считают, что бытовая ссора в таверне, приведшая к фатальному исходу, была заранее подготовлена и умышленно подстроена. По этой версии поэт намеревался уехать из Англии через Дептфорд, но правительство решило помешать этому, ввиду его причастности к секретам английской разведки.
В этом деле действительно много странного, начиная от путаницы с точной датой смерти поэта (по одним данным —12 и 30 мая, по другим — 1 или 2 июня) до имен убийц (их имена несколько раз менялись, а основные подозреваемые — Фризер, Скирс и Пули — считались агентами секретной службы, что и помогло им впоследствии уйти от наказания). Расследование преступления, по факту смерти Кристофера Марло велось крайне неопрятно, что подталкивает на мысль об умышленном характере в проведенном следствии. Вердикт судьи гласил, что Фризер действовал в пределах самообороны. Складывалось впечатление, что власти хотели быстрее замять это дело.